W pionie wojskowym dość szybko, w trakcie wojny wprowadzono zaciąg cudzoziemski, początkowo tylko wśród narodów germańskich i romańskich, potem także wśród Słowian. Na samym początku wojny, np podczas wojny z Polską oddziały SS były gorsze od Wehrmachtu, dopiero z czasem zdobyły sobie opinię elitarnych. Od samego początku były odpowiedzialne za szereg zbrodni wojennych.
W 1943 powstała pierwsza dywizja pancerna SS - 1. SS-Panzer-Division Leibstandarte-SS Adolf Hitler. Pod koniec wojny większość niemieckich formacji pancernych stanowiły jednostki Waffen-SS.
Jednostki SS były zróżnicowane istniały także oddziały składające się z kryminalistów, np. brygada pod dowództwem oberführera Oskara Dirlewangera, czy Brygada Kamińskiego, powieszonego przez Niemców za kradzieże i samowolę.
12 marca 1938 oddziały SS-Verfügungstruppe wzięły udział w przygotowaniach do ataku na Austrię. W Wiedniu powstał SS-Standard Der Führer.
W październiku 1938 SS-Verfügungstruppe wzięło również udział w okupacji Sudetów, które Czechosłowacja musiała oddać Rzeszy Niemieckiej po zawarciu porozumienia monachijskiego pod koniec września.
W marcu 1939 tzw "reszta Czechosłowacji" zostałą zajęta, powstał protektorat Czech i Moraw. Szef Głównego Biura Bezpieczeństwa Rzeszy Reinhard Heydrich został później zastępcą Reichsprotektora na okupowanym terytorium. W 1942 padł ofiarą zamachu, w akcie zesty dokonano zbrodni w Lidicach.
Z wybuchem wojny SS zostało zorganizowane w ostateczną formę, składającą się z trzech głównych organizacji:
- Allgemeine SS - gółwne rezerwy kadrowe, cywilna i policyjna część SS
- SS-Totenkopfverbände - służba strażnicza w obozach koncengtracyjnych i zagłady
- Waffen-SS - powstaly w 1934 jako SS-Verfügungstruppe (SS-VT) nazwę zmieniono w 1940; sformowało drugą niemiecką armię działająca pod komendą Wehrmachtu, nigdy nie dostali samodzielności komendy, SS-mani nigdy nie dostali się do Oberkommando i oddziały SS były zależne od armii w kwestii wyposażenia. Rózniły je od Wehrmachtu dwie zasadnicze rzeczy: SS była formacją ideologiczną o wysokim stopniu indoktrynacji, było to też wojsko ochotnicze, dlatego znalazło się tam miejsce dla cudzoziemskich ochotników. Hierarchia stopni wojskowych byłą równoległa, nie skopiowali systemu Wehrmachtu, dla podkreślenie odrębności od Wehrmachtu używali stopni pryzjętych we Feeikorpsach i SA.
Podczas inwazji na Polskę LSSAH i SS-VT były oddzielnymi pułkami piechoty. LSSAH było znane z brutalności i podpalania wiosek bez żadnego wojskowego uzasadnienia. Popełnili wiele zbrodni przeciwko ludzkości. Np. zabili 50 Żydów w Błoniach, w Złoczewie zabili bronią maszynową 200 cywilów w tym dzieci. Cywilów zabili także w: Bolesławcu, Torzeńcu, Goworowie, Mławie i Włocławku.
Pierwsza misja bojowa SS miała miejsce podczas ataku na Polskę. Wehrmacht obawiał się rosnącej konkurencji ze strony SS-Verfügungstruppe, ale nie mógł zapobiec połączeniu dawnych pułków Germania, Führer, Totenkopf i Leibstandarte SS Adolf Hitler w dywizję SS. Walczące jednostki SS tej dywizji SS-VT nadal podlegały naczelnemu dowództwu Wehrmachtu i były teraz rozdzielane między różne jednostki wojskowe.
Wg niektórych oficerów Wehrmachtu SS nie nadawało się do walki, niepotrzebnie ryzykowali i czasem ponosili poważne straty. Generaloberst Fedor von Bock jeszcze w kwietniu 1940 po wizytacji jednotki uważał, że dywizja SS-Totenkopf jest niewystarczająco przygotowana do walki, Hitler uznał to za typowy dla armii krytycyzm, SS wg niego wykradczało poza jak to określał przestarzałą koncepcję rycerskości. SS broniono również mówiąc, że walczyli w rozdrobnieniu i byli niedostatecznie wyposażeni przez armię.
