From 7139798a7f39580c50855123d034128836e62080 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:43:47 +0100 Subject: [PATCH 1/8] Move fasta sequence ID to a reusable constant --- lib/sequenceserver/blast.rb | 6 ++++++ lib/sequenceserver/sequence.rb | 3 +-- 2 files changed, 7 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/lib/sequenceserver/blast.rb b/lib/sequenceserver/blast.rb index d38033ea7..b34ca7d24 100644 --- a/lib/sequenceserver/blast.rb +++ b/lib/sequenceserver/blast.rb @@ -1,3 +1,9 @@ require_relative 'blast/job' require_relative 'blast/report' require_relative 'blast/constants' + +module SequenceServer + module BLAST + VALID_SEQUENCE_ID = /\A[a-zA-Z0-9\-_.:*#|\[\]]+\z/ + end +end \ No newline at end of file diff --git a/lib/sequenceserver/sequence.rb b/lib/sequenceserver/sequence.rb index 0a61fb637..4f010a2e2 100644 --- a/lib/sequenceserver/sequence.rb +++ b/lib/sequenceserver/sequence.rb @@ -232,9 +232,8 @@ def validate ) end - valid_id_regex = /\A[a-zA-Z0-9-_.:*#|\[\]]+\z/ invalid_sequence_ids = sequence_ids.reject do |id| - id =~ valid_id_regex + id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID end unless invalid_sequence_ids.empty? From e647828b2b1f854d5d77232038cbfc36171eb3e0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:47:21 +0100 Subject: [PATCH 2/8] Validate fasta sequence ID before checking for its inclusion in the DB --- lib/sequenceserver/database.rb | 2 ++ spec/database_spec.rb | 20 ++++++++++++++++++-- 2 files changed, 20 insertions(+), 2 deletions(-) diff --git a/lib/sequenceserver/database.rb b/lib/sequenceserver/database.rb index 5e9ebf300..15c96c0fd 100644 --- a/lib/sequenceserver/database.rb +++ b/lib/sequenceserver/database.rb @@ -52,6 +52,8 @@ def retrieve(accession, coords = nil) # Returns true if the database contains the given sequence id. # Returns false otherwise. def include?(id) + raise ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + cmd = "blastdbcmd -entry '#{id}' -db #{name}" sys(cmd, path: config[:bin]) rescue false end diff --git a/spec/database_spec.rb b/spec/database_spec.rb index 24630fbfa..7e8af7364 100644 --- a/spec/database_spec.rb +++ b/spec/database_spec.rb @@ -27,8 +27,24 @@ module SequenceServer Database[id].first end - it 'knows if a given accession is in the database or not' do - solenopsis_protein_database.include?('SI2.2.0_06267').should be_truthy + describe '#include?' do + it 'knows if a given accession is present in the database' do + expect(solenopsis_protein_database).to include('SI2.2.0_06267') + end + + it 'knows if a given accession is absent in the database' do + expect(solenopsis_protein_database).not_to include('LOL.2.0_404') + end + + it 'validates the id' do + expect do + solenopsis_protein_database.include?("';hi") + end.to raise_error(ArgumentError, "Invalid sequence id: ';hi") + end + end + + describe '#retrieve' do + end end end From 2dc3ecebdbc7508e4968e27f853733a338aec743 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 09:47:42 +0100 Subject: [PATCH 3/8] Update test fixture with version bump --- .../expected_outputs/frontend.json | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json b/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json index 753abc248..05cb04f1a 100644 --- a/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json +++ b/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json @@ -1 +1 @@ -{"querydb":[{"name":"$PATH_PREFIX/sequenceserver/spec/database/v5/funky_ids/funky_ids.fa","title":"funky ids (v5)","type":"nucleotide","nsequences":"8","ncharacters":"312","updated_on":"Aug 13, 2020 11:23 AM","format":"5","categories":["v5","funky_ids"],"id":"14523afcc7719886a34e3a0947db54c5"},{"name":"$PATH_PREFIX/sequenceserver/spec/database/v5/sample/genome/Solenopsis_invicta/Solenopsis_invicta_gnG_subset.fasta","title":"Solenopsis invicta gnG subset","type":"nucleotide","nsequences":"8","ncharacters":"39185542","updated_on":"Jun 17, 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TTTTTAACACAAATATATTTACCTGTTGAAACAGTTTAAAATATTACACTTGCATGTTGCGCTTTACATAATTATATTAGTAAAGAAAATGCAGCCTATTTACACGGATCTGTAGATGTTGAAGATTTAGAGACTCAAACTATAATACCTGCTACATGGAGAAATAATAACGCACAGTTACGTAATTTGGAAATTGCAAACGTAAAACCTAATAGAAATGCAATTTATATTCGTGAAATTTTTAAAAAATATTTTAATACT","midline":"|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||"}],"links":[]}]},{"number":65,"id":"SI2.2.0_03746","title":"Si_gnF.scaffold05827[790..1363].pep_1","length":474,"hits":[{"number":1,"id":"SI2.2.0_03746","accession":"SI2.2.0_03746","title":"Si_gnF.scaffold05827[790..1363].pep_1","length":474,"total_score":474,"qcovs":100,"sciname":"","hsps":[{"number":1,"bit_score":876.432,"score":474,"evalue":0.0,"qstart":1,"qend":474,"sstart":1,"send":474,"qframe":1,"sframe":1,"identity":474,"positives":474,"gaps":0,"length":474,"qcovhsp":100,"qseq":"AATGATACGAGGATCACATTAAGTCCAAAAAATCAAAGCGACATTGAATATTATGAACTTCTAGAGGCGAAGAATGCTGATCAATACATCAAAGAATGTGTAAAAAGTACAAAGCATATTATTGATCAGAATCCTGCAAAACCAAAAGATTATGATGAATGGACTACTAAAAAACAATATGAGTACATTATGACTAACTTGAAAAAATATTTTGTGGGAGTACCAGATTCTTTATTATTTTTTATACCGGCTGCCTTCTATCGGGGAGATTGCGGTCGACGTTCATTGGACAAGCCTTTCTGGTTAGACATGAAAAAGTTCCAGAGAGGCCAAAAGTTTGCACGAGATCACATTTTCTCGTTGCTTTTTGCTAATATAGTGTCGCTTTTTGGCTTATTTACTTTTGAAGATGGACTTAAACCGTTGATTCTCAACCAAAAATCTCATACGCCGTATTTAGCGTTTACAAGGTAT","sseq":"AATGATACGAGGATCACATTAAGTCCAAAAAATCAAAGCGACATTGAATATTATGAACTTCTAGAGGCGAAGAATGCTGATCAATACATCAAAGAATGTGTAAAAAGTACAAAGCATATTATTGATCAGAATCCTGCAAAACCAAAAGATTATGATGAATGGACTACTAAAAAACAATATGAGTACATTATGACTAACTTGAAAAAATATTTTGTGGGAGTACCAGATTCTTTATTATTTTTTATACCGGCTGCCTTCTATCGGGGAGATTGCGGTCGACGTTCATTGGACAAGCCTTTCTGGTTAGACATGAAAAAGTTCCAGAGAGGCCAAAAGTTTGCACGAGATCACATTTTCTCGTTGCTTTTTGCTAATATAGTGTCGCTTTTTGGCTTATTTACTTTTGAAGATGGACTTAAACCGTTGATTCTCAACCAAAAATCTCATACGCCGTATTTAGCGTTTACAAGGTAT","midline":"||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||"}],"links":[]}]},{"number":66,"id":"SI2.2.0_11287","title":"Si_gnF.scaffold06936[85072..86512].pep_2","length":369,"hits":[{"number":1,"id":"SI2.2.0_11287","accession":"SI2.2.0_11287","title":"Si_gnF.scaffold06936[85072..86512].pep_2","length":369,"total_score":369,"qcovs":100,"sciname":"","hsps":[{"number":1,"bit_score":682.534,"score":369,"evalue":0.0,"qstart":1,"qend":369,"sstart":1,"send":369,"qframe":1,"sframe":1,"identity":369,"positives":369,"gaps":0,"length":369,"qcovhsp":100,"qseq":"ATGGCTAATGGATTTCAAGCATGTGGACTTTTTCTATTTTCTGTAGATGCTTTACAATACAATAAATTATTAATGAAACAAAATATGAGTAACTCCACTAATGATTTTACGCCATTGGAAGAACGACAGAAGCATTTGGAATTTTTCGAAAAATATATAAATTTCGACGTATTAAAGCGTATAAAGCGACGTATAAAAACCTTCGCAGAGGCTAAGAAGAAAGGAATTTGGGACGGTAAACTTGAAAAACAAGGACTTTTTAACTATTGGTTGTCACTTCAAAATCTTCCAAATAAAATTCCTCCTGATGTACCAGAAGTATTTAAGTCTGCTTTATTTTGGCCAAAAATACAAACGAATGAAGCAAAA","sseq":"ATGGCTAATGGATTTCAAGCATGTGGACTTTTTCTATTTTCTGTAGATGCTTTACAATACAATAAATTATTAATGAAACAAAATATGAGTAACTCCACTAATGATTTTACGCCATTGGAAGAACGACAGAAGCATTTGGAATTTTTCGAAAAATATATAAATTTCGACGTATTAAAGCGTATAAAGCGACGTATAAAAACCTTCGCAGAGGCTAAGAAGAAAGGAATTTGGGACGGTAAACTTGAAAAACAAGGACTTTTTAACTATTGGTTGTCACTTCAAAATCTTCCAAATAAAATTCCTCCTGATGTACCAGAAGTATTTAAGTCTGCTTTATTTTGGCCAAAAATACAAACGAATGAAGCAAAA","midline":"|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||"}],"links":[]}]}],"search_id":"38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563","submitted_at":"2024-03-20 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InvalidParameterError < ValidationError + attr_reader :more_info + + def initialize(more_info) + super + @more_info = more_info + end + + def http_status + 422 + end + + def title + 'Invalid parameter' + end + + def message + "The action you're trying to perform is not possible because \ + one of the provided parameters is invalid." + end + end + # API errors have an http status, title, message, and additional information # like stacktrace or information from program output. APIError = Class.new(Error) diff --git a/lib/sequenceserver/blast.rb b/lib/sequenceserver/blast.rb index b34ca7d24..fa27a3203 100644 --- a/lib/sequenceserver/blast.rb +++ b/lib/sequenceserver/blast.rb @@ -6,4 +6,4 @@ module SequenceServer module BLAST VALID_SEQUENCE_ID = /\A[a-zA-Z0-9\-_.:*#|\[\]]+\z/ end -end \ No newline at end of file +end diff --git a/lib/sequenceserver/database.rb b/lib/sequenceserver/database.rb index 15c96c0fd..298a34e5c 100644 --- a/lib/sequenceserver/database.rb +++ b/lib/sequenceserver/database.rb @@ -37,8 +37,19 @@ def initialize(*args) alias path name def retrieve(accession, coords = nil) + fail( + InvalidSequenceIdError, + "Invalid sequence id: #{accession}" + ) unless accession =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + cmd = "blastdbcmd -db #{name} -entry '#{accession}'" + if coords + fail( + InvalidParameterError, + "Invalid range coordinates: #{coords}" + ) unless coords =~ /[0-9]+-[0-9]*/ + cmd << " -range #{coords}" end out, = sys(cmd, path: config[:bin]) @@ -52,7 +63,7 @@ def retrieve(accession, coords = nil) # Returns true if the database contains the given sequence id. # Returns false otherwise. def include?(id) - raise ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID + fail ArgumentError, "Invalid sequence id: #{id}" unless id =~ SequenceServer::BLAST::VALID_SEQUENCE_ID cmd = "blastdbcmd -entry '#{id}' -db #{name}" sys(cmd, path: config[:bin]) rescue false diff --git a/spec/database_spec.rb b/spec/database_spec.rb index 7e8af7364..f604db7c8 100644 --- a/spec/database_spec.rb +++ b/spec/database_spec.rb @@ -43,8 +43,37 @@ module SequenceServer end end - describe '#retrieve' do + describe '.retrieve' do + it "retrieves the sequence for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence).to include('MNTLWLSLWDYPGKL') # start of fasta sequence + end + + it "retrieves an open sequence range for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267:10-") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence).not_to include('MNTLWLSLWD') # excludes first 10 chars + expect(sequence.lines[1]).to start_with('DYPGKLP') # start at an offset of 10 + end + + it "retrieves a closed sequence range for a given accession" do + sequence = Database.retrieve("SI2.2.0_06267:1-10") + expect(sequence).to include('SI2.2.0_06267') + expect(sequence.lines.last.size).to eq(10) + end + it "validates the sequence id" do + expect do + Database.retrieve("';hi") + end.to raise_error(SequenceServer::InvalidSequenceIdError) + end + + it "validates the range" do + expect do + Database.retrieve("SI2.2.0_06267:';hi") + end.to raise_error(SequenceServer::InvalidParameterError) + end end end end From e45f48c61d0bac3bf9259d14969caad955cbeff9 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Tadas Tamosauskas Date: Thu, 4 Jul 2024 10:49:15 +0100 Subject: [PATCH 5/8] release v3.1.2 --- Gemfile.lock | 2 +- lib/sequenceserver/version.rb | 2 +- .../expected_outputs/frontend.json | 2 +- 3 files changed, 3 insertions(+), 3 deletions(-) diff --git a/Gemfile.lock b/Gemfile.lock index 32d628048..3d5e3fbc3 100644 --- a/Gemfile.lock +++ b/Gemfile.lock @@ -1,7 +1,7 @@ PATH remote: . specs: - sequenceserver (3.1.1) + sequenceserver (3.1.2) json_pure (~> 2.6, >= 2.6.3) ox (~> 2.1, >= 2.1.1) rack_csrf (~> 2.7, >= 2.7.0) diff --git a/lib/sequenceserver/version.rb b/lib/sequenceserver/version.rb index 4e93a876e..3365f6505 100644 --- a/lib/sequenceserver/version.rb +++ b/lib/sequenceserver/version.rb @@ -1,4 +1,4 @@ # Define version number. module SequenceServer - VERSION = '3.1.1'.freeze + VERSION = '3.1.2'.freeze end diff --git a/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json b/spec/fixtures/38334a72-e8e7-4732-872b-24d3f8723563/expected_outputs/frontend.json index 05cb04f1a..c5eb9221d 100644 --- 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This removes a combined ~3MB from the two JS bundles (the separate source map files are not loaded by default onto the user's browsers). Not using eval mode source maps is a bit slower, but also makes it easier to configure CSP (for the cloud version) with strong defaults --- package-lock.json | 15 +- package.json | 4 +- public/css/app.min.css | 2 +- public/sequenceserver-report.min.js | 2483 +---------------- .../sequenceserver-report.min.js.LICENSE.txt | 233 ++ public/sequenceserver-report.min.js.map | 1 + public/sequenceserver-search.min.js | 2384 +--------------- .../sequenceserver-search.min.js.LICENSE.txt | 284 ++ public/sequenceserver-search.min.js.map | 1 + webpack.config.js | 3 +- 10 files changed, 536 insertions(+), 4874 deletions(-) create mode 100644 public/sequenceserver-report.min.js.LICENSE.txt create mode 100644 public/sequenceserver-report.min.js.map create mode 100644 public/sequenceserver-search.min.js.LICENSE.txt create mode 100644 public/sequenceserver-search.min.js.map diff --git a/package-lock.json b/package-lock.json index 9822bfc61..2870b364e 100644 --- a/package-lock.json +++ 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Neue,Helvetica,Arial,sans-serif;font-style:normal;font-weight:400;line-height:1.42857143;line-break:auto;text-align:left;text-align:start;text-decoration:none;text-shadow:none;text-transform:none;letter-spacing:normal;word-break:normal;word-spacing:normal;word-wrap:normal;white-space:normal;font-size:12px;filter:alpha(opacity=0);opacity:0}.tooltip.in{filter:alpha(opacity=90);opacity:.9}.tooltip.top{padding:5px 0;margin-top:-3px}.tooltip.right{padding:0 5px;margin-left:3px}.tooltip.bottom{padding:5px 0;margin-top:3px}.tooltip.left{padding:0 5px;margin-left:-3px}.tooltip.top .tooltip-arrow{bottom:0;left:50%;margin-left:-5px;border-width:5px 5px 0;border-top-color:#000}.tooltip.top-left .tooltip-arrow{right:5px}.tooltip.top-left .tooltip-arrow,.tooltip.top-right .tooltip-arrow{bottom:0;margin-bottom:-5px;border-width:5px 5px 0;border-top-color:#000}.tooltip.top-right .tooltip-arrow{left:5px}.tooltip.right .tooltip-arrow{top:50%;left:0;margin-top:-5px;border-width:5px 5px 5px 0;border-right-color:#000}.tooltip.left .tooltip-arrow{top:50%;right:0;margin-top:-5px;border-width:5px 0 5px 5px;border-left-color:#000}.tooltip.bottom .tooltip-arrow{top:0;left:50%;margin-left:-5px;border-width:0 5px 5px;border-bottom-color:#000}.tooltip.bottom-left .tooltip-arrow{top:0;right:5px;margin-top:-5px;border-width:0 5px 5px;border-bottom-color:#000}.tooltip.bottom-right .tooltip-arrow{top:0;left:5px;margin-top:-5px;border-width:0 5px 5px;border-bottom-color:#000}.tooltip-inner{max-width:200px;padding:3px 8px;color:#fff;text-align:center;background-color:#000;border-radius:4px}.tooltip-arrow{position:absolute;width:0;height:0;border-color:#0000;border-style:solid}.hover\:bg-blue-400:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(96 165 250/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-gray-200:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(229 231 235/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-gray-300:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(209 213 219/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-red-600:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(220 