Курс Геноміки ЮА з біологіїї поодиноких клітин й просторової біології (колаборація LifeSciencesCourse та DAAD)
Посилання на курс на LifeSciencesCourse.
Посилання на нашому сайті genomics.org.ua.
Курс складається з двох модулів (М1 і М2). Деякі семінари/лекції (S) з обох модулів перекриваються по тижнях (виділено жирним курсивом).
| M | S | Дата | Час (EET) | Тема | Інструктор |
|---|---|---|---|---|---|
| M1 | 01 | 13.01.2025 Понеділок | 19:00 | R syntax and data types | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 02 | 17.01.2025 П'ятниця | 19:00 | Code optimization with loops and functions | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 03 | 20.01.2025 Понеділок | 19:00 | Introduction to Tidyverse | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 04 | 24.01.2025 П'ятниця | 19:00 | Data visualisation | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 05 | 27.01.2025 Понеділок | 19:00 | Semantic analysis | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 06 | 31.01.2025 П'ятниця | 19:00 | Rmarkdown and project reporting | Oleksandr Shynkarenko |
| M1 | 07 | 03.02.2025 Понеділок | 19:00 | Statistics in R 1 | Dmytro Gospodaryov |
| M1 | 08 | 07.02.2025 П'ятниця | 19:00 | Statistics in R 2 | Dmytro Gospodaryov |
| M1 | 09 | 10.02.2025 Понеділок | 19:00 | Introduction to Regression Analysis | Dariia Mykhailyshyna |
| M1 | 10 | 14.02.2025 П'ятниця | 19:00 | Data Wrangling 1 | Oleksandr Shynkarenko |
| M1 | 11 | 17.02.2025 Понеділок | 19:00 | Data Wrangling 2 | Oleksandr Shynkarenko |
| M2 | 01 | 19.02.2025 Середа | 19:00 | Introduction to sequencing technologies | Valeriia Vasylieva & Anna Diamant |
| M1 | 12 | 21.02.2025 П'ятниця | 19:00 | Reproducible R pipelines. R + Docker | Oleksandr Petrenko |
| M2 | 02 | 22.02.2025 Субота | 19:00 | Foundations of multidimensional data visualization | Serhiy Naumenko |
| M1 | 13 | 24.02.2025 Понеділок | 19:00 | Constructing and working in conda environments | Oleksandr Petrenko |
| M2 | 03 | 26.02.2025 Середа | 19:00 | Single-cell RNA-seq analysis 1 | Maryna Korshevniuk |
| M1 | 14 | 01.03.2025 П'ятниця | 19:00 | Introduction to machine learning with R (caret et al.) | Valeriia Vasylieva |
| M2 | 04 | 02.03.2025 Неділя | 19:00 | Single-cell RNA-seq analysis 2 | Maryna Korshevniuk |
| M1 | 15 | 03.03.2025 Понеділок | 19:00 | Webapps with Shiny | Valeriia Vasylieva |
| M2 | 05 | 05.03.2025 Середа | 19:00 | Diverse datasets integration with Harmony | Ihor Arefiev |
| M1 | 16 | 07.03.2025 П'ятниця | 19:00 | R vs Python | Oleksandr Shynkarenko |
| M2 | 06 | 09.03.2025 Неділя | 19:00 | Single-cell RNA-seq with long reads: advances vs short reads | Anna Diamant |
| M2 | 07 | 12.03.2025 Середа | 19:00 | Introduction to single-cell multi-omics | Maryna Korshevniuk |
| M2 | 08 | 16.03.2025 Неділя | 19:00 | Single-cell ATAC-seq | TBA |
| M2 | 09 | 19.03.2025 Середа | 19:00 | Bi-modal integrative analysis of single-cell RNA+ATACseq data | Maryna Korshevniuk |
| M2 | 10 | 23.03.2025 Неділя | 19:00 | Cellular indexing of transcriptomes and epitopes (CITE-seq) | Vladyslav Kavaka |
| M2 | 11 | 26.03.2025 Середа | 19:00 | Single-cell RNA-sequencing + CITE-seq: data integration and analysis | Vladyslav Kavaka |
| M2 | 12 | 30.03.2025 Неділя | 19:00 | Single-cell datasets: clustering and DimRed beyond textbooks and UMAPs | Oleksandr Petrenko |
| M2 | 13 | 02.04.2025 Середа | 19:00 | Overview of spatial and multiplex technologies and their application in translational oncology | TBA |
| M2 | 14 | 06.04.2025 Неділя | 19:00 | 10x Visium + HD: gene expression and tissue microenvironments | Oleksandr Petrenko |
| M2 | 15 | 09.04.2025 Середа | 19:00 | Introduction to the Imaging Mass Cytometry | Elena Melnik |
| M2 | 16 | 13.04.2025 Неділя | 19:00 | Imaging Mass Cytometry data analysis 1 | Elena Melnik |
| M2 | 17 | 16.04.2025 Середа | 19:00 | Imaging Mass Cytometry data analysis 2 | Elena Melnik |
| M2 | 18 | 20.04.2025 Неділя | 19:00 | Reproducible reporting and adherence to FAIR in single-cell data analysis | Oleksandr Petrenko |
| M2 | 19 | 23.04.2025 Середа | 19:00 | Project presentations 1 | Anna Diamant |
| M2 | 20 | 27.04.2025 Неділя | 19:00 | Project presentations 2 | Maryna Korshevniuk |