Hitler powierzyl SS Operację Tannenberg i Akcję A-B, mające na celu likwidację polskich elit i ewentualnego ruchu oporu. Zajęły się tym Einsatzgruppen wspomagane przez lokalne oddzialy paramiliutarne. Do Einsatzgruppen należeli członkowie SS, SD i sił policyjnych. Do końca 1939 zamordowano ok 65 tys polskich cywilów. Głównym celem byli działacze społeczni i polityczni, inteligencja, uczeni, nauczyciele, aktorzy oficerowie. Kiedy wojsko skarżyło się na brutalność Heydrich odpowiedział, że dzialają w zgodzie ze specjalnym rozkazem Hitlera. Pierwsza masowa egzekucja miała miejsce 6 wrzesnia podczas ataku na Kraków.
Służby SS: Gestapo i SD miały pełną kontrolę nad okupowanymi terenemi do powołania Hansa Franka 26 paździenika 1939.
Zadowolony z działań w Polsce Hitler dał zielone swiatło tworzeniu kolejnych formacji wojskowych SS, ale nakazął by działały pod ścisłą kontrolą Wehrmachtu. SS-Leibstandarte pozostało oddzielnym pułkiem ochrony Hitlera; pozostałe pułki: SS-Deutschland, SS-Germania i SS-Der Führer połączono w dywizję SS-Verfügungs-Division. Kolejna: SS-Totenkopf powstala z SS-TV czyli strażników obozów koncentracyjnych. Trzecia: SS-Polizei z ochotnikow z policji. SS miało kontrolę nad rekrutacją, logistyką i systemem zopatrzenia własnych oddziałów.
Atakując na Francję, obecnie Waffen-SS miał już trzy dywizje (Das Reich, Totenkopf i Dywizja Policji SS) i zmotoryzowany Pułk LAH. Dywizje SS poniosły częściowo ciężkie straty na froncie. Były często używane w najbardziej niebezpiecznych miejscach, bardzo zmotywowane, z wyposażeniem zwykle przewyższającym siły Wehrmachtu. Podobnie jak w Polsce, liczne zbrodnie wojenne były popełniane przez stowarzyszenia SS podczas kampanii we Francji. Udokumentowano masakry setek żołnierzy i dużej liczby jeńców wojennych, a także "środki odwetowe" w walce z ruchem oporu. 10 czerwca 1944 krótko po lądowaniu aliantów w Normandii członkowie dywizji SS "Imperium" w Limoges dokonali masakry w Oradour, zanim sami zginęli w północnej Francji.
Francję Niemcy zaatakowali 10 maja 1940. Z 89 dywizji 2 były SS.
LSSAH i część SS-VT brały udział w ataku na Holandię i Danię. 28 maja 2 batalion Leibstandarte wymordował w Wormhoudt 80 brytyjskich i francuskich żołnierzy wziętych do niewoli.
SS-Totenkopf stanowił osłonę głównego uderzenia 7 dywizji pancernej generała Erwina Rommla. 27 maja 4 kompania dokonała masakry w Le Paradis, 97 wziętych do niewoli żołnierzy z 2 batalionu Royal Norfolk Regiment zostało rozstrzelanych karabinami maszynowymi, rannych dobito bagnetami, dwóch przeżyło.
Żołnierzy SS charakteryzował jednocześnie samobójczy fanatyzm, lekceważenie niebezpieczeństwa i brak skrupułów w zabijaniu bezbronnych.
Hitler był zadowolony z rezultatów wojny i z udziału SS. W przemówieniu z lipca ogłosił zmianę nazwy na Waffen SS. Jednocześnie zezwolił na zaciąg do SS "bratnich narodów". Dotyczyło to Duńczyków, Holendrów, Szwedów i Finów. Uformowano z nich dywizję SS-Viking.
W styczniu 1941 dywizja SS-Verfügungs została przemianowana na SS-Reich (zmotoryzowana), od 1942 2 dywizja pancerna Das Reich.
W kwietniu 1941 Niemcy zaatakowały Jugosławię i Grecję.
LSSAH i Das Reich zostały przydzielone do różnych korpusów pancernych.
Das Reich jako pierwsza weszła do Belgradu, stolicy Jugosławii i 13 kwietnia przyjęła jego kapitulację. Kilka dni później skapitulowała Jugosławia, policja SS natychmiast rozpoczęła aresztowania i prześladowania, brali zakładników i stało się to typowa praktyką. Podobnie jak w Polsce okupacja była bezwględna.
Serbia jako drugi kraj po Estonii została ogłoszona judenrein.
Podczas ataku na Grecję, którą oprócz armii greckiej brornił British Expeditionary Force (BEF) w ataku przez przełecze górskie brał udział LSSAH.
