Chironomidae Meta-barcoding

• PI: 郭美華老師
• 簡單的 Material and Methods 會寫在 03.MM 中

分析流程 1 - ZOUT table

• 此處的分析目的為生成 Sample-ZOTU 的 matrix 與圖片，結果儲存在 /01.ZOTU_Results/ 中

Script	處理過程	狀態
preprocess.sh	- 對 32 個樣站的 raw fastq（fastq）進行前處理，包含用 cutadapt 移除 primers，與用 usearch 做 merge, reverse complement 與 filter ，結果在 /01.ZOTU_Results/fastq_trimmed 與 /01.ZOTU_Results/fastq_merged 中）	Done
otu.sh	- 用 usearch 做 denoise 並生成 otu 與格式整理，結果為 /01.ZOTU_Results/zotus.fa、/01.ZOTU_Results/unoise3_result.txt、/01.ZOTU_Results/zotutab97.txt、/01.ZOTU_Results/zmap97.txt 與 /01.ZOTU_Results/zmap97_tidy.txt	Done
visualization.Rmd	- 用 R 做格式整理與用 R package GUniFrac 生成圖片 /01.ZOTU_Results/rarecurve.pdf ，與 zotu matrix /01.ZOTU_Results/sample_zotu_matrix_raw.csv 。 - 生成標準化後的 /01.ZOTU_Results/sample_zotu_matrix_norm.csv，判定可以移除樣站 "A3" "A9" "D6" "S3" "S6" "S9"？	Done
visualization.Rmd	- plots: Alpha Diversity, PCoA, Heatmap, and clustering relative abundance (barplot+dendrogram) 都在 /01.ZOTU_Results/ 中	Done

分析流程 2 - Assign Taxonomy to ZOTU

• 此處的分析目的為訓練 RDP classifier 並分類所有 ZOTU，結果儲存在 /02.Classifier_Results/ 中
• ncbi search term: (((((("Arthropoda"[Organism] OR Arthropoda[All Fields]) OR ("Annelida"[Organism] OR Annelida[All Fields])) OR ("Nematoda"[Organism] OR Nematoda[All Fields])) OR ("Platyhelminthes"[Organism] OR Platyhelminthes[All Fields])) OR ("Myxozoa"[Organism] OR Myxozoa[All Fields])) NOT sp.[All Fields]) AND COI[All Fields] AND ("640"[SLEN] : "660"[SLEN])
• 02.Classifier_Results 整個資料夾會另外給予（請自 http://gofile.me/6zAKe/BIALgNMTa 下載）

Script	處理過程	狀態
tidy_ref.Rmd	- 整理 ncbi 下載 641655 個序列的 /02.Classifier_Results/ref/sequence.gb，儲存為 /02.Classifier_Results/ref/taxonomy_tidy.txt 與 /02.Classifier_Results/taxonomy_tidy_IDs.txt，內有分類資訊。 - 去除 convergent evolution	Done
train.sh	- 根據整理好的 /02.Classifier_Results/ref/taxonomy_tidy.txt 篩選 /02.Classifier_Results/ref/sequence.fasta，只留下有完整分類資訊的序列 （/02.Classifier_Results/ref/tidy_extract.fasta）	Done
train.sh	- 用工具去整理 /02.Classifier_Results/ref/taxonomy_tidy.txt 與 /02.Classifier_Results/ref/tidy_extract.fasta 格式，使其可以被訓練成 rdp classifier	Done
train.sh	- train RDP classifier，生成 /02.Classifier_Results/rdp_training 資料夾	Done
classify.sh	- 利用訓練好的 RDP classifier 去對 /01.ZOTU_Results/zotu.fa 進行分類，結果為 /02.Classifier_Results/zotu_taxonomy.txt	Done
visualization.Rmd	- 根據分類結果（/02.Classifier_Results/zotu_taxonomy.txt）進行視覺化，生成 /02.Classifier_Results/*mtx.csv、/02.Classifier_Results/*.pdf，與 /02.Classifier_Results/*.csv	Done

其他

Script	Description	Status
	- 撰寫相關 mateirals and methods 在 03.MM	Pending