annotation.md

基因组注释

基因组草图获得后，对其进行注释。

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1. Prokka

1.1 安装 Bioperl

~$ sudo apt-get install cpanminus
~$ cpanm Bio::Perl XML::Simple

1.2 安装 rRNA predictor

这里选择Barrnap

~/tmp$ wget http://www.vicbioinformatics.com/barrnap-0.5.tar.gz
~/tmp$ tar zxvf barrnap-0.5.tar.gz -C ~/app/
~/tmp$ echo "export PATH=$PATH:$HOME/app/barrnap-0.5/bin" >> ~/.bashrc
~/tmp$ source ~/.bashrc

1.3 安装 prokka

~/tmp$ wget http://www.vicbioinformatics.com/prokka-1.11.tar.gz
~/tmp$ tar zxvf prokka-1.11.tar.gz -C ~/app
~/tmp$ echo "export PATH=$PATH:$HOME/app/prokka-1.11/bin" >> ~/.bashrc
~/tmp$ source ~/.bashrc
~/tmp$ prokka --setupdb

1.4 注释基因组

~/data$ prokka genome_contig.fasta

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2. PGAAP

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/annotation_prok/

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3. RAST