Greccy Żydzi z0stali zamknięci w gettach i w większości wysłani do Auschwitz w marcu 1943. Z 80 tys greckich Żydów tylko 20% przeżyło wojnę.
22 lipca 1941 ropoczęła się Operacja Barbarossa. Tym razem Einsatzgruppen działały w związku z operacjami na froncie, ale całkowicie poza kontrolą wojska. Mieli zabijac wszystkich schwytanhych żydów, komunistów i komisarzy. Nowe warunki wymusiły współprace policyjnych i wojskowych formacji SS.
1 i 2 Brygada Piechoty sformowane z załóg obozów kpncentracyjnych (SS-TV) i Kawaleria SS początkowo zwalczały partyzantów, ale jesienią 1941 przekazały zwalczanie partyzantki innym formacjom i przystąpiły do Holokaustu. Towarzysząc Einsatzgruppen tworzyły oddziały egzekucyjne.
31 lipca 1941 Göring dał Heydrichowi pisemną autoryzację dla zapewnienia współpracy organów administracyjnych przy wymordowaniu żydów na obszarach pod niemiecka kontrolą. Heydrich był głównym organizatorem, Gestapo było gotowe do deportacji na zachodzie a Einsatzgruppen już przeprowadzały masowe egzekucje na wschodzie. 20 stycznia 9142 Heydrich zorganizował konferencję w Wannsee, gdzie grono najwyższych urzędników uzgodniło szczegóły Holokaustu.
Podczas walk na froncie wschodnim w latach 1941-42 Waffen SS poniosły poważne straty. LSSAH i Das Reich miały ponad połowę rannych i zabitych. Himmler zgodził się, że potrzeba rekruta wymagała przyjmowania do SS ludzi nie spełniających wymagań rasowych. Na początku 1942 SS-Leibstandarte, SS-Totenkopf i SS-Das Reich zostały wycofane na zachód w celu uzupełnień i zostały przeformowane na dywizje grenadierów pancernych.
Korpus Pancerny SS powrócił na front w 1943 i w lutym i marcu wziął udział w trzeciej bitewie o Charków.
W wojnie niemiecko-radzieckiej SS uczestniczyło w walkach na Wschodzie, takich jak dywizja Totenkopfision w przegranej bitwie o Demjańsk i jednostek pancernych w bitwie Orel-Kursk operacja Cytadela.
5 lipca 1943 rozpoczęła się bitwa na Łuku Kurskim, SS w tym czasie dysponowało 12 dywizjami. Wycofanie po cięzkich stratach rozpoczęło się 17 lipca.
Lądowanie Aliantów we Włoszech oznaczało rozpoczęcie w Europie wojny na dwa fronty.
Po ataku na St Nazaire i Dieppe w 1942, Hitler rozkazał budowe fortyfikacji Wału Atlantyckiego od Hiszpanii po Norwegię, żeby zabezpieczyć się przed oczekiwaną inwazją. Fortyfikacje i piechota do nich przydzielona zostały uzupełnione o 11 dywizji pancernych i grenadierów pancernych stacjonujących na zapleczu. Trzy z nich były dywizjami SS. Oprócz tego SS-Das Reich stacjonowała w południowej Francji a LSSAH w Belgii. Z 17 18 letnich członków Hitlerjugend utworzono dywizję pancerną SS-Hitlerjugend dowodzoną przez doświadczonych oficerów, stacjonowała na zachód od Paryża.
Inwazja rozpoczęła się 6 czerwca 1944, 21 Dywizja PAncerna dowodzona przez generała Edgara Feuchtingera znajdujaca się na południe od Caen byłą jedyną dyzizją pancerną w pobliżu obszaru lądowania. 146 czołgów i 50 dział samobieżnych natychmiast przystąpiły do walki. SS-Hitlerjugend następnego dnia. 7-8 i 17 czerwca SS-Hitlerjugend dokonało masakry kanadyjskich jeńców wojennych w Ardenne Abbey.
W drodze na front dywizja Das Reich 10 czerwca dokonała najsłynniejszej zbrodni wojennej mordując 642 cywilów w wiosce Oradour-sur-Glane.
Kiedy ofensywa Aliantów rozwinęła się 4 sierpnia Hitler wydał rozkaz kontrofensywy (Operacja Lüttich). Wzięły w niej udział LSSAH, Das Reich, 2 i 116 Dywizje Panncerne mając wsparcie piechoty i oddziałów 17 Dywizji SS Grenadierów Pancernych. Alianci oczekiwali takiego uderzenia i zniszczyli je z powietrza. 21 sierpnia 50 tys niemieckich żołnierzy zostało okrążonych w kotle pod Falaise. Części LSSAH udało się wyrwać z okrążenia. Paryż został wyzwolony 25 sierpnia.
