Merge branch 'develop'

.gitignore

@@ -8,3 +8,15 @@ config/conf_gn_module.toml
 config/monitoring/*
 !config/monitoring/generic
 frontend/assets/*.jpg
+
+
+# Node
+.npm
+node_modules
+npm-debug.log
+coverage/
+node_modules/
+tmp/
+npm-debug.log*
+yarn-error.log*
+.ng_pkg_build/

README.rst

@@ -4,8 +4,8 @@ Module GeoNature de suivis génériques
 Module générique de gestion des données de protocoles de type suivis
 ********************************************************************
 
-Ce module permet de gérer de façon générique des données de protocoles "simples" articulés en 3 niveaux : 
-des sites (nom, type, localisation) dans lesquels on fait des visites (dates, observateurs) 
+Ce module permet de gérer de façon générique des données de protocoles "simples" articulés en 3 niveaux :
+des sites (nom, type, localisation) dans lesquels on fait des visites (dates, observateurs)
 dans lesquelles on peut faire des observations (espèces).
 
 Ces 3 niveaux peuvent être complétés des données spécifiques à chaque protocole, qui sont stockées dynamiquement dans la base de données sous forme de jsonb.
@@ -33,6 +33,8 @@ Sommaire
 * `Documentation technique <docs/documentation_technique.rst>`_
 * `Création d'un sous-module <docs/sous_module.rst>`_
 * `Mise à jour du module <docs/MAJ.rst>`_
+* `Liste des commandes <docs/commandes.rst>`_
+* `Permissions`_
 
 Installation
 ************
@@ -116,11 +118,11 @@ Lancer la commande d'installation du sous-module
 
   flask monitorings install <chemin_absolu_vers_le_sous_module>
 
-- Par défaut la commande d'installation extrait le code du module depuis le chemin. 
+- Par défaut la commande d'installation extrait le code du module depuis le chemin.
 - Par exemple ``<chemin_absolu_vers_le_module_de_suivi>/contrib/test/`` donnera la valeur ``test`` à ``module_code``.
 - Le caractère ``/`` à la fin de ``<chemin_absolu_vers_le_sous_module>`` est optionnel.
 
-Si la commande précise que le module est déjà installé (test sur le ``module_code``) on peut préciser une valeur différente pour ``module_code`` avec la commande : 
+Si la commande précise que le module est déjà installé (test sur le ``module_code``) on peut préciser une valeur différente pour ``module_code`` avec la commande :
 
 ::
 
@@ -159,9 +161,9 @@ Cliquez sur le bouton ``Éditer``
 --------------------------------
 
 Le formulaire d'édition du module s'affiche et vous pouvez choisir les variable suivantes :
-  
+
 - Jeux de données *(obligatoire)* :
-  
+
   - Un module peut concerner plusieurs jeux de données, le choix sera ensuite proposé au niveau de chaque visite.
 
 - Liste des observateurs *(obligatoire)*:
@@ -176,9 +178,9 @@ Le formulaire d'édition du module s'affiche et vous pouvez choisir les variable
 - Activer la synthèse *(non obligatoire, désactivée par défaut)* ?
 
   - Si on décide d'intégrer les données du sous-module dans la synthèse de GeoNature.
- 
+
 - Affichage des taxons *(obligatoire)* ?
-  
+
   - Définit comment sont affichés les taxons dans le module :
 
     - ``lb_nom`` : Nom latin,
@@ -191,7 +193,7 @@ Le formulaire d'édition du module s'affiche et vous pouvez choisir les variable
 
 - Options spécifiques du sous-module :
 
-  - Un sous-module peut présenter des options qui lui sont propres et définies dans les paramètres spécifiques du sous-module. 
+  - Un sous-module peut présenter des options qui lui sont propres et définies dans les paramètres spécifiques du sous-module.
 
 Exemples de sous-modules
 ========================
@@ -201,3 +203,20 @@ D'autres exemples de sous-modules sont disponibles sur le dépôt https://github
 * Protocole de suivi des oedicnèmes,
 * Protocole de suivi des mâles chanteurs de l'espèce chevêche d'Athena;
 * Protocole Suivi Temporel des Oiseaux de Montagne (STOM)
+
+
+Permissions
+************
+
+Les permissions ne sont implémentées que partiellement, la notion de portée (mes données, les données de mon organisme, toutes les données) n'est pas prise en compte. Si un utilisateur à le droit de réaliser une action sur un type d'objet, il peut le faire sur l'ensemble des données.
+
+La gestion des permissions pour les rôles (utilisateur ou groupe) se réalise au niveau de l'interface d'administration des permissions de GeoNature.
+
+Il est possible de spéficier les permissions pour chaque type d'objet (groupes de sites, sites, visites et observations). 
+
+Si aucune permission n'est associé à l'objet, les permissions auront comme valeurs celles associées au module qui lui même hérite des permissions du supermodule Monitoring qui lui même hérite de GéoNature.
+
+
+
+Par défaut, dès qu'un utilisateur à un droit suppérieur à 0 pour une action (c-a-d aucune portée) il peut réaliser cette action. Il est possible de surcharger les paramètres au niveau des fichiers de configuration des objets du module. (cf configuration des sous-modules).
+

