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gap-packages · Sep 17, 2023 · f24ab38 · f24ab38
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diff --git a/HowToUpdateHap.txt b/HowToUpdateHap.txt
diff --git a/PackageInfo.g b/PackageInfo.g
@@ -107,8 +107,8 @@ AvailabilityTest := ReturnTrue,
 BannerString     := Concatenation( "Loading HAP ",
                             String( ~.Version ), " ...\n" ),
 
-TestFile :=  "tst/testquick.g",
-#TestFile :=  "tst/testall.g",
+#TestFile :=  "tst/testquick.g",
+TestFile :=  "tst/testall.g",
 
 Keywords := [ "homology", "cohomology", "resolution", "homotopy group", 
 "module of identities", "CW complex", "simplicial complex", "cubical complex", "permutahedral complex", "knots", "nonabelian tensor", "nonabelian exterior", "covering space" ]

diff --git a/lib/Functors/various.gi b/lib/Functors/various.gi
@@ -323,6 +323,33 @@ a->ImagesRepresentative(x,ImagesRepresentative(y,a)));
 end);
 #####################################################################
 
+####################################################################
+#####################################################################
+InstallOtherMethod(Compose,
+"for chain homomorphisms FoG=F(G)",
+[IsHapChainMap,IsHapChainMap],
+function(F,G)
+local S,T,map,char;
+S:=Source(F);
+T:=Target(G);
+if not S=T then return fail; fi;
+char:=EvaluateProperty(F,"characteristic");
+
+map:=function(n,k);
+return F!.mapping(n,G!.mapping(n,k));
+end;
+
+return Objectify(HapChainMap,
+       rec(
+           source:=Source(G),
+           target:=Target(F),
+           mapping:=map,
+           properties:=[["characteristic", char],["type","chainMap"]]));
+
+end);
+#####################################################################
+
+
 #####################################################################
 InstallOtherMethod(Compose,
 "for FpG-module homomorphisms xoy=x(y)",

diff --git a/lib/Homology/new_persistent.gi b/lib/Homology/new_persistent.gi
@@ -0,0 +1,45 @@
+
+###################################################
+###################################################
+InstallGlobalFunction(PersistentBettiNumbersViaContractions,
+function(FF,n,p)
+local F, W, L, E, chnmap, cwmap, map, ln, k, f, homs;
+
+#F:=ContractedFilteredRegularCWComplex(FF);
+F:=FF;
+ln:=EvaluateProperty(F,"filtration_length");
+W:=[];
+for k in [1..ln] do
+Add(W,FiltrationTerm(F,k));
+od;
+
+L:=[];
+for k in [1..ln-1] do
+map:=function(n,i); return i; end;
+cwmap:=Objectify( HapRegularCWMap,
+            rec(
+            source:=W[k],
+            target:=W[k+1],
+            mapping:=map));
+Add(L,ChainMapOfRegularCWMap(cwmap));
+od;
+
+
+E:=[];
+for k in [1..ln] do
+Add(E,ChainComplexEquivalenceOfRegularCWComplex(W[k]));
+od;
+
+
+homs:=[];
+for k in [1..ln-1] do
+f:=Compose( E[k+1][1], Compose(L[k],E[k][2]) );
+Add(homs,HomologyVectorSpace(TensorWithIntegersModP(f,p),n));
+od;
+return LinearHomomorphismsPersistenceMat(homs);
+end);
+###################################################
+###################################################
+
+
+
diff --git a/lib/Homology/persistent.gi b/lib/Homology/persistent.gi
@@ -277,7 +277,11 @@ if y=x then
 else
 mat[x][y]:= Product(List([x..y-1],i->HOMS[i]));
 fi;
-mat[x][y]:=Dimension(Image(mat[x][y]));
+if Dimension(Range(mat[x][y])) = 0 or Dimension(Source(mat[x][y])) = 0
+ then mat[x][y]:=0;
+else
+ mat[x][y]:=Dimension(Image(mat[x][y]));
+fi;
 od;
 od;
 

diff --git a/lib/Operations/hapOps.gi b/lib/Operations/hapOps.gi
@@ -951,14 +951,45 @@ InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbers,
 function(Y,n,prime)
 local W;
 W:=ContractedFilteredPureCubicalComplex(Y);
-W:=Y;
 W:= FilteredPureCubicalComplexToCubicalComplex(W);
 W:=FilteredCubicalComplexToFilteredRegularCWComplex(W);
 return PersistentBettiNumbers(W,n,prime);
 end);
 ##########################################################
 ##########################################################
 
+##########################################################
+##########################################################
+InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered pure cubical complex",
+[IsHapFilteredPureCubicalComplex,IsInt,IsInt],
+function(Y,n,prime)
+local W;
+W:=ContractedFilteredPureCubicalComplex(Y);
+W:= FilteredPureCubicalComplexToCubicalComplex(W);
+W:=FilteredCubicalComplexToFilteredRegularCWComplex(W);
+return PersistentBettiNumbersAlt(W,n,prime);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
+##########################################################
+##########################################################
+InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered pure cubical complex",
+[IsHapFilteredPureCubicalComplex,IsInt],
+function(Y,n)
+local W;
+
+W:=ContractedFilteredPureCubicalComplex(Y);
+W:= FilteredPureCubicalComplexToCubicalComplex(W);
+W:=FilteredCubicalComplexToFilteredRegularCWComplex(W);
+return PersistentBettiNumbersAlt(W,n);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
+
 
