APPENDIX_rrcompendium.qmd

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title: "`rrcompendium` files"
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These files contain all the code we created to populate the `rrcompendium` Reserach Compendium project.

Your Files should contain:


## `DESCRIPTION`

```{r, eval=FALSE, code=readLines("appendices/rrcompendium/DESCRIPTION")}
#| filename: "DESCRIPTION"

```

## `README.Rmd`

```{r echo=FALSE, message=TRUE, comment=""}
#| filename: "README.Rmd"
message(readr::read_file(here::here("appendices","rrcompendium", "README.Rmd")))
```

## `paper.qmd`

```{r, echo=FALSE, message=TRUE, comment=""}
#| filename: "analysis/paper/paper.qmd"
message(readr::read_file(here::here("appendices","rrcompendium", "paper.qmd")))
```

which should be rendered to `paper.pdf`.

```{r}
#| filename: "analysis/paper/paper.pdf"
#| echo: false
knitr::include_url(here::here("appendices","rrcompendium", "paper.pdf"))
```



Your final project should contain the following files:
```
.
├── CONDUCT.md
├── CONTRIBUTING.md
├── DESCRIPTION
├── LICENSE
├── LICENSE.md
├── NAMESPACE
├── README.Rmd
├── README.md
├── analysis
│   ├── data
│   │   ├── DO-NOT-EDIT-ANY-FILES-IN-HERE-BY-HAND
│   │   ├── derived_data
│   │   ├── gillespie.csv
│   │   └── raw_data
│   ├── figures
│   ├── paper
│   │   ├── _extensions
│   │   │   └── quarto-journals
│   │   │       └── elsevier
│   │   │           ├── _extension.yml
│   │   │           ├── bib
│   │   │           │   ├── elsarticle-harv.bst
│   │   │           │   ├── elsarticle-num-names.bst
│   │   │           │   ├── elsarticle-num.bst
│   │   │           │   └── elsevier-harvard.csl
│   │   │           ├── elsarticle.cls
│   │   │           ├── elsevier.lua
│   │   │           ├── partials
│   │   │           │   ├── _two-column-longtable.tex
│   │   │           │   ├── before-body.tex
│   │   │           │   └── title.tex
│   │   │           └── styles
│   │   │               └── elsevier.scss
│   │   ├── bibliography.bib
│   │   ├── elsarticle-harv.bst
│   │   ├── elsarticle-num.bst
│   │   ├── elsarticle.cls
│   │   ├── paper.pdf
│   │   ├── paper.qmd
│   │   ├── paper.spl
│   │   ├── paper.tex
│   │   ├── paper_files
│   │   │   └── figure-pdf
│   │   │       ├── fig-meaningless-1.pdf
│   │   │       ├── fig-site-simulation-1.pdf
│   │   │       └── unnamed-chunk-3-1.pdf
│   │   ├── placeholder.png
│   │   ├── refs.bib
│   │   └── style-guide
│   │       ├── 1pseperateaug.pdf
│   │       ├── 1psingleauthorgroup.pdf
│   │       ├── elsdoc.pdf
│   │       ├── elsdoc.tex
│   │       ├── elstest-1p.pdf
│   │       ├── elstest-1pdoubleblind.pdf
│   │       ├── elstest-3p.pdf
│   │       ├── elstest-3pd.pdf
│   │       ├── elstest-5p.pdf
│   │       ├── jfigs.pdf
│   │       ├── makefile
│   │       ├── pdfwidgets.sty
│   │       └── rvdtx.sty
│   ├── supplementary-materials
│   └── templates
│       ├── author-info-blocks.lua
│       ├── journal-of-archaeological-science.csl
│       ├── pagebreak.lua
│       ├── scholarly-metadata.lua
│       ├── template.Rmd
│       └── template.docx
├── attic
│   ├── dev.R
│   └── rrtools-wkshp-materials-master
│       ├── README.md
│       ├── analysis.R
│       ├── gillespie.csv
│       ├── paper.pdf
│       ├── paper.txt
│       └── refs.bib
├── project.Rproj
├── renv
│   ├── activate.R
│   └── settings.json
└── renv.lock
```


You can browse a demo of my final compendium [here](https://github.com/annakrystalli/rrcompendium-demo)