v2roadmap

v.2 ユーザ向け要件

• 超高速

　新型コアSkylineは単独でbioperlの3.5倍以上の速度でデータベースの読み込みを可能とします。加えてcpu数倍解析を高速化可能な分散コンピューティング機構Infinity、リレーショナルデータベース連動による大規模キャッシングで永続メモリのロードを高速化するBluebirdなどの機能を使えます。

• a la carte

　v.2では高機能な解析メソッド、odysseyがv.1の倍あります。２００を超える解析アプリケーションを駆使して解析を効率よく行えます。

• プログラムとGUIのシームレスな解析

　perlのスクリプトはクリックだけですぐにGUIアプリケーションに、GUIアプリケーションもクリックだけですぐにperlスクリプトに変換可能。GUI開発の煩わしさはもうありません。 プログラムとGUIの中間に位置するインタプリタは自動ログ・永続メモリ・シェル機能など、開発をさらに効率化します。

• genomeからシステムバイオロジーへ

　G-language GAE v.1は生命の青写真であるゲノム解析のためのプラットフォームでしたが、より統合的な生命の理解のために、v.2ではシステムバイオロジーへの架け橋を用意しています。v.1のゲノム解析における実力はそのまま、genome, transcriptome, proteome, systeomeの領域全てでG-language GAE v.2はパワフルな解析環境を提供します。

• Genesys: ゲノムから仮想細胞を自動構築

　生命の統合的理解の為にはその動的ふるまいをコンピュータシミュレーションすることが不可欠となります。この仮想細胞モデルをゲノム情報のみから自動生成するシステム、GenesysがG-language GAE v.2には統合されています。

• RCES: Readthrough Candidate Extraction System　 　翻訳において終止コドンを読みとばす、リードスルーという現象を起こすと予測される遺伝子の候補を網羅的に抽出する解析システムです。毎日新聞に「遺伝子の定義に一石」と紹介された画期的システムです。

• DynamicLoader

　あなたが新しいモジュールを開発したなら、それをプラグインフォルダにドラッグ＆ドロップするだけで、G-language GAE v.2は自動的にそれを継承し、関数をネイティブにエキスポートします。

• bioperl

　Perlによるバイオインフォマティックスの基盤環境としてSkylineと似た機能を持つBioperlと完全互換。Gのオブジェクトとbioperlのオブジェクトは相互に、ダイレクトに変換可能です。また、Gの全Odyssey関数はbioperlオブジェクトから呼び出せます。

• Infinity

　新しいインタフェースエンジンはHTMLベース。高機能なGUIも簡単に作れます。また、HyperLinkでウェブのメリットを生かし、Flash・SVG・Javaなどマルチメディアコンテンツでインタラクティブなアプリケーションを開発できます。