Summary 关于笔记 关于示例 Linux Shell 基因组数据处理 公共数据库的测序数据 Trimming Fastq QC De novo Assembly Evaluate Assembly Annotation Visulization 基因组数据比较 Mapping 案例分析一 多基因组数据分析 Pangenomes Orthologues Identification Paralogues Identification Pangenomes Identification Phylogenomics 开发框架 Core Genome MLST Surveillance Visulation circos GenomeDiagram Codon perefence analysis Genome alignment Genome Distant 元基因组数据分析 16s rRNA Metagenomics 文库制备注意事项 Shotgun Metagenomics ViroCap Meta-BEETL SUPRI 专题 NGS那点事儿 一代测序与二代测序 R 语言基础 ggplot2 Bioconductor Galaxy 本地化配置 本地安装与基本配置 单机生产配置 云服务器部署 小型测序实验室快速部署方案 Amazon EC2 教程 Circos Automation Pipeline Framwork 常用软件的安装与设置 Others SRA_toolkit edirect Trimming Fastx_toolkit Trimmomatic Seqtk Assembly SPAdes MaSuRCA A5_miseq Velvet Mapping samtools bowtie2 bwa Visualization circos Artemis BRIG Alignment Blast 和 Blast+ mafft Phylogeny RaxML PhyML Anotation Prokka GeneMakerS 附录 名词解释 网上资源 NCBI 资料汇总 数据格式 DNA序列文件 GFF 文件格式 Fastq 文件格式 脚本语言 Python Perl Biopython R awk