38 38/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-seqorange:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(199 79 19/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-sky-400:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(56 189 248/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-sky-500:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(14 165 233/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:bg-yellow-100:hover{--tw-bg-opacity:1;background-color:rgb(254 249 195/var(--tw-bg-opacity))}.hover\:font-bold:hover{font-weight:700}.hover\:text-white:hover{--tw-text-opacity:1;color:rgb(255 255 255/var(--tw-text-opacity))}.focus\:outline-none:focus{outline:2px solid #0000;outline-offset:2px}.focus\:ring-1:focus{--tw-ring-offset-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 var(--tw-ring-offset-width) var(--tw-ring-offset-color);--tw-ring-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 calc(1px + var(--tw-ring-offset-width)) var(--tw-ring-color)}.focus\:ring-1:focus,.focus\:ring-2:focus{box-shadow:var(--tw-ring-offset-shadow),var(--tw-ring-shadow),var(--tw-shadow,0 0 #0000)}.focus\:ring-2:focus{--tw-ring-offset-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 var(--tw-ring-offset-width) var(--tw-ring-offset-color);--tw-ring-shadow:var(--tw-ring-inset) 0 0 0 calc(2px + var(--tw-ring-offset-width)) var(--tw-ring-color)}.focus\:ring-seqorange:focus{--tw-ring-opacity:1;--tw-ring-color:rgb(199 79 19/var(--tw-ring-opacity))}.focus\:ring-offset-2:focus{--tw-ring-offset-width:2px}.group:hover .group-hover\:visible{visibility:visible}@media (min-width:640px){.sm\:my-8{margin-top:2rem;margin-bottom:2rem}.sm\:ml-3{margin-left:.75rem}.sm\:block{display:block}.sm\:inline-block{display:inline-block}.sm\:flex{display:flex}.sm\:h-screen{height:100vh}.sm\:w-auto{width:auto}.sm\:w-full{width:100%}.sm\:max-w-screen-md{max-width:768px}.sm\:flex-row-reverse{flex-direction:row-reverse}.sm\:items-center{align-items:center}.sm\:p-0{padding:0}.sm\:p-6{padding:1.5rem}.sm\:px-6{padding-left:1.5rem;padding-right:1.5rem}.sm\:pb-4{padding-bottom:1rem}.sm\:align-middle{vertical-align:middle}.sm\:text-sm{font-size:.875rem;line-height:1.25rem}}@media (min-width:768px){.md\:my-2{margin-top:.5rem;margin-bottom:.5rem}.md\:flex{display:flex}.md\:w-auto{width:auto}.md\:grid-cols-2{grid-template-columns:repeat(2,minmax(0,1fr))}.md\:space-x-4>:not([hidden])~:not([hidden]){--tw-space-x-reverse:0;margin-right:calc(1rem*var(--tw-space-x-reverse));margin-left:calc(1rem*(1 - var(--tw-space-x-reverse)))}}@media (min-width:1024px){.lg\:px-8{padding-left:2rem;padding-right:2rem}} \ No newline at end of file diff --git a/public/sequenceserver-report.min.js b/public/sequenceserver-report.min.js index ed9843d5a..ae98818de 100644 --- a/public/sequenceserver-report.min.js +++ b/public/sequenceserver-report.min.js @@ -1,2481 +1,2 @@ -/* - * ATTENTION: The "eval" devtool has been used (maybe by default in mode: "development"). - * This devtool is neither made for production nor for readable output files. - * It uses "eval()" calls to create a separate source file in the browser devtools. - * If you are trying to read the output file, select a different devtool (https://webpack.js.org/configuration/devtool/) - * or disable the default devtool with "devtool: false". - * If you are looking for production-ready output files, see mode: "production" (https://webpack.js.org/configuration/mode/). - */ -/******/ (() => { // webpackBootstrap -/******/ var __webpack_modules__ = ({ - -/***/ "./public/js/alignment_exporter.js": -/*!*****************************************!*\ - !*** ./public/js/alignment_exporter.js ***! - \*****************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ AlignmentExporter)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var _exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! ./exporter */ \"./public/js/exporter.js\");\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\n\n\nvar AlignmentExporter = /*#__PURE__*/function () {\n function AlignmentExporter() {\n _classCallCheck(this, AlignmentExporter);\n this.prepare_alignments_for_export = this.prepare_alignments_for_export.bind(this);\n this.export_alignments = this.export_alignments.bind(this);\n }\n return _createClass(AlignmentExporter, [{\n key: \"wrap_string\",\n value: function wrap_string(str, width) {\n var idx = 0;\n var wrapped = '';\n while (true) {\n wrapped += str.substring(idx, idx + width);\n idx += width;\n if (idx < str.length) {\n wrapped += '\\n';\n } else {\n break;\n }\n }\n return wrapped;\n }\n }, {\n key: \"generate_fasta\",\n value: function generate_fasta(hsps) {\n var fasta = '';\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].each(hsps, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].bind(function (hsp) {\n fasta += '>' + hsp.query_id + ':' + hsp.qstart + '-' + hsp.qend + '\\n';\n fasta += hsp.qseq + '\\n';\n fasta += '>' + hsp.query_id + ':' + hsp.qstart + '-' + hsp.qend + '_alignment_' + hsp.hit_id + ':' + hsp.sstart + '-' + hsp.send + '\\n';\n fasta += hsp.midline + '\\n';\n fasta += '>' + hsp.hit_id + ':' + hsp.sstart + '-' + hsp.send + '\\n';\n fasta += hsp.sseq + '\\n';\n }, this));\n return fasta;\n }\n }, {\n key: \"get_alignments_download_metadata\",\n value: function get_alignments_download_metadata(hsps, filename_prefix) {\n var fasta = this.generate_fasta(hsps);\n var blob = new Blob([fasta], {\n type: 'text/fasta'\n });\n var filename = _exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.sanitize_filename(filename_prefix) + '.txt';\n return {\n filename: filename,\n blob: blob\n };\n }\n }, {\n key: \"prepare_alignments_for_export\",\n value: function prepare_alignments_for_export(hsps, filename_prefix) {\n var _this$get_alignments_ = this.get_alignments_download_metadata(hsps, filename_prefix),\n filename = _this$get_alignments_.filename,\n blob = _this$get_alignments_.blob;\n var blob_url = _exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.generate_blob_url(blob, filename);\n return blob_url;\n }\n }, {\n key: \"export_alignments\",\n value: function export_alignments(hsps, filename_prefix) {\n var _this$get_alignments_2 = this.get_alignments_download_metadata(hsps, filename_prefix),\n filename = _this$get_alignments_2.filename,\n blob = _this$get_alignments_2.blob;\n _exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.download_blob(blob, filename);\n }\n }]);\n}();\n\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/alignment_exporter.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/circos.js": -/*!*****************************!*\ - !