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가톨릭대 연구진은 CiPA 코드 재현하고 난 뒤, 발견한 몇가지 중요한 사항을 아래와 같이 정리하였습니다.

• Rtools 설치하고 제어판의 시스템변수의 PATH에 ;C:\Rtools\bin 추가해야 cmd 창에서 Rscript 명령어를 쓸 수 있음 (코드를 모두 cmd 창의 Rscript를 사용하여 수행하게 되어 있음)
• 이후 Rstudio의 Shell (Terminal) 기능 이용하여, cmd 창 열고 수행할 수 있음
• 아래의 많은 명령어 옵션에서 2000이라는 숫자를 적절히 줄여서 수행하여 시간을 단축할 수 있으나 최종 분석에서는 가급적 2000회를 유지하는 것이 좋음

CiPA-test/hERG_fitting

1. TBD

CiPA-test/Hill_fitting

1. TBD

CiPA-test/AP_simulation

1. cd models로 디렉토리 이동 후 R CMD SHLIB newordherg_qNet.c 입력 (C 코드 컴파일 함)

참고문헌

1. Circ Arrhythm Electrophysiol. 2017 Feb;10(2):e004628. doi: 10.1161/CIRCEP.116.004628. Improving the In Silico Assessment of Proarrhythmia Risk by Combining hERG (Human Ether-à-go-go-Related Gene) Channel-Drug Binding Kinetics and Multichannel Pharmacology. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/28202629

   • 기존의 ORd 모델은 hERG 채널 내에 약물분자가 trapping 되는 현상을 반영하지 못하였다.
   • hERG 채널의 trapping을 반영한 모델을 만들기 위해 hERG 채널만 발현시킨 HEK293 세포에서 CiPA 약물 실험

2. Optimization

3. An evaluation