Forberedelser rapportekutvikling

DESCRIPTION

@@ -26,7 +26,8 @@ Imports:
     magrittr,
     shiny,
     rapbase,
-    rlang
+    rlang,
+    janitor
 Remotes:
     Rapporteket/rapbase@*release,
 Suggests: 

NAMESPACE

@@ -12,7 +12,10 @@ export(admtab_server)
 export(admtab_ui)
 export(appServer)
 export(appUi)
+export(binomkonf)
 export(norspisApp)
+export(norspisBeregnIndikator)
+export(norspisPlotIndikator)
 export(queryAlleScorer)
 export(queryBehandling)
 export(queryBehandlingNum)

R/norspisBeregnIndikator.R

@@ -0,0 +1,164 @@
+#' Beregn kvalitetsindikatorer for Norspis
+#'
+#' Beregn kvalitetsindikatorer for Norspis til bruk på Rapportalen
+#'
+#' @export
+#'
+norspisBeregnIndikator <- function(RegData, ind_id = "norspis_KI1_symptomreduksjon_EDEQ_V") {
+
+  terskel=5
+  minstekrav = NA
+  maal = NA
+  skriftStr=1.0
+  pktStr=1.4
+  legPlass="top"
+  minstekravTxt="Min."
+  maalTxt="Mål"
+  decreasing=F
+  width=800
+  height=700
+  maalretn="hoy"
+
+
+  if (ind_id == "norspis_KI1_symptomreduksjon_EDEQ_V") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(EDEQ60GlobalScore_start),
+             !is.na(EDEQ60GlobalScore_slutt),
+             Over18_start) %>%
+      mutate(year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      mutate(var = ifelse((EDEQ60GlobalScore_start-EDEQ60GlobalScore_slutt) >= 0.9,
+                          1, 0),
+             denominator = 1) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 50
+    tittel <- c("Andelen med klinisk signifikant",  "bedring i spiseforstyrrelsessymptomer (V)")
+  }
+
+  if (ind_id == "norspis_KI1_symptomreduksjon_EDEQ_BU") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(EDEQ60GlobalScore_start),
+             !is.na(EDEQ60GlobalScore_slutt),
+             !Over18_start) %>%
+      mutate(year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      mutate(var = ifelse((EDEQ60GlobalScore_start-EDEQ60GlobalScore_slutt) >= 0.9,
+                          1, 0),
+             denominator = 1) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 70
+    tittel <- c("Andelen med klinisk signifikant",  "bedring i spiseforstyrrelsessymptomer (BU)")
+  }
+
+
+  if (ind_id == "norspis_KI2_funksjonsbedring_CIA_V") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(CIA30GlobalScore_slutt),
+             !is.na(CIA30GlobalScore_start),
+             Over18_start) %>%
+      mutate(year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      mutate(var = ifelse((CIA30GlobalScore_start-CIA30GlobalScore_slutt) >= 7,
+                          1, 0),
+             denominator = 1) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 50
+    tittel <- c("Andelen med bedring i",  "funksjon/livskvalitet (V)")
+  }
+
+  if (ind_id == "norspis_KI2_funksjonsbedring_CIA_BU") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(CIA30GlobalScore_slutt),
+             !is.na(CIA30GlobalScore_start),
+             !Over18_start) %>%
+      mutate(year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      mutate(var = ifelse((CIA30GlobalScore_start-CIA30GlobalScore_slutt) >= 7,
+                          1, 0),
+             denominator = 1) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 70
+    tittel <- c("Andelen med bedring i",  "funksjon/livskvalitet (BU)")
+  }
+
+
+
+  if (ind_id == "norspis_KI3_undervektsreduksjon") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      mutate(bmi = ifelse(!is.na(MedIsoBMIBGS_start),
+                          MedIsoBMIBGS_start, MedBMI_start),
+             bmi_slutt = ifelse(!is.na(MedIsoBMIBGS_slutt),
+                                MedIsoBMIBGS_slutt, MedBMI_slutt)) %>%
+      filter(!is.na(bmi),
+             bmi < 18.5,
+             !is.na(bmi_slutt)) %>%
+      mutate(var = ifelse(bmi_slutt >= 18.5, 1, 0),
+             denominator = 1,
+             year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 60
+    tittel <- c("Andelen med endring av undervektstatus",  "til ikke undervektig ved slutt")
+  }
+
+
+  if (ind_id == "norspis_KI4_utfallsvurdering_V") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(PT03Utfallsvurd),
+             PT03Utfallsvurd != 9,
+             Over18_start) %>%
+      mutate(var = ifelse(PT03Utfallsvurd %in% 1:2, 1, 0),
+             denominator = 1,
+             year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 50
+    tittel <- c("Andelen som rapporterer Klar bedring",  "eller Ikke noe problem lenger (V)")
+  }
+
+  if (ind_id == "norspis_KI4_utfallsvurdering_BU") {
+
+    Indikator <- RegData %>%
+      filter(!is.na(PT03Utfallsvurd),
+             PT03Utfallsvurd != 9,
+             !Over18_start) %>%
+      mutate(var = ifelse(PT03Utfallsvurd %in% 1:2, 1, 0),
+             denominator = 1,
+             year = format(RegHendelsesdato_slutt, "%Y") %>% as.numeric()) %>%
+      select(AvdRESH, year, var, denominator, Kortnavn, AvdBUV_start) %>%
+      rename(SykehusNavn = Kortnavn) %>%
+      mutate(ind_id = ind_id,
+             context = "caregiver")
+    maal <- 70
+    tittel <- c("Andelen som rapporterer Klar bedring",  "eller Ikke noe problem lenger (BU)")
+  }
+
+
+
+  indikatordata <- list(indikator=Indikator, tittel=tittel, terskel=terskel,
+                        minstekrav=minstekrav, maal=maal, skriftStr=skriftStr,
+                        pktStr=pktStr, legPlass=legPlass, minstekravTxt=minstekravTxt,
+                        maalTxt=maalTxt, decreasing=decreasing,
+                        width=width, height=height, maalretn=maalretn)
+
+
+
+}