*** ./public/js/circos.js ***! - \*****************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (__WEBPACK_DEFAULT_EXPORT__)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! d3 */ \"./node_modules/d3/d3.js\");\n/* harmony import */ var d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__);\n/* harmony import */ var _packages_circosJS_1_7_0__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! ../packages/circosJS@1.7.0 */ \"./public/packages/circosJS@1.7.0.js\");\n/* harmony import */ var _packages_circosJS_1_7_0__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(_packages_circosJS_1_7_0__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__);\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\n/* harmony import */ var grapher__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__ = __webpack_require__(/*! grapher */ \"./public/js/grapher.js\");\n/* harmony import */ var _visualisation_helpers__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__ = __webpack_require__(/*! ./visualisation_helpers */ \"./public/js/visualisation_helpers.js\");\n/* harmony import */ var _utils__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__ = __webpack_require__(/*! ./utils */ \"./public/js/utils.js\");\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\n\n\n\n\n\n\nvar Graph = /*#__PURE__*/function () {\n function Graph($svgContainer, props) {\n var _this = this;\n _classCallCheck(this, Graph);\n this.queries = [];\n props.queries.forEach(function (query) {\n if (query.hits.length > 0) {\n _this.queries.push(query);\n }\n });\n this.svgContainer = $svgContainer;\n this.seq_type = _visualisation_helpers__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.get_seq_type(props.program);\n this.algorithm = props.program;\n this.initiate();\n }\n return _createClass(Graph, [{\n key: \"initiate\",\n value: function initiate() {\n // this.width = 700;\n this.width = this.svgContainer.width();\n this.height = 600;\n this.innerRadius = 200;\n this.outerRadius = 230;\n this.query_arr = [];\n this.hit_arr = [];\n this.layout_arr = [];\n this.chords_arr = [];\n // this.max_length = 0;\n this.hsp_count = 50;\n this.denominator = 1;\n this.spacing = 20;\n this.labelSpacing = 10;\n var suffixes = {\n amino_acid: 'aa',\n nucleic_acid: 'bp'\n };\n this.construct_layout();\n this.iterator_for_edits();\n this.hit_arr = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].uniq(this.hit_arr);\n this.handle_spacing();\n var prefix = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().formatPrefix(this.max_length);\n this.suffix = ' ' + prefix.symbol + suffixes[this.seq_type.subject_seq_type];\n if (prefix.symbol == 'k') {\n this.denominator = 1000;\n } else if (prefix.symbol == 'M') {\n this.denominator = 1000000;\n this.spacing = 1000000;\n this.labelSpacing = 200000;\n } else if (prefix.symbol == 'g') {\n this.denominator = 1000000000;\n }\n d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().select(this.svgContainer[0]).insert('svg', ':first-child').attr('class', 'circosContainer');\n this.create_instance(this.svgContainer, this.width, this.height);\n if (this.chords_arr.length && this.layout_arr.length) {\n this.instance_render();\n } else {\n this.render_error();\n }\n this.setupTooltip();\n // this.drawLegend();\n }\n }, {\n key: \"iterator_for_edits\",\n value: function iterator_for_edits() {\n this.max_length = this.calculate_max_length();\n if (this.hit_arr.length > 10) {\n this.complex_layout_edits();\n }\n }\n\n // Generate both layout_arr and chords_arr with top hsps set by this.hsp_count\n }, {\n key: \"construct_layout\",\n value: function construct_layout() {\n var hsp_count = 0;\n var query_count = 0;\n var num_karyotype = 32;\n var num_queries = this.queries.length;\n var x = Math.min(num_karyotype / 2, num_queries);\n var num_hits = (num_karyotype - x) / x;\n this.new_layout = [];\n this.data = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].map(this.queries, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (query) {\n if (query_count < x) {\n var label = query.id;\n var len = query.length;\n var item1 = {\n len: len,\n color: '#8dd3c7',\n label: label,\n id: 'Query_' + this.clean_id(query.id),\n ori_id: label\n };\n this.layout_arr.push(item1);\n var hit_details = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].map(query.hits, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (hit) {\n if (hit.number < num_hits) {\n var hsp_details = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].map(hit.hsps, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (hsp) {\n if (underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.hit_arr, hit.id) == -1) {\n var label = hit.id;\n var len = hit.length;\n this.hit_arr.push(hit.id);\n var item2 = {\n len: len,\n color: '#80b1d3',\n label: label,\n id: 'Hit_' + this.clean_id(hit.id),\n ori_id: label\n };\n this.layout_arr.push(item2);\n }\n var item3 = ['Query_' + this.clean_id(query.id), hsp.qstart, hsp.qend, 'Hit_' + this.clean_id(hit.id), hsp.sstart, hsp.send, hit.number, hsp];\n this.chords_arr.push(item3);\n return hsp;\n }, this));\n return hit;\n }\n }, this));\n }\n this.query_arr.push(query.id);\n return query;\n }, this));\n }\n\n // rearraging hit and query karyotypes to have all query in one place\n }, {\n key: \"rearrange_new_layout\",\n value: function rearrange_new_layout() {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.new_layout, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj) {\n var id = obj.id.slice(0, 3);\n if (id == 'Que') {\n this.layout_arr.push(obj);\n }\n }, this));\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.new_layout, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj) {\n var id = obj.id.slice(0, 3);\n if (id == 'Hit') {\n this.layout_arr.push(obj);\n }\n }, this));\n }\n\n // label edits along with deleting hits which are too small to display\n }, {\n key: \"complex_layout_edits\",\n value: function complex_layout_edits() {\n this.delete_from_layout = [];\n this.delete_from_chords = [];\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.layout_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj, index) {\n var rel_length = (obj.len / this.max_length).toFixed(3);\n var label = obj.label;\n if (rel_length < 0.1 && obj.id.slice(0, 3) != 'Que') {\n this.delete_from_layout.push(obj);\n this.hit_arr.slice(underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.hit_arr, obj.label), 1); // corresponding delete from hit_arr\n }\n }, this));\n }\n\n // get the chords_arr index based on hit or query id\n }, {\n key: \"check_in_chords_arr\",\n value: function check_in_chords_arr(id, type, index) {\n var count = 0;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj) {\n if (type == 'Que') {\n if (obj[0] != id) {\n count++;\n }\n }\n }, this));\n if (count == this.chords_arr.length) {\n console.log('no record found ' + id);\n this.delete_arr.push(index);\n }\n }\n\n // get index of hit_arr based on id\n }, {\n key: \"find_index_of_hit\",\n value: function find_index_of_hit(id) {\n var found;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.queries, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (query) {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(query.hits, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (hit) {\n var check_id = 'Hit_' + this.clean_id(hit.id);\n if (id == check_id) {\n found = hit.id;\n }\n }, this));\n }, this));\n return underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.layout_arr, found);\n }\n }, {\n key: \"edit_labels\",\n value: function edit_labels() {\n console.log('label edits');\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.layout_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj) {\n var rel_length = (obj.len / this.max_length).toFixed(3);\n var label = obj.label;\n if (rel_length < 0.41) {\n obj.label = '..';\n } else if (label.length > 10) {\n obj.label = label.slice(0, 2) + '...';\n } else {\n obj.label = obj.ori_id;\n }\n }, this));\n }\n }, {\n key: \"calculate_multipliers\",\n value: function calculate_multipliers() {\n var sum_query_length = 0;\n var sum_hit_length = 