VERSION

@@ -1 +1 @@
-0.2.1
+0.2.2dev

backend/command/cmd_install.py

@@ -10,8 +10,10 @@
 from sqlalchemy import and_
 from sqlalchemy.sql import text
 from sqlalchemy.exc import IntegrityError
+from sqlalchemy.orm.exc import NoResultFound
 
 from geonature.utils.env import DB
+from geonature.core.gn_permissions.models import CorObjectModule, TObjects
 from pypnnomenclature.models import TNomenclatures, BibNomenclaturesTypes
 
 from ..monitoring.models import TMonitoringModules
@@ -42,10 +44,10 @@ def install_monitoring_module(module_config_dir_path, module_code, build):
 
     # on enleve le '/' de la fin de module_config_dir_path
     if module_config_dir_path[-1] == '/':
-        module_config_dir_path = module_config_dir_path[:-1]    
-    
+        module_config_dir_path = module_config_dir_path[:-1]
+
     module_code = module_code or module_config_dir_path.split('/')[-1]
-            
+
     print('Install module {}'.format(module_code))
 
     module_monitoring = get_simple_module('module_code', 'MONITORINGS')
@@ -115,6 +117,10 @@ def install_monitoring_module(module_config_dir_path, module_code, build):
     DB.session.add(module)
     DB.session.commit()
 
+    # Insert permission object
+    if "permission_objects" in config:
+        id_module = module.id_module
+        insert_permission_object(id_module, config)
 
     #  run specific sql
     if os.path.exists(module_config_dir_path + '/synthese.sql'):
@@ -174,6 +180,75 @@ def install_monitoring_module(module_config_dir_path, module_code, build):
     return
 
 
+def insert_permission_object(id_module, permissions):
+    """ Insertion de l'association permission object
+
+        Args:
+            id_module ([type]): id du module
+            permissions ([type]): liste des permissions à associer au module
+
+        Raises:
+            e: [description]
+    """
+    for perm in permissions:
+        print(f"Insert perm {perm}")
+        #load object
+        try:
+            object = DB.session.query(TObjects).filter(TObjects.code_object==perm).one()
+             # save
+            obj_mod = CorObjectModule(id_module=id_module, id_object = object.id_object)
+
+            try:
+                DB.session.add(obj_mod)
+                DB.session.commit()
+                print(f"    Ok")
+            except IntegrityError:
+                DB.session.rollback()
+                print(f"    Impossible d'insérer la permission {perm} pour des raisons d'intégrités")
+        except NoResultFound as e:
+            print(f"    Permission {perm} does'nt exists")
+        except Exception as e:
+            print(f"    Impossible d'insérer la permission {perm} :{e}")
+
+
+
+@monitorings_cli.command('update_permission_objects')
+@click.argument('module_code')
+@with_appcontext
+def update_perm_module_cmd(module_code):
+    """
+       Mise à jour (uniquement insertion) des objets permissions associés au module
+       Défini par le paramètre permission_objects du fichier module.json
+
+    Args:
+        module_code ([string]): code du sous module
+
+    """
+    try:
+        module = get_module('module_code', module_code)
+    except Exception:
+        print("le module n'existe pas")
+        return
+    path_module = CONFIG_PATH + '/' + module_code + '/module.json'
+
+    if not os.path.exists(path_module):
+        print(f"Il n'y a pas de fichier {path_module} pour ce module")
+        return
+    config_module = json_from_file(path_module, None)
+    if not config_module:
+        print('Il y a un problème avec le fichier {}'.format(path_module))
+        return
+
+    print(f"Insertion des objets de permissions pour le module {module_code}")
+    # Insert permission object
+    if "permission_objects" in config_module:
+        id_module = module.id_module
+        insert_permission_object(id_module, config_module["permission_objects"])
+    else:
+        print("no permission")
+
+
+
 @monitorings_cli.command('remove')
 @click.argument('module_code')
 @with_appcontext

backend/monitoring/base.py

@@ -137,7 +137,7 @@ def config_value(self, param_name):
         field_name = self.config_param(param_name)
         return self.get_value(field_name)
 
-    def parent_type(self): 
+    def parent_type(self):
         '''
             on renvoie le premier de la liste
         '''
@@ -191,8 +191,8 @@ def id_parent(self):
 
         return getattr(self._model, self.id_parent_fied_name())
 
-    def get_cruved(self):
-        return cruved_scope_for_user_in_monitoring_module(self._module_code)
+    def get_cruved(self, object_type=None):
+        return cruved_scope_for_user_in_monitoring_module(self._module_code, object_type)
 
     def cond_filters(self):
         filters = self.config_param('filters')
@@ -201,7 +201,7 @@ def cond_filters(self):
             return True
         print('filters', filters, self)
 
-        cond = True    
+        cond = True
         for key in filters:
             cond = cond and self.get_value(key) == filters[key]
 

backend/monitoring/serializer.py

@@ -19,7 +19,7 @@ def get_parent(self):
             return
 
         if not self._parent:
-            self._parent  = (
+            self._parent = (
                 monitoring_definitions
                 .monitoring_object_instance(
                     self._module_code,
@@ -161,6 +161,12 @@ def serialize(self, depth=1):
 
         if self._object_type == 'module':
             monitoring_object_dict['cruved'] = self.get_cruved()
+            monitoring_object_dict['cruved_objects'] = {}
+            monitoring_object_dict['cruved_objects']['site'] = self.get_cruved("GNM_SITES")
+            monitoring_object_dict['cruved_objects']['sites_group'] = self.get_cruved("GNM_GRP_SITES")
+            monitoring_object_dict['cruved_objects']['visite'] = self.get_cruved("GNM_VISITES")
+            monitoring_object_dict['cruved_objects']['observation'] = self.get_cruved("GNM_OBSERVATIONS")
+
 
         properties['id_parent'] = to_int(self.id_parent())
         if(children):