Zaraďovanie hospitalizačných prípadov do medicínskych služieb

[ENG] Algorithm to assign hospital stays to specific medical services within the hospital network optimization reform.
[SK] Algoritmus na zaradovanie hospitalizačných prípadov k medicínskym službám. Jedná sa o technickú implementáciu Príloh 2 - 12 vyhlášky 316/2022 Z. z. v rámci zákona 540/2021 Z. z. o kategorizácii ústavnej zdravotnej starostlivosti a o zmene a doplnení niektorých zákonov.

Change log

V prípade, že identifikujete chyby v rámci kódu, prosím zaznamenajte ich na GitHub cez Issues, navrhnite priamo cez submit zmenu, alebo nám napíšte email na iza@health.gov.sk

Change log:

• 5.12.2022: Prvá verzia technickej implementácie vyhlášok publikovaná
• 7.6.2023: Druhá verzia technickej implementácie vyhlášok publikovaná

Technické readme

Príprava algoritmu

Algoritmus je implementovaný v jazyku R, ktorý treba mať nainštalovaný a využíva nasledovné knižnice:

• dplyr
• data.table
• tidyr
• readxl
• stringr
• lubridate

ktoré sa dajú nainštalovať pomocou skriptu instalacia_potrebnych_kniznic.R. Pre správne fungovanie algoritmu je potrebné dodržať priečinkovú štruktúru popísanú nižšie a mať ju stiahnutú. Algoritmus sa iniciuje spustením skriptu 00_hlavny_skript.R ako celku, alebo manuálne po častiach.

Potrebná priečinková štruktúra pre správne fungovanie kódu:
OSN-MedicalServiceGrouping

• Data_ZP
• 2021
• 24
• 25
• 27
• Kroky_zaloha
• Prevodovniky
• Skripty
• Vystupy

Data_ZP

• Obsahuje hospitalizačné DRG dáta od zdravotných posiťovní po rokoch
• Každý rok musí byť pomenovaný ako RRRR a obsahovať priečinky pre všetky 3 ZP
• Priečinky ZP musia byť pomenované kódom ZP

Kroky_zaloha

• Obsahuje parciálne výsledky jednotlivých krokov alogoritmu, ak to uživateľ povolil

Prevodovniky

• Obsahuje zoznamy / číselníky definujúce medicínske služby na základe DRG kódov, kódov diagnóz, kódy výkonu.
• Excel definicie_med_sluzieb.xlsx obsahuje definície medicínskych služieb podľa príloh 2 - 11 vyhlášky 316/2022 Z. z. pričom v rámci Excel je možné filtrovať vyhlášky podľa stĺpcu súbor, kde 10 = Príloha 2 až po 19 = Príloha 11.
• Súbor signif_vykony.csv obsahuje zoznam signifikantných operačných výkonov.
• Súbor tazke_problemy.csv obsahuje zoznam ťažkých problémov.
• Súbor uroven_sluzby.csv obsahuje úrovne medicínskych služieb pre určenie priorít pri priraďovaní služieb hospitalizáciám
• Obsahuje číselníky na prevod kódov výkonov jednodňovej starostlivosti na zodpovedajúce kódy používané pri DRG.
• Obsahuje číselníky na prevod kódov oddelení na nemocničné kódy.

Skripty

• Obsahuje skripty na beh algoritmu v prostredí R

Skripty/00_hlavny_skript.R

• Hlavný skript, ktorý volá ďalšie skripty
• V prípade veľkých dát, alebo malej RAM, odporúčame otvoriť tento skript a spúšťať ho manuálne po častiach. Taktiež odporúčame povoliť ukladanie parciálnych výsledkov po 5tom kroku, po ktorom odporúčame reštartovať R na prečistenie RAM. Po reštarte spustite segmenty od riadkov 50-56 po koniec.

Skripty/01_konfiguracia.R

• Skript definujúci cesty k priečinkom a súborom a iné parametre pre algoritmus
• V riadku 7 užívateľ definuje rok pre ktorý sa určujú medicínske služby
• V riadku 9 užívateľ definuje ukladanie parciálnych výsledkov po každom kroku
• V riadku 10 užívateľ definuje ukladanie parciálnych výsledkov po 5. kroku (odporúčame pre veľké dáta, malú RAM)
• V riadku 12 užívateľ definuje ukladanie výstupov o chybách v dátach
• V riadku 14 užívateľ definuje vylúčenie hospitalizácií, ktoré boli v rámci DRG zlúčené do jednej (zlúčená hospitalizácia ostáva v dátach)
• Ostatné parametre sa môžu upravovať podľa potrieb

Skripty/02-07

• Skripty vykonávajúce algoritmus
• Obsahujú poznámky na oboznámenie sa s krokmi algoritmu

Vystupy

• Obsahuje výstupy z algoritmu obsahujúce počty hospitalizácií per nemocnica a medicínska služba