0;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.query_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (id) {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.data, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (query) {\n if (id == query.id) {\n sum_query_length += query.length;\n }\n }, this));\n }, this));\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.data, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (query) {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(query.hits, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (hit) {\n var index = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.hit_arr, hit.id);\n if (index >= 0) {\n sum_hit_length += hit.length;\n }\n }, this));\n }, this));\n var mid_sum = (sum_query_length + sum_hit_length) / 2;\n console.log('mid sum ' + mid_sum + ' hit_sum ' + sum_hit_length + ' query_sum ' + sum_query_length);\n this.query_multiplier = (mid_sum / sum_query_length).toFixed(3);\n this.hit_multiplier = (mid_sum / sum_hit_length).toFixed(3);\n console.log('query ' + this.query_multiplier + ' hit ' + this.hit_multiplier);\n }\n }, {\n key: \"handle_spacing\",\n value: function handle_spacing() {\n if (this.max_length > 16000) {\n this.spacing = 200;\n } else if (this.max_length > 12000) {\n this.spacing = 150;\n } else if (this.max_length > 8000) {\n this.spacing = 100;\n } else if (this.max_length > 4000) {\n this.spacing = 75;\n } else if (this.max_length > 1800) {\n this.spacing = 50;\n }\n }\n }, {\n key: \"calculate_max_length\",\n value: function calculate_max_length() {\n var max = 0;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.layout_arr, function (obj) {\n if (max < obj.len) {\n max = obj.len;\n }\n });\n return max;\n }\n }, {\n key: \"clean_id\",\n value: function clean_id(id) {\n return id.replace(/[^a-zA-Z0-9]/g, '');\n }\n }, {\n key: \"create_instance\",\n value: function create_instance(container, width, height) {\n this.instance = new (_packages_circosJS_1_7_0__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1___default())({\n container: '.circosContainer',\n width: width,\n height: height\n });\n this.chord_layout();\n this.instance_layout();\n }\n }, {\n key: \"chord_layout\",\n value: function chord_layout() {\n if (this.chords_arr.length > 32) {\n this.paletteSize = 32;\n } else {\n this.paletteSize = this.chords_arr.length;\n }\n return {\n usePalette: true,\n colorPaletteSize: this.paletteSize,\n // color: 'rgb(0,0,0)',\n colorPalette: 'RdYlBu',\n // colors of chords based on last value in chords\n // tooltipContent: 'Hiten',\n opacity: 0.85 // add opacity to ribbons\n };\n }\n }, {\n key: \"instance_layout\",\n value: function instance_layout() {\n return {\n innerRadius: this.innerRadius,\n outerRadius: this.outerRadius,\n cornerRadius: 1,\n // rounding at edges of karyotypes\n labels: {\n display: true,\n size: '10px',\n radialOffset: 10\n },\n ticks: {\n display: true,\n spacing: this.spacing,\n // the ticks values to display\n labelSpacing: this.labelSpacing,\n // ticks value apper in interval\n labelDenominator: this.denominator,\n // divide the value by this value\n labelSuffix: this.suffix,\n labelSize: '10px',\n majorSpacing: this.labelSpacing,\n // major ticks apper in interval\n size: {\n minor: 0,\n // to remove minor ticks\n major: 4\n }\n }\n };\n }\n }, {\n key: \"instance_render\",\n value: function instance_render() {\n this.instance.layout(this.instance_layout(), this.layout_arr);\n this.instance.chord('chord1', this.chord_layout(), this.chords_arr);\n this.instance.render();\n }\n }, {\n key: \"render_error\",\n value: function render_error() {\n this.svgContainer.find('svg').remove();\n this.svg = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().select(this.svgContainer[0]).insert('svg', ':first-child').attr('width', this.svgContainer.width()).attr('height', this.svgContainer.height()).append('g').attr('class', 'circos-error').attr('transform', 'translate(' + this.svgContainer.width() / 2 + ',' + this.svgContainer.height() / 2 + ')').append('text').attr('text-anchor', 'start').attr('dy', '-0.25em').attr('x', -175).style('font-size', '14px').text('Chord diagram looks great with fewer than 16 queries');\n }\n }, {\n key: \"layoutReset\",\n value: function layoutReset() {\n this.layoutHide = [];\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.layout_arr, function (obj) {\n $('.' + obj.id).css('opacity', 1);\n });\n }\n }, {\n key: \"chordsReset\",\n value: function chordsReset() {\n this.chordsHide = [];\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, function (obj) {\n var slen = obj[1] + obj[2];\n var tlen = obj[4] + obj[5];\n $('#' + obj[0] + '_' + slen + '_' + obj[3] + '_' + tlen).show();\n });\n }\n }, {\n key: \"chordsCheck\",\n value: function chordsCheck(id, type) {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj, index) {\n if (type == 'Que') {\n if (obj[0] == id) {\n this.chordsHide.push(index);\n this.layoutHide.push(obj[3]);\n }\n }\n if (type == 'Hit') {\n if (obj[3] == id) {\n this.chordsHide.push(index);\n this.layoutHide.push(obj[0]);\n }\n }\n }, this));\n }\n }, {\n key: \"chordsClean\",\n value: function chordsClean() {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj, index) {\n if (underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.chordsHide, index) == -1) {\n var slen = obj[1] + obj[2];\n var tlen = obj[4] + obj[5];\n $('#' + obj[0] + '_' + slen + '_' + obj[3] + '_' + tlen).hide();\n }\n }, this));\n }\n }, {\n key: \"layoutClean\",\n value: function layoutClean() {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.layout_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj, index) {\n if (underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].indexOf(this.layoutHide, obj.id) == -1) {\n $('.' + obj.id).css('opacity', 0.1);\n }\n }, this));\n }\n }, {\n key: \"setupTooltip\",\n value: function setupTooltip() {\n var selected = {};\n $('.circos-distribution').on('click', underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (event) {\n event.stopPropagation();\n this.layoutReset();\n this.chordsReset();\n selected = {};\n }, this));\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.query_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (id, index) {\n this.chordsHide = [];\n this.layoutHide = [];\n if (id) {\n $('.circos .Query_' + this.clean_id(id)).attr('data-toggle', 'tooltip').attr('title', id).on('click', underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (event) {\n event.stopPropagation();\n if (selected[index] != id) {\n selected[index] = id;\n var cleaned_id = 'Query_' + this.clean_id(id);\n this.layoutHide.push(cleaned_id);\n this.chordsCheck(cleaned_id, 'Que');\n this.chordsClean();\n this.layoutClean();\n } else {\n selected[index] = 0;\n this.layoutReset();\n this.chordsReset();\n }\n }, this));\n }\n }, this));\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.hit_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (id, index) {\n this.chordsHide = [];\n this.layoutHide = [];\n if (id) {\n $('.circos .Hit_' + this.clean_id(id)).attr('data-toggle', 'tooltip').attr('title', id).on('click', underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (event) {\n event.stopPropagation();\n if (selected[index] != id) {\n selected[index] = id;\n var cleaned_id = 'Hit_' + this.clean_id(id);\n this.layoutHide.push(cleaned_id);\n this.chordsCheck(cleaned_id, 'Hit');\n this.chordsClean();\n this.layoutClean();\n } else {\n selected[index] = 0;\n this.layoutReset();\n this.chordsReset();\n }\n }, this));\n }\n }, this));\n var algorithm = this.algorithm;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, function (obj) {\n $('#' + obj[0] + '_' + obj[3]).attr('data-toggle', 'tooltip').attr('title', function () {\n // E value and identity.\n var alt_tooltip = 'E value: ' + _visualisation_helpers__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.prettify_evalue(obj[7].evalue) + \", Identities: \".concat(_utils__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__[\"default\"].inPercentage(obj[7].identity, obj[7].length));\n // Positives (for protein alignment).\n if (algorithm != 'blastn') {\n alt_tooltip += \"