Oddziały Waffen SS które przetrwały letnią kampanię zostały wycofane w celu uzupełnień. Dwie z nich 9 i 10 Dywizje Pancerne SS znajdowały się w okolicy Arnheem w Holandii we wrześniu 1944. 17 września Alianci ropoczęli Operację Market Garden, której celem było uchwycenie ujścia Renu.
W grudniu 1944 Hitler rozkazał przeprowadzenie ofensywy w Ardenach, której celem było zdobycie Antwerpii i okrążenie sił alianckich. Operacja rozpoczęła się 16 grudnia i awangardą ataku były dwie armie pancerne złożone w dużej części z dywizji SS. Z powodu, zaciekłego oporu, trudnych warunków pogodowych i braku paliwa operacja zakończyła się klęską i utratą 700 czołgów.
Podczas bitwy Kampfgruppe Peiper dowodzona przez SS-Obersturmbannführera Joachima Peipera dokonała masakry w Malmedy, zabiła amerykańskich jeńców wojennych i nieuzbrojonych belgijskich cywilów. Po wojnie wielu jego zołnierzy było sądzonych, Peiper odsiedział 11 lat.
Na wschhodzie Armia Czerwona 12 stycznia rozpoczęła operację wiślańsko odrzańską. W dniach 17-24 lutego niemieckie siły pancerne powstrzymały atak w kierunku Wiednia. Zmierzały w tym kierunku 1 i 2 Korpus Pancerny SS, ale zostały opóźnione przez zniszczenia linii kolejowych.
Budapeszt został zdobyty 13 lutego. Hitler rozkazał 6 Dywizji Pancernej Dietricha ruszyć na Węgry w celu ochrony pól naftowych Nagykanizsa ktore były największym jeszcze dostępnym rezerwuarem paliwa. Operacja Wiosenne Przebudzenie (niem. Frühlingserwachsen) na początku marca 1945 to była ostatnia niemiecka ofensywa na wschodzie. Niemcy uderzyli w rejonie Balatonu, 6 Armia Pancerna SS zaatakowała na północ w kierunku Budapesztu, a 2 Armia Pancerna na wscód i południe. 6 Armia w poblizu Dunaju napotkała poważny opór i musiała się zatrzymać. 16 marca klęska była oczywista, wściekły Hitler rozkazał by oddziały Waffen-SS biorące udział w operacji usunęły patki z nazwami jednostek na znak hańby. Dietrich odmówił wykonania rozkazu.
Do tego czasu na wschodnim i zachodnim froncie stało się jasne jakiego rodzaju wojskiem jest SS, wyzwolono wiele obozów koncentracyjnych i zagłady. Żołnierze armii alianckich byli zszokowani barbarzyństwem.
9 kwietnia Królewiec został zdobyty, 13 kwietnia oddziały Dietricha zostały zmuszone do wycofania się spod Wiednia.
Bitwa o Berlin zaczęła się 16 kwietnia o 03.30 od potężnego przygotowania artyleryjskiego, w ciągu tygodnia ropoczęły się walki w mieście. Wśród obrońców były francuskie, łotewskie i skandynawskie oddziały SS. Pomimo beznadziejnej sytuacji SS-mani masowo rozstrzeliwali i wieszali ludzi uznanych za dezerterów i defetystów. Garnizon berliński skapitulował 2 maja dwa dni po samobójstwie hitlera. SS-mani za wszelką cenę usiłowali przedostać się na front zachodni żeby poddac się Amerykanom.
Wkrótce po przejęciu władzy w 1933 większość związków jazdy konnej została przejęta przez SA i SS. Prowadzono w nich m in szkolenie wojskowe do służby w Reiter-SS. Pierwszy pułk kawaleryjski, SS-Totenkopf Reitstandarte 1, powstał we wrześniu 1939. Dowodzony przez SS-Standartenführera Hermanna Fegeleina, jednostka została wysłana do Polski i wzięła udział w eksterminacji polskiej inteligencji. W maju 1940 powołano dodatkowe szwadrony, w sumie było ich wtedy 14.
