Skip to content

Latest commit

 

History

History
101 lines (90 loc) · 5.45 KB

README.md

File metadata and controls

101 lines (90 loc) · 5.45 KB

Zaraďovanie hospitalizačných prípadov do medicínskych služieb

[ENG] Algorithm to assign hospital stays to specific medical services within the hospital network optimization reform.
[SK] Algoritmus na zaradovanie hospitalizačných prípadov k medicínskym službám. Jedná sa o technickú implementáciu Príloh 2 - 12 vyhlášky 316/2022 Z. z. v rámci zákona 540/2021 Z. z. o kategorizácii ústavnej zdravotnej starostlivosti a o zmene a doplnení niektorých zákonov.

Change log

V prípade, že identifikujete chyby v rámci kódu, prosím zaznamenajte ich na GitHub cez Issues, navrhnite priamo cez submit zmenu, alebo nám napíšte email na iza@health.gov.sk

Change log:
  • 5.12.2022: Prvá verzia technickej implementácie vyhlášok publikovaná
  • 7.6.2023: Druhá verzia technickej implementácie vyhlášok publikovaná

Technické readme

Príprava algoritmu

Algoritmus je implementovaný v jazyku R, ktorý treba mať nainštalovaný a využíva nasledovné knižnice:
  • dplyr
  • data.table
  • tidyr
  • readxl
  • stringr
  • lubridate
ktoré sa dajú nainštalovať pomocou skriptu instalacia_potrebnych_kniznic.R. Pre správne fungovanie algoritmu je potrebné dodržať priečinkovú štruktúru popísanú nižšie a mať ju stiahnutú. Algoritmus sa iniciuje spustením skriptu 00_hlavny_skript.R ako celku, alebo manuálne po častiach.

Potrebná priečinková štruktúra pre správne fungovanie kódu:
OSN-MedicalServiceGrouping
  • Data_ZP
    • 2021
      • 24
      • 25
      • 27
  • Kroky_zaloha
  • Prevodovniky
  • Skripty
  • Vystupy

Data_ZP

  • Obsahuje hospitalizačné DRG dáta od zdravotných posiťovní po rokoch
  • Každý rok musí byť pomenovaný ako RRRR a obsahovať priečinky pre všetky 3 ZP
  • Priečinky ZP musia byť pomenované kódom ZP

Kroky_zaloha

  • Obsahuje parciálne výsledky jednotlivých krokov alogoritmu, ak to uživateľ povolil

Prevodovniky

  • Obsahuje zoznamy / číselníky definujúce medicínske služby na základe DRG kódov, kódov diagnóz, kódy výkonu.
    • Excel definicie_med_sluzieb.xlsx obsahuje definície medicínskych služieb podľa príloh 2 - 11 vyhlášky 316/2022 Z. z. pričom v rámci Excel je možné filtrovať vyhlášky podľa stĺpcu súbor, kde 10 = Príloha 2 až po 19 = Príloha 11.
    • Súbor signif_vykony.csv obsahuje zoznam signifikantných operačných výkonov.
    • Súbor tazke_problemy.csv obsahuje zoznam ťažkých problémov.
    • Súbor uroven_sluzby.csv obsahuje úrovne medicínskych služieb pre určenie priorít pri priraďovaní služieb hospitalizáciám
  • Obsahuje číselníky na prevod kódov výkonov jednodňovej starostlivosti na zodpovedajúce kódy používané pri DRG.
  • Obsahuje číselníky na prevod kódov oddelení na nemocničné kódy.

Skripty

  • Obsahuje skripty na beh algoritmu v prostredí R

Skripty/00_hlavny_skript.R

  • Hlavný skript, ktorý volá ďalšie skripty
  • V prípade veľkých dát, alebo malej RAM, odporúčame otvoriť tento skript a spúšťať ho manuálne po častiach. Taktiež odporúčame povoliť ukladanie parciálnych výsledkov po 5tom kroku, po ktorom odporúčame reštartovať R na prečistenie RAM. Po reštarte spustite segmenty od riadkov 50-56 po koniec.

Skripty/01_konfiguracia.R

  • Skript definujúci cesty k priečinkom a súborom a iné parametre pre algoritmus
  • V riadku 7 užívateľ definuje rok pre ktorý sa určujú medicínske služby
  • V riadku 9 užívateľ definuje ukladanie parciálnych výsledkov po každom kroku
  • V riadku 10 užívateľ definuje ukladanie parciálnych výsledkov po 5. kroku (odporúčame pre veľké dáta, malú RAM)
  • V riadku 12 užívateľ definuje ukladanie výstupov o chybách v dátach
  • V riadku 14 užívateľ definuje vylúčenie hospitalizácií, ktoré boli v rámci DRG zlúčené do jednej (zlúčená hospitalizácia ostáva v dátach)
  • Ostatné parametre sa môžu upravovať podľa potrieb

Skripty/02-07

  • Skripty vykonávajúce algoritmus
  • Obsahujú poznámky na oboznámenie sa s krokmi algoritmu

Vystupy

  • Obsahuje výstupy z algoritmu obsahujúce počty hospitalizácií per nemocnica a medicínska služba