Positives: \".concat(_utils__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__[\"default\"].inPercentage(obj[7].positives, obj[7].length));\n }\n // Gaps. My understanding is that identities and gaps should add up to 100%.\n alt_tooltip += \", Gaps: \".concat(_utils__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__[\"default\"].inPercentage(obj[7].gaps, obj[7].length));\n return alt_tooltip;\n });\n });\n $('[data-toggle=\"tooltip\"]').tooltip({\n placement: 'top',\n container: 'body',\n html: 'true',\n delay: 0,\n 'white-space': 'nowrap'\n });\n }\n }, {\n key: \"ratioCalculate\",\n value: function ratioCalculate(value, min, max, scope, reverse, logScale) {\n var fraction, scaleLogBase, x;\n scaleLogBase = logScale ? 2.3 : 1;\n if (min === max || value === min && !reverse || value === max && reverse) {\n return 0;\n }\n if (value === max || value === min && reverse) {\n return scope - 1;\n }\n fraction = (value - min) / (max - min);\n x = Math.exp(1 / scaleLogBase * Math.log(fraction));\n if (reverse) {\n x = 1 - x;\n }\n return Math.floor(scope * x);\n }\n }, {\n key: \"drawLegend\",\n value: function drawLegend() {\n this.ratioHSP = [];\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].each(this.chords_arr, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (obj) {\n var item = {\n number: obj[6],\n evalue: obj[7].evalue\n };\n this.ratioHSP.push(item);\n }, this));\n var min = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().min(this.ratioHSP, function (d) {\n return d.number;\n });\n var max = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().max(this.ratioHSP, function (d) {\n return d.number;\n });\n console.log('chords_arr ' + this.chords_arr.length);\n console.log('ratioHSP test ' + this.ratioHSP.length);\n console.log('paletteSize ' + this.paletteSize);\n console.log('min ' + min + ' max ' + max);\n this.legend = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().select(this.svgContainer[0]).insert('svg', ':first-child').attr('height', 20).attr('width', this.ratioHSP.length * 30).attr('transform', 'translate(10, 10)').append('g').attr('class', 'RdYlBu').attr('transform', 'translate(10, 0)');\n var bar = this.legend.selectAll('.bar').data(this.ratioHSP).enter().append('g').attr('class', 'g').attr('transform', function (d, i) {\n return 'translate(' + i * 30 + ',0)';\n }).append('rect').attr('class', underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (d, i) {\n var s = this.ratioCalculate(d.number, min, max, this.paletteSize, false, false);\n console.log('calc ratio ' + s);\n return 'q' + s + '-' + this.paletteSize;\n }, this)).attr('data-toggle', 'tooltip').attr('title', function (d) {\n return d.evalue;\n }).attr('x', 1).attr('width', 30).attr('height', 20);\n // .attr('fill','#43ff21');\n\n var scale = d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().scale.linear().domain([0, 250]).range([0, 100]);\n\n // this.legend.append('rect')\n // .attr('x', 7*14)\n // .attr('width', 2*10)\n // .attr('height', 10)\n // .attr('fill','#43ff21');\n //\n // this.legend.append('text')\n // .attr('class','text-legend')\n // .attr('transform','translate('+10+',0)')\n // .attr('x',6*14)\n // .text('Weaker Hits');\n //\n // this.legend.append('text')\n // .attr('class','text-legend')\n // .attr('transform','translate('+10+',0)')\n // .attr('x',9*14)\n // .text('Stronger Hits');\n\n // bar.selectAll('rect')\n\n // this.legend.append('rect')\n // .attr('x',1)\n // .attr('width', 10)\n // .attr('height', 10)\n // .attr('fill','#232323');\n }\n }], [{\n key: \"canCollapse\",\n value: function canCollapse() {\n return true;\n }\n }, {\n key: \"name\",\n value: function name() {\n return 'Chord diagram of queries and their top hits';\n }\n }, {\n key: \"className\",\n value: function className() {\n return 'circos';\n }\n }, {\n key: \"graphId\",\n value: function graphId(props) {\n return 'circos-collapse';\n }\n }, {\n key: \"dataName\",\n value: function dataName(props) {\n return 'Circos-visualisation';\n }\n }]);\n}();\n/* harmony default export */ const __WEBPACK_DEFAULT_EXPORT__ = ((0,grapher__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__[\"default\"])(Graph));\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/circos.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/cloud_share_modal.js": -/*!****************************************!*\ - !*** ./public/js/cloud_share_modal.js ***! - \****************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ CloudShareModal)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! react */ \"./node_modules/react/index.js\");\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__);\n/* harmony import */ var _share_url__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! ./share_url */ \"./public/js/share_url.js\");\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\n/* harmony import */ var react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__ = __webpack_require__(/*! react/jsx-runtime */ \"./node_modules/react/jsx-runtime.js\");\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\nfunction _typeof(obj) { \"@babel/helpers - typeof\"; return _typeof = \"function\" == typeof Symbol && \"symbol\" == typeof Symbol.iterator ? function (obj) { return typeof obj; } : function (obj) { return obj && \"function\" == typeof Symbol && obj.constructor === Symbol && obj !== Symbol.prototype ? \"symbol\" : typeof obj; }, _typeof(obj); }\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\nfunction _callSuper(_this, derived, args) {\n function isNativeReflectConstruct() {\n if (typeof Reflect === \"undefined\" || !Reflect.construct) return false;\n if (Reflect.construct.sham) return false;\n if (typeof Proxy === \"function\") return true;\n try {\n return !Boolean.prototype.valueOf.call(Reflect.construct(Boolean, [], function () {}));\n } catch (e) {\n return false;\n }\n }\n derived = _getPrototypeOf(derived);\n return _possibleConstructorReturn(_this, isNativeReflectConstruct() ? Reflect.construct(derived, args || [], _getPrototypeOf(_this).constructor) : derived.apply(_this, args));\n}\nfunction _possibleConstructorReturn(self, call) { if (call && (_typeof(call) === \"object\" || typeof call === \"function\")) { return call; } else if (call !== void 0) { throw new TypeError(\"Derived constructors may only return object or undefined\"); } return _assertThisInitialized(self); }\nfunction _assertThisInitialized(self) { if (self === void 0) { throw new ReferenceError(\"this hasn't been initialised - super() hasn't been called\"); } return self; }\nfunction _getPrototypeOf(o) { _getPrototypeOf = Object.setPrototypeOf ? Object.getPrototypeOf : function _getPrototypeOf(o) { return o.__proto__ || Object.getPrototypeOf(o); }; return _getPrototypeOf(o); }\nfunction _inherits(subClass, superClass) { if (typeof superClass !