synthese

data/synthese_svo.sql

@@ -0,0 +1,161 @@
+
+-- Vue générique pour alimenter la synthèse dans le cadre d'un protocole site-visite-observation
+-- 
+-- Ce fichier peut être copié dans le dossier du sous-module et renommé en synthese.sql (et au besoin personnalisé)
+-- le fichier sera joué à l'installation avec la valeur de module_code qui sera attribué automatiquement
+--
+--
+-- Personalisations possibles
+--
+--  - ajouter des champs specifiques qui peuvent alimenter la synthese
+--      jointure avec les table de complement
+--
+--  - choisir les valeurs de champs de nomenclatures qui seront propres au modules
+
+
+-- ce fichier contient une variable :module_code (ou :'module_code')
+-- utiliser psql avec l'option -v module_code=<module_code
+
+-- ne pas remplacer cette variable, elle est indispensable pour les scripts d'installations
+-- le module pouvant être installé avec un code différent de l'original
+
+DROP VIEW IF EXISTS gn_monitoring.v_synthese_:module_code;
+CREATE VIEW gn_monitoring.v_synthese_:module_code AS
+
+WITH source AS (
+
+	SELECT
+
+        id_source
+
+    FROM gn_synthese.t_sources
+	WHERE name_source = CONCAT('MONITORING_', UPPER(:'module_code'))
+	LIMIT 1
+
+), sites AS (
+
+    SELECT
+
+        id_base_site,
+        geom AS the_geom_4326,
+	    ST_CENTROID(geom) AS the_geom_point,
+	    geom_local as geom_local
+
+        FROM gn_monitoring.t_base_sites
+
+), visits AS (
+
+    SELECT
+
+        id_base_visit,
+        uuid_base_visit,
+        id_module,
+        id_base_site,
+        id_dataset,
+        id_digitiser,
+
+        visit_date_min AS date_min,
+	    COALESCE (visit_date_max, visit_date_min) AS date_max,
+        comments,
+
+	    o.observers,
+	    o.ids_observers,
+
+    	id_nomenclature_tech_collect_campanule,
+	    id_nomenclature_grp_typ
+
+        FROM gn_monitoring.t_base_visits
+	    LEFT JOIN LATERAL (
+            SELECT --
+                array_agg(r.id_role) AS ids_observers,
+                STRING_AGG(CONCAT(r.nom_role, ' ', prenom_role), ' ; ') AS observers
+            FROM gn_monitoring.cor_visit_observer cvo
+            JOIN utilisateurs.t_roles r
+            ON r.id_role = cvo.id_role
+            WHERE cvo.id_base_visit = id_base_visit
+        ) o ON true
+
+)
+
+SELECT
+
+        o.uuid_observation AS unique_id_sinp, 
+		v.uuid_base_visit AS unique_id_sinp_grp,
+		source.id_source,
+		o.id_observation AS entity_source_pk_value,
+		v.id_dataset,
+        ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('NAT_OBJ_GEO', 'St') AS id_nomenclature_geo_object_nature,
+
+		v.id_nomenclature_grp_typ, -- TYP_GRP
+		--id_nomen clature_obs_technique, -- METH_OBS
+		v.id_nomenclature_tech_collect_campanule, --TECHNIQUE_OBS
+		--id_nomenclature_bio_status, -- STATUT_BIO
+		--id_nomenclature_bio_condition, -- ETA_BIO
+		--id_nomenclature_naturalness, -- NATURALITE
+		--id_nomenclature_exist_proof, -- PREUVE_EXIST
+		--id_nomenclature_valid_status,  --STATUT_VALID
+		--id_nomenclature_diffusion_level, -- NIV_PRECIS
+		--id_nomenclature_life_stage, -- STADE_VIE
+		--id_nomenclature_sex, -- SEXE
+ 		ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('IND', 'OBJ_DENBR') AS id_nomenclature_obj_count,
+ 		ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_DENBR', 'Es') AS id_nomenclature_type_count,
+ 		-- id_nomenclature_sensitivity, --SENSIBILITE
+ 		ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_OBS', 'Pr') AS id_nomenclature_observation_status, 
+		-- id_nomenclature_blurring, -- DEE_FLOU
+        -- id_nomenclature_behaviour, -- OCC_COMPORTEMENT
+		ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('STATUT_SOURCE', 'Te') AS id_nomenclature_source_status,
+		ref_nomenclatures.get_id_nomenclature('TYP_INF_GEO', '1') AS id_nomenclature_info_geo_type,
+
+		1 AS count_min,
+		1 AS count_max,
+		id_observation,
+		o.cd_nom,
+		t.nom_complet AS nom_cite,
+		--meta_v_taxref
+		--sample_number_proof
+		--digital_proofvue
+		alt.altitude_min,
+		alt.altitude_max,
+		s.the_geom_4326,
+		s.the_geom_point,
+		s.geom_local as the_geom_local,
+		v.date_min,
+		v.date_max,
+		--validator
+		--validation_comment
+		observers,
+		--determiner
+		v.id_digitiser,
+		--id_nomenclature_determination_method
+		--meta_validation_date
+		--meta_create_date,
+		--meta_update_date,
+		--last_action
+		v.id_module,
+		v.comments AS comment_context,
+		o.comments AS comment_description,
+		ids_observers,
+
+		-- ## Colonnes complémentaires qui ont leur utilité dans la fonction synthese.import_row_from_table
+		v.id_base_site,
+		v.id_base_visit
+
+    FROM gn_monitoring.t_observations o
+    JOIN visits v
+        ON v.id_base_visit = o.id_base_visit
+    JOIN sites s 
+        ON s.id_base_site = v.id_base_site
+	JOIN gn_commons.t_modules m 
+        ON m.id_module = v.id_module
+	JOIN taxonomie.taxref t 
+        ON t.cd_nom = o.cd_nom
+	JOIN source 
+        ON TRUE
+ 	LEFT JOIN LATERAL ref_geo.fct_get_altitude_intersection(s.geom_local) alt (altitude_min, altitude_max)
+        ON TRUE
+    WHERE m.module_code = :'module_code'
+    ;
+
+
+SELECT * FROM gn_monitoring.v_synthese_:module_code
+LIMIT 10;

