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Makefile: add linker flags for binaries
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kbipinkumar authored Oct 18, 2023
1 parent 0de9226 commit c96678c
Showing 1 changed file with 9 additions and 9 deletions.
18 changes: 9 additions & 9 deletions Makefile
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -99,12 +99,12 @@ alignment.o: alignment.hpp alignment.hpp common.inc
amr_report.o: common.hpp common.inc gff.hpp alignment.hpp
amr_reportOBJS=amr_report.o common.o gff.o alignment.o
amr_report: $(amr_reportOBJS)
$(CXX) -o $@ $(amr_reportOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(amr_reportOBJS)

amrfinder.o: common.hpp common.inc gff.hpp
amrfinderOBJS=amrfinder.o common.o gff.o tsv.o
amrfinder: $(amrfinderOBJS)
$(CXX) -o $@ $(amrfinderOBJS) -pthread $(DBDIR)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(amrfinderOBJS) -pthread $(DBDIR)

amrfinder_update.o: common.hpp common.inc
amrfinder_updateOBJS=amrfinder_update.o common.o curl_easy.o
Expand All @@ -113,37 +113,37 @@ amrfinder_update: $(amrfinder_updateOBJS)
then \
touch amrfinder_update.cpp ;\
fi # make sure the next make command rebuilds amrfinder_update
$(CXX) -o $@ $(amrfinder_updateOBJS) -lcurl
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(amrfinder_updateOBJS) -lcurl

amrfinder_index.o: common.hpp common.inc
amrfinder_indexOBJS=amrfinder_index.o common.o
amrfinder_index: $(amrfinder_indexOBJS)
$(CXX) -o $@ $(amrfinder_indexOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(amrfinder_indexOBJS)

fasta_check.o: common.hpp common.inc
fasta_checkOBJS=fasta_check.o common.o
fasta_check: $(fasta_checkOBJS)
$(CXX) -o $@ $(fasta_checkOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(fasta_checkOBJS)

fasta_extract.o: common.hpp common.inc
fasta_extractOBJS=fasta_extract.o common.o
fasta_extract: $(fasta_extractOBJS)
$(CXX) -o $@ $(fasta_extractOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(fasta_extractOBJS)

fasta2parts.o: common.hpp common.inc
fasta2partsOBJS=fasta2parts.o common.o
fasta2parts: $(fasta2partsOBJS)
$(CXX) -o $@ $(fasta2partsOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(fasta2partsOBJS)

gff_check.o: common.hpp common.inc gff.hpp
gff_checkOBJS=gff_check.o common.o gff.o
gff_check: $(gff_checkOBJS)
$(CXX) -o $@ $(gff_checkOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(gff_checkOBJS)

dna_mutation.o: common.hpp common.inc alignment.hpp
dna_mutationOBJS=dna_mutation.o common.o alignment.o
dna_mutation: $(dna_mutationOBJS)
$(CXX) -o $@ $(dna_mutationOBJS)
$(CXX) $(LDFLAGS) -o $@ $(dna_mutationOBJS)



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