W grudniu kawaleria SS została podzielona na dwa pułki, oboma dowodzIł Fegelein. Do marca 1941 liczebność oddziału wzrosła do 3500. W lipcu 1941 zostali przydzieleni do operacji karnej na bagnch Prypeci gdzie ścigali i zabijali Żydów i partyzantów. Oba pułki zostały połączone w jedną brygadę kawalerii SS 31 lipca, 12 dni po rozpoczęciu operacji. Końcowy raport Fegeleina z 18 września 1941 mówi o zabicu 14178 Żydów, 1001 partyzantów i 699 czerwonoarmistów oraz wzięciu do niewoli 830 jeńców. Historyk Henning Pieper ocenia, że rzeczywista liczba zabitych Żydów jest bliższa 23700. Brygada poniosła ciężkie straty podczas bitwy o Moskwę, w niektórych szwadronach straty siegały 60%. Fegelein został mianowany dowódcą 8 dywizji kawalerii SS Florian Geyer 20 kwietnia 1943. W sowietach walczył z partyzantami i cywilami. Kawaleria SS służyła również w Chorwacji i na Węgrzech.
W 1940 Himmler otworzył zaciąg do SS dla Niemców niemających niemieckiego obywatelsttwa. W marcu 1941 główny urząd SS powołał Germanische Leitstelle mający za zadanie organizację biur rekrutacyjnych SS w okupowanej Europie. Oddziały te miały odróżniające patki na mundurach i stopnie wojskowe zaczynające się od Waffen zamiast SS. Ochotnicy ze Skandynawii sformowwali dwie dywizje: SS Viking i SS Nordland. Dużo było niemieckojezycznych ochotników ze Szwajcarii. Belgijscy Flamandowie SS-Nederland, Walończycy SS-Walonien. Do końca 1943 około 1/4 SS to byli etniczni Niemcy z całej Europy. Do czerwca 1944 połowa Waffen SS to byli cudzoziemcy.
Dodatkowe oddziały Waffen SS sformowano z Ukrainców, Albańczyków z kosowa, Serbów, Chorwatów, Kozakóœ i Tatarów. Ukraińcy i Tatarzy byli prześladowani przez Stalina.
Wygnany wielki mufti Jerozolimy Amin al-Husseini został mianowany SS-Gruppenführerem przez Himmlera w maju 1943. Antysemityzm i wrogość do Serbów pomagały rekrutować bośniackich muzułmanów do SS-Handschar. Na początku 1944 Himmler starał się nakłonić Pohla żeby uwolnić muzułmanskich więźniów obozów koncentracyjnych do wojsk SS.
Trwajaca rok okupacja krajow bałtyjskich spowodowała napływ ochotników do łotewskich i estońskich oddziałów SS. Estoński legion składał się z 1280 ochotników i został przeszkolony do końca 1942. 25 tys ochotników służyło w estońskiej dywizji SS, nie licząc kilku tysięcy, którzy zaciągneli się do batalionów policji frontowej i oddziałów straży granicznej. 15 tys Estończyków zginęło
Legion Indyjski - oddział Wehrmachtu utworzony w sierpniu 1942 głównie z żołnierzy British Indian Army schwytanych do niewoli w płn Afryce. W sierpniu 1944 zostali oddani pod komendę Waffen SS jako Indische Freiwilligen-Legion der Waffen-SS.
Francuska dywizja SS-Charlemagne, sformowana w 1944 głównie z pozostałości Legionu Francuskich Ochotników i Francuskiej Sturmbrigade.
Wartość bojowa Waffen-SS nie jest jednolita. Podczas gdy dowódcy Wehrmachtu podczas kampanii we Francji nie byli zachwyceni swoimi jednostkami, ponieważ brak szkolenia i odważne walki doprowadziły do ciężkich strat, później okazały się lepsze, ale nie jednolite. Elitarne związki i źle formowane oddziały. Waffen-SS był bardziej ideologizowany niż Wehrmacht, został poinstruowany przez biuro szkoleniowe SS. Nie bez znaczenia była także rola SS, ale także udział SS w zbrodni - ich żołnierze wiedzieli, że w zniewoleniu wojennym musieli się spodziewać zemst.
Od 1943 poborowych Niemców i ludzi z północno-zachodniej Europy wcielono do dywizji SS-VT, aby walczyć u boku żołnierzy Wehrmachtu na froncie, a później jednostek SS z innych krajów, np. Albania. W rezultacie około połowa z około 900 tys żołnierzy Waffen SS nie przybyła z terytorium Rzeszy: "SS Waffen stali w całkowitej sprzeczności z własną ideologią armii wieloetnicznej". Jednak nie-niemieckie jednostki SS miały mieszaną wartość, np albańska dywizja SS "Skanderbeg" rozpadła się przed pierwszą misją bojową, podczas gdy członkowie dywizji SS Charlemagne 1945 byli jednymi z ostatnich obrońców Berlina.