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目标是理解这些内容:

• 命令行通常由 命令, 参数, 输入文件 和 输出文件 几个部分组成

1. 命令行通常由 命令, 参数, 输入文件 和 输出文件 几个部分组成
   ① 选项是用于调节命令的某个功能，参数是命令要操作的对象、文件或者目录，不是必须的；命令是一条命令的主题，一定要存在；
   ② 命令和参数之间有空格分开；
   ③ 输入参数时，“-”后跟单词缩写，“--”后须跟单词全拼， -可以合并；
   ④ 命令必须在命令行提示符后输入，否则无效；
   ⑤ 命令行结构：<命令名><命令选项><命令参数>，命令的位置是在最前面的，是不能改变位置的，选项和参数的位置是可以发生改变的

   大多数情况下执行命令遵循以上原则，特殊除外。

2. 举例：
   一条完整的命令： command [options] [arguments]

xuruizhi@DESKTOP-HI65AUV:~$ls	  #命令
xuruizhi@DESKTOP-HI65AUV:~$ls  -l #命令+选项
xuruizhi@DESKTOP-HI65AUV:~$ ls  /root  #命令+参数
xuruizhi@DESKTOP-HI65AUV:~$ ls  -l  /root	#命令+选项+参数

3. 补充：

xuruizhi@DESKTOP-HI65AUV:~$
[1]     [2] [2]        [3] [4]
[1]xuruizhi表示此刻运行shell的用户；
[2]分隔符；
[3]主机短名称；
[4]当前所在的主机位置；
[5]用户身份提示符。（$表示普通用户，#表示超级用户）

• 多条命令可以用 管道, 也就是 | 符号, 连接起来
  管道|可以把一个命令的标准输入连接到另一个命令的标准输入，shell会协调两个进程的同步，使两个进程能够并发的进行
• 命令行可以做与图形界面类似的工作, 同时可重复性更好
• 操作过程可以被完整地记录下来, 这相当于实验过程是的实验记录

Linux 与 Bash 基础

这一步的目的有四点:

• 得到一个可用的 Linux 系统 (可以是独立运行的, 也可以是 Windows 下的子系统);
• 熟悉 Linux 里最常用的命令行交互界面, 即 Bash. Bash 也可以被看作是一门计算机语言, 它的语法还是比较简单的, 可以作为程序学习的敲门砖;
• 熟悉 Linuxbrew 软件包管理器, 以及常用生信软件的安装与使用过程;
• 初步理解这些概念: 代码编辑, 文本文件, 和版本控制系统.

文本文件：是一种计算机文件，它是一种典型的顺序文件，其文件的逻辑结构又属于流式文件。 特别的是，文本文件是指以ASCII码方式(也称文本方式)存储的文件，更确切地说，英文、数字等字符存储的是ASCII码，而汉字存储的是机内码。文本文件中除了存储文件有效字符信息（包括能用ASCII码字符表示的回车、换行等信息）外，不能存储其他任何信息。
版本控制系统：软件开发工作往往是多人协同作业，版本控制系统可以有效地解决版本的同步以及不同开发者之间的开发通信问题，提高协同开发的效率。并行开发中最常见的不同版本软件的错误(Bug)修正问题也可以通过版本控制中分支与合并的方法有效地解决。