== \"function\" && superClass !== null) { throw new TypeError(\"Super expression must either be null or a function\"); } subClass.prototype = Object.create(superClass && superClass.prototype, { constructor: { value: subClass, writable: true, configurable: true } }); Object.defineProperty(subClass, \"prototype\", { writable: false }); if (superClass) _setPrototypeOf(subClass, superClass); }\nfunction _setPrototypeOf(o, p) { _setPrototypeOf = Object.setPrototypeOf || function _setPrototypeOf(o, p) { o.__proto__ = p; return o; }; return _setPrototypeOf(o, p); }\nfunction _defineProperty(obj, key, value) { if (key in obj) { Object.defineProperty(obj, key, { value: value, enumerable: true, configurable: true, writable: true }); } else { obj[key] = value; } return obj; }\n\n\n\n\n/**\n * Takes sequence accession as props, fetches the sequence from the server, and\n * displays it in a modal.\n */\n\nvar CloudShareModal = /*#__PURE__*/function (_React$Component) {\n function CloudShareModal(props) {\n var _this2;\n _classCallCheck(this, CloudShareModal);\n _this2 = _callSuper(this, CloudShareModal, [props]);\n // Lifecycle methods. //\n _defineProperty(_this2, \"handleChange\", function (e) {\n var _e$target = e.target,\n name = _e$target.name,\n value = _e$target.value,\n type = _e$target.type,\n checked = _e$target.checked;\n var inputValue = type === 'checkbox' ? checked : value;\n _this2.setState(_defineProperty({}, name, inputValue));\n });\n _defineProperty(_this2, \"handleSubmit\", function (e) {\n e.preventDefault();\n var email = _this2.state.email;\n var regex = /\\/([^/]+)(?:\\/|#|\\?|$)/;\n var match = window.location.pathname.match(regex);\n var jobId = match[1];\n _this2.setState({\n formState: 'loading'\n });\n var requestData = {\n job_id: jobId,\n sender_email: email\n };\n fetch('/cloud_share', {\n method: 'POST',\n headers: {\n 'Content-Type': 'application/json'\n },\n body: JSON.stringify(requestData)\n }).then(function (response) {\n return response.json();\n }).then(function (data) {\n if (data.shareable_url) {\n // Successful response\n _this2.setState({\n formState: 'results',\n shareableurl: data.shareable_url\n });\n } else if (data.errors) {\n // Error response with specific error messages\n var errorMessages = data.errors;\n _this2.setState({\n formState: 'error',\n errorMessages: errorMessages\n });\n } else {\n // Generic error message\n throw new Error('Unknown error submitting form');\n }\n })[\"catch\"](function (error) {\n _this2.setState({\n formState: 'error',\n errorMessages: [error.message]\n });\n });\n });\n _this2.state = {\n formState: 'input',\n // Possible values: 'input', 'loading', 'results', 'error'\n errorMessages: [],\n email: '',\n agreeToTos: false,\n shareableurl: ''\n };\n _this2.modalRef = /*#__PURE__*/(0,react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.createRef)();\n return _this2;\n }\n _inherits(CloudShareModal, _React$Component);\n return _createClass(CloudShareModal, [{\n key: \"renderLoading\",\n value: function renderLoading() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"text-center\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-spinner fa-3x fa-spin\"\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"p\", {\n children: \"Uploading the job to SequenceServer Cloud, please wait...\"\n })]\n });\n }\n }, {\n key: \"renderResults\",\n value: function renderResults() {\n var shareableurl = this.state.shareableurl;\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(_share_url__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"], {\n url: shareableurl,\n querydb: this.props.querydb,\n program: this.props.program,\n queryLength: this.props.queryLength\n });\n }\n }, {\n key: \"renderError\",\n value: function renderError() {\n var errorMessages = this.state.errorMessages;\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.Fragment, {\n children: [underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].map(errorMessages, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"].bind(function (errorMessage) {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"fastan\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"section-content\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-error\",\n children: errorMessage\n })\n })\n });\n }, this)), this.renderForm()]\n });\n }\n }, {\n key: \"renderForm\",\n value: function renderForm() {\n var _this$state = this.state,\n email = _this$state.email,\n agreeToTos = _this$state.agreeToTos;\n var isSubmitDisabled = !agreeToTos;\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"form\", {\n onSubmit: this.handleSubmit,\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"form-group\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"label\", {\n htmlFor: \"emailInput\",\n children: \"Your Email Address\"\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"input\", {\n type: \"email\",\n id: \"emailInput\",\n className: \"form-control\",\n placeholder: \"person@example.com\",\n name: \"email\",\n value: email,\n required: \"required\",\n onChange: this.handleChange\n })]\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"p\", {\n children: [\"By submitting this form you agree to upload this SequenceServer result set to \", /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"a\", {\n href: \"https://sequenceserver.com/cloud/\",\n target: \"_bank\",\n children: \"SenquenceServer Cloud\"\n }), \", where it will become available on the internet to everyone with the link. You also agree that your email address will be stored on SequenceServer databases as proof of authentication for support and similar purposes.\"]\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"form-group form-check\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"input\", {\n type: \"checkbox\",\n id: \"tosCheckbox\",\n className: \"form-check-input\",\n name: \"agreeToTos\",\n checked: agreeToTos,\n onChange: this.handleChange\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"label\", {\n htmlFor: \"tosCheckbox\",\n className: \"form-check-label\",\n children: [\"\\xA0I agree to the \", /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"b\", {\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"a\", {\n href: \"https://sequenceserver.com/cloud/terms_and_conditions\",\n target: \"_blank\",\n children: \"Terms and Conditions of Service\"\n })\n })]\n })]\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"button\", {\n type: \"submit\",\n className: \"btn btn-primary\",\n disabled: isSubmitDisabled,\n children: \"Submit\"\n })]\n });\n }\n }, {\n key: \"render\",\n value: function render() {\n var formState = this.state.formState;\n var content;\n switch (formState) {\n case 'loading':\n content = this.renderLoading();\n break;\n case 'results':\n content = this.renderResults();\n break;\n case 'error':\n content = this.renderError();\n break;\n case 'input':\n default:\n content = this.renderForm();\n break;\n }\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal cloud-share\",\n ref: this.modalRef,\n tabIndex: \"-1\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-dialog\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"modal-content\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-header\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"h3\", {\n children: \"Share to SequenceServer Cloud\"\n })\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-body\",\n children: content\n })]\n })\n })\n });\n }\n\n /*\n * Returns jQuery reference to the main modal container.