育種学会2015秋　若手の会ワークショップ

育種学会2015秋季大会で開催された若手の会ワークショップにでの講演「植物器官の効率的フェノタイピング：画像解析と形態測定学」のサンプルコード及びデータ．

リンク

• サポートページ
• コードとデータ| GitHub
• ワークショップ

構成

• img
  • grapevine オリジナル画像．Climate and developmental plasticity: interannual variability in grapevine leaf morphology(doi:10.7910/DVN/KOG6SY)のサブセット．
    • [Specimen Num].jpg
  • binarized 二値画像
    • [Specimen Num].jpg
• coord 各標本・各葉の輪郭の座標データ
  • [Specimen Num]_[Leaf Num].csv
• ij Fiji関連
  • classifiler_01.model Trainable Weka Segmentationの判別器．
  • classifiler_02.model 01より汎化させた判別器．
  • outlines.py 二値画像から輪郭の座標値を出力するPythonスクリプト．Fijiから呼び出し使う．
• efa.r 楕円フーリエ解析用Rスクリプト
• README.md