 
 ##########################################################
@@ -974,6 +1005,20 @@ end);
 ##########################################################
 ##########################################################
 
+##########################################################
+##########################################################
+InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered simplicial complex",
+[IsHapFilteredSimplicialComplex,IsInt],
+function(Y,n)
+local W;
+W:=FilteredRegularCWComplex(Y);
+return PersistentBettiNumbersAlt(W,n);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
+
 ##########################################################
 ##########################################################
 InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbers,
@@ -987,6 +1032,20 @@ end);
 ##########################################################
 ##########################################################
 
+##########################################################
+##########################################################
+InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered simplicial complex",
+[IsHapFilteredSimplicialComplex,IsInt,IsInt],
+function(Y,n,prime)
+local W;
+W:=FilteredRegularCWComplex(Y);
+return PersistentBettiNumbersAlt(W,n,prime);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
+
 
 
 
@@ -997,7 +1056,8 @@ InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbers,
 [IsHapFilteredRegularCWComplex,IsInt],
 function(Y,n)
 local W;
-W:=ContractedFilteredRegularCWComplex(Y);
+#W:=ContractedFilteredRegularCWComplex(Y);
+W:=Y;
 W:=SparseChainComplexOfFilteredRegularCWComplex(W);
 return PersistentBettiNumbers(W,n);
 end);
@@ -1011,13 +1071,37 @@ InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbers,
 [IsHapFilteredRegularCWComplex,IsInt,IsInt],
 function(Y,n,prime)
 local W;
-W:=ContractedFilteredRegularCWComplex(Y);
+#W:=ContractedFilteredRegularCWComplex(Y);
+W:=Y;
 W:=SparseChainComplexOfFilteredRegularCWComplex(W);
 return PersistentBettiNumbers(W,n,prime);
 end);
 ##########################################################
 ##########################################################
 
+##########################################################
+##########################################################
+InstallMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered regular CW-complex",
+[IsHapFilteredRegularCWComplex,IsInt,IsInt],
+function(Y,n,prime);
+return PersistentBettiNumbersViaContractions(Y,n,prime);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
+##########################################################
+##########################################################
+InstallOtherMethod(PersistentBettiNumbersAlt,
+"Betti number of a filtered regular CW-complex",
+[IsHapFilteredRegularCWComplex,IsInt],
+function(Y,n);
+Print("Using homology over GF(2).\n");
+return PersistentBettiNumbersViaContractions(Y,n,2);
+end);
+##########################################################
+##########################################################
+
 
 
 

diff --git a/lib/PolyComplexes/filteredCubical.gi b/lib/PolyComplexes/filteredCubical.gi
@@ -6,11 +6,17 @@
 InstallGlobalFunction(ThickeningFiltration,
 #function(M,n)
 function(arg)
-local M, n, F, D, T, C, k, A,step,s;
+local B,M, n, F, D, T, C, k, A,step,s;
 
 M:=arg[1];
 n:=arg[2];
-if Length(arg)>2 then step :=arg[3]; else step:=1; fi;
+if Length(arg)>2 then 
+
+if IsInt(arg[3]) then step :=arg[3]; 
+
+else step:=1; B:=arg[3]; fi;
+else step:=1;
+fi;
 
 F:=PureCubicalComplex(M!.binaryArray);
 F!.filtration:=StructuralCopy(F!.binaryArray);
@@ -19,6 +25,9 @@ T:=M;
 for k in [2..n+1] do
    for s in [1..step] do
    T:=ThickenedPureCubicalComplex(T);
+   if IsBound(B) then
+   T:=PureCubicalComplexIntersection(T,B);
+   fi;
    od;
 D:=PureCubicalComplexDifference(T,F);
 D:=k*D!.binaryArray;

diff --git a/lib/PolyComplexes/pureCubicalComplexes.gi b/lib/PolyComplexes/pureCubicalComplexes.gi
@@ -1009,7 +1009,7 @@ function(arg)
 local i,A,viewer,T,file,file1,file2,tmpdir;
 # Function for viewing 2-dimensional pure cubical complexes.
 
-T:=arg[1];
+T:=PureCubicalComplex(1*arg[1]!.binaryArray);
 
 if not (Dimension(T)=2 or Dimension(T)=3) then
 Print("There is no method for viewing a pure cubical complex of dimension ",

diff --git a/lib/RegularCWComplexes/basicRegular.gi b/lib/RegularCWComplexes/basicRegular.gi
@@ -350,6 +350,11 @@ if not Y!.criticalCells=fail then
 return Y!.criticalCells;
 fi;
 
+if Dimension(Y)=0 then 
+Y!.criticalCells:=List([1..Y!.nrCells(0)],i->[0,i]);
+return Y!.criticalCells;
+fi;
+
 ##############################
 if Length(arg)>1 then 
 cells:=CocriticalCellsOfRegularCWComplex(Y,arg[2]);