駅は丸に、車両は上に

[hutinoatari]

配置する時に線路の端などのマージンをこちらが取らなきゃいけないのはスマートじゃない。
駅を円にして線路どうしは繋げる(切り替えポイントも)、車両はz-indexを上げて常に表示されるようにする。
駅名表示は外側に出して車両と被らないようにする。

[otariidae]

SVGにz-indexはないと思います

[hutinoatari]

悲しい
https://github.com/takamin/svg-z-order
なんかライブラリがありますね