docs/TODO.md

@@ -0,0 +1,12 @@
+TODO de la doc
+
+# synthese
+
+## configuration
+
+photo
+
+## fichier sql exemple et qui marche partout
+## add \set module_code='<ton_module_code>'
+
+## function bash init_views

docs/changelog.md

@@ -9,13 +9,16 @@ TODO : A mettre à jour dans manifest.toml avant release.
 
 **Nouveautés**
 
+* Ajout de la notion de groupes de sites (encore un peu jeune)
+* Simplification de la procédure pour mettre les données dans la synthèse(un fichier à copier, un boutton à cocher et possibilité de customizer la vue pour un sous-module).
+* Passage de la complexité des méthodes de mise en base des données et de gestion des relation par liste d'`id` (observateurs, jdd du module, correlations site module) vers le module `Utils_Flask_SQLA` (amélioration de la méthode from_dict en mode récursif qui accepte des listes d'`id` et les traduit en liste de modèles) *(principalement dans `backend/monitoring/serializer.py`)*
 * Possibilité de renseigner le JDD à chaque visite (#30)
 * Possibilité pour les administrateurs d'associer les JDD à un sous-module directement depuis l'accueil du sous-module (#30)
 * Possibilité de créer des groupes de sites (#24)
 * Possibilité de créer une visite directement après la création d'un site, et d'une observation directement après la création d'une visite (#28)
 * Redirection sur sa page de détail après la création d'un objet, plutôt que sur la liste (#22)
 * Mise à jour du composant de gestion et d'affichage des médias
-* Ajout d'un composant de liste simple (``datalist``) pouvant interroger une API, utilisé pour les listes de taxons et d'observateurs (#44)
+* Ajout d'un composant de liste modulable (``datalist``) pouvant interroger une API, pouvant être utilisé pour les listes de taxons, d'observateurs, de jdd, de nomenclatures, de sites, de groupes de sites, etc... (#44)
 * Liste des observations : ajout d'un paramètre permettant d'afficher le nom latin des taxon observés (#36)
 * Suppression du fichier ``custom.json`` pour gérer son contenu dans les nouveaux champs de la table ``gn_monitoring.t_module_complements`` (#43)
 * Clarification et remplacement des ``module_path`` et ``module_code`` (#40)

docs/synthese.md

@@ -0,0 +1,34 @@
+# Intégration des données dans la synthèse
+
+## La vue pour la synthèse
+
+### Pour les modules de type Site -> Visite -> Observation
+
+- Copier le fichier `data/synthese_svo.sql` dans `<repertoire_sous_module>/synthese.sql`.
+
+  - Ce script SQL sera joué automatiquement à l'installation du module (voir le paragraphe `data/update_views.sh` pour le jouer à la demande).
+
+  - Cette vue peut être personalisée pour chaque module, on peut nottament
+    - mettre des valeurs présentes dans les table de complément (champs spécifiques) et qui peuvent alimenter des champs de la synthèse
+    - donner des valeurs plus spécifique au module pour les champs de type nomenclature (la plupart sont en commentaires dans la vue) 
+
+ - À la configuration du sous-module (page du sous-module, appuyer sur `éditer le module`), activer la synthèse.
+
+Au besoin, si des données sont déjà présentes, appuyer sur `Mettre à jour la synthèse` (attention cela peut prendre du temps). Cette actions met à jour la synthèse pour tout le module.
+
+La synthèse est mise à jour pour toutes les observations concernée par une création /modification d'un site, d'une visite ou d'une observation.
+
+### Pour les autres type de module
+
+- adapter la vue
+- ajouter `"synthese_object": "visit"` si le module s'arête au niveau des visites
+  - par défaut il est à `observation`
+  - cela permet de renseigner la table `gn_synthese.t_sources` (et de créer le liens dans la synthèse vers la module monitoring qui a généré la ligne de la synthèse)
+
+
+## `data/update_views.sh`
+Tous les fichiers de vue pour la synthese peuvent être rejoués avec la commande
+
+- `data/update_views <chemin absolu vers geonature>` (tous les modules)
+
+- `data/update_views <chemin absolu vers geonature> <module_code>` (un seul module)