Mentor: prof.dr.sc. Mile Šikić
Tema: Poravnanje RNA očitanja na poznate gene
Projekt u sklopu završnog rada za preddiplomski studij na FER-u. Skripte su namijenjene kao dodatak već postojećem alatu za poravnanje GraphMap kako bi se omogućilo poravnanje RNA očitanja na poznate gene.
###transExtract.py Skripta iz zadane GTF datoteke generira transkriptom sekvence zadane u FASTA formatu. Transkriptom se zapisuje kao FASTA datoteka s više sekvenci. Skripta očekuje najmanje 3 argumenta: putanju do ulazne GTF datoteke, putanju do ulazne FASTA datoteke i putanju do izlazne FASTA datoteke. Nakon toga slijede zastavice koje ne moraju biti uključene.
######Zastavice
- s - uključivanje stranda kod generiranja transkriptoma, skripta će za eksone označene "-" strandom uzimati njihov reverzni komplement
- alt - uključuje "alternative splicing", skripta će za svaki transkript generirati sve podskupove njegovih eksona (osim praznog skupa) i za svaki podskup generirati novi transkript. Transkript koji je sastavljen od svih eksona iz originalnog skupa koji mu pripada neće imati posebnu oznaku, a svi ostali (koji su generirani uzimajući neki pravi podskup) će uz originalno ime transkripta imati pridodan sufiks "_bitmask A" gdje je bitmask niz duljine broja eksona u originalnom skupu sastavljen od 0 i 1 gdje 1 označava uključivanje eksona, a 0 isključivanje.
#####Primjer pokretanja
python ./RnaSeq/src/transExtract.py ./ulaz/ulaz.gtf ./ulaz/chr_s288c_1.fa ./izlaz/izlaz.fa
python ./RnaSeq/src/transExtract.py ./ulaz/ulaz.gtf ./ulaz/chr_s288c_1.fa ./izlaz/izlaz_a.fa s alt
###transToGenome.py Skripta iz zadanih SAM i GTF datoteka vraća mapiranje zapisano u SAM datoteci iz prostora transkriptoma u prostor genoma i zapisuje u datoteku koja je predana kao treći argument. Skripta očekuje da je mapiranje rađeno bez uključivanja stranda (da je transExtract.py bio pokrenut bez zastavice s).
#####Primjer pokretanja
python ./RnaSeq/src/transToGenome.py ./ulaz/sim1_20perc_X5.sam ./ulaz/ulaz.gtf ./izlaz/out.sam
Alat GraphMap se koristi za poravnanje RNA očitanja na transkriptom generiran skriptom transExtract.py. Dobiveni izlaz se prosljeđuje skripti transToGenome.py koja vraća mapiranje iz prostora transkriptoma u prostor genoma.
#####Primjer pokretanja
python ./RnaSeq/src/transExtract.py ./ulaz/ulaz.gtf ./ulaz/chr_s288c_1.fa ./izlaz/izlaz_a.fa s alt
graphmap align -r ./izlaz/izlaz_a.fa -d /ulaz/sim1_20perc_X5.fastq -o ./ulaz/sim1_20perc_X5.sam
python ./RnaSeq/src/transToGenome.py ./ulaz/sim1_20perc_X5.sam ./ulaz/ulaz.gtf ./izlaz/out.sam