\n */\n }, {\n key: \"modal\",\n value: function modal() {\n return $(this.modalRef.current);\n }\n\n /**\n * Shows share dialogue.\n */\n }, {\n key: \"show\",\n value: function show() {\n var _this3 = this;\n this.setState({\n requestCompleted: false\n }, function () {\n _this3.modal().modal(\"show\");\n });\n }\n\n /**\n * Hide share dialogue.\n */\n }, {\n key: \"hide\",\n value: function hide() {\n this.modal().modal(\"hide\");\n }\n }]);\n}((react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().Component));\n\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/cloud_share_modal.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/collapse_preferences.js": -/*!*******************************************!*\ - !*** ./public/js/collapse_preferences.js ***! - \*******************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ CollapsePreferences)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! react/jsx-runtime */ \"./node_modules/react/jsx-runtime.js\");\n\nfunction _toConsumableArray(arr) { return _arrayWithoutHoles(arr) || _iterableToArray(arr) || _unsupportedIterableToArray(arr) || _nonIterableSpread(); }\nfunction _nonIterableSpread() { throw new TypeError(\"Invalid attempt to spread non-iterable instance.\\nIn order to be iterable, non-array objects must have a [Symbol.iterator]() method.\"); }\nfunction _unsupportedIterableToArray(o, minLen) { if (!o) return; if (typeof o === \"string\") return _arrayLikeToArray(o, minLen); var n = Object.prototype.toString.call(o).slice(8, -1); if (n === \"Object\" && o.constructor) n = o.constructor.name; if (n === \"Map\" || n === \"Set\") return Array.from(o); if (n === \"Arguments\" || /^(?:Ui|I)nt(?:8|16|32)(?:Clamped)?Array$/.test(n)) return _arrayLikeToArray(o, minLen); }\nfunction _iterableToArray(iter) { if (typeof Symbol !== \"undefined\" && iter[Symbol.iterator] != null || iter[\"@@iterator\"] != null) return Array.from(iter); }\nfunction _arrayWithoutHoles(arr) { if (Array.isArray(arr)) return _arrayLikeToArray(arr); }\nfunction _arrayLikeToArray(arr, len) { if (len == null || len > arr.length) len = arr.length; for (var i = 0, arr2 = new Array(len); i < len; i++) arr2[i] = arr[i]; return arr2; }\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\nvar CollapsePreferences = /*#__PURE__*/function () {\n function CollapsePreferences(component) {\n _classCallCheck(this, CollapsePreferences);\n this.component = component;\n this.collapsePreferences = JSON.parse(localStorage.getItem('collapsePreferences')) || [];\n }\n return _createClass(CollapsePreferences, [{\n key: \"toggleCollapse\",\n value: function toggleCollapse() {\n var _this = this;\n var currentlyCollapsed = this.component.state.collapsed;\n this.component.setState({\n collapsed: !currentlyCollapsed\n });\n var collapsePreferences = JSON.parse(localStorage.getItem('collapsePreferences')) || [];\n if (currentlyCollapsed) {\n localStorage.setItem('collapsePreferences', JSON.stringify(collapsePreferences.filter(function (name) {\n return name !== _this.component.name;\n })));\n } else {\n var uniqueCollapsePreferences = _toConsumableArray(new Set(collapsePreferences.concat([this.component.name])));\n localStorage.setItem('collapsePreferences', JSON.stringify(uniqueCollapsePreferences));\n }\n }\n }, {\n key: \"preferenceStoredAsCollapsed\",\n value: function preferenceStoredAsCollapsed() {\n return this.collapsePreferences.includes(this.component.name);\n }\n }, {\n key: \"renderCollapseIcon\",\n value: function renderCollapseIcon() {\n return this.component.state.collapsed ? this.plusIcon() : this.minusIcon();\n }\n }, {\n key: \"minusIcon\",\n value: function minusIcon() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-minus-square-o\"\n });\n }\n }, {\n key: \"plusIcon\",\n value: function plusIcon() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-plus-square-o\"\n });\n }\n }]);\n}();\n\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/collapse_preferences.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/download_fasta.js": -/*!*************************************!*\ - !*** ./public/js/download_fasta.js ***! - \*************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ downloadFASTA)\n/* harmony export */ });\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\n/**\n * Dynamically create form and submit.\n *\n * Author: Filip Ter\n */\nfunction downloadFASTA(sequence_ids, database_ids) {\n var form = $('
').attr('method', 'post').attr('action', 'get_sequence');\n addField('sequence_ids', sequence_ids);\n addField('database_ids', database_ids);\n addField('_csrf', document.querySelector('meta[name=\"_csrf\"]').content);\n form.appendTo('body').submit().remove();\n function addField(name, val) {\n form.append($('').attr('type', 'hidden').attr('name', name).val(val));\n }\n}\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/download_fasta.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/error_modal.js": -/*!**********************************!*\ - !*** ./public/js/error_modal.js ***! - \**********************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ ErrorModal)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! react */ \"./node_modules/react/index.js\");\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__);\n/* harmony import */ var react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! react/jsx-runtime */ \"./node_modules/react/jsx-runtime.js\");\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\nfunction _typeof(obj) { \"@babel/helpers - typeof\"; return _typeof = \"function\" == typeof Symbol && \"symbol\" == typeof Symbol.iterator ? function (obj) { return typeof obj; } : function (obj) { return obj && \"function\" == typeof Symbol && obj.constructor === Symbol && obj !== Symbol.prototype ? \"symbol\" : typeof obj; }, _typeof(obj); }\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\nfunction _callSuper(_this, derived, args) {\n function isNativeReflectConstruct() {\n if (typeof Reflect === \"undefined\" || !Reflect.construct) return false;\n if (Reflect.construct.sham) return false;\n if (typeof Proxy === \"function\") return true;\n try {\n return !Boolean.prototype.valueOf.call(Reflect.construct(Boolean, [], function () {}));\n } catch (e) {\n return false;\n }\n }\n derived = _getPrototypeOf(derived);\n return _possibleConstructorReturn(_this, isNativeReflectConstruct() ? Reflect.construct(derived, args || [], _getPrototypeOf(_this).constructor) : derived.apply(_this, args));\n}\nfunction _possibleConstructorReturn(self, call) { if (call && (_typeof(call) === \"object\" || typeof call === \"function\")) { return call; } else if (call !== void 0) { throw new TypeError(\"Derived constructors may only return object or undefined\"); } return _assertThisInitialized(self); }\nfunction _assertThisInitialized(self) { if (self === void 0) { throw new ReferenceError(\"this hasn't been initialised - super() hasn't been called\"); } return self; }\nfunction _getPrototypeOf(o) { _getPrototypeOf = Object.setPrototypeOf ? Object.getPrototypeOf : function _getPrototypeOf(o) { return o.__proto__ || Object.getPrototypeOf(o); }; return _getPrototypeOf(o); }\nfunction _inherits(subClass, superClass) { if (typeof superClass !== \"function\" && superClass !== null) { throw new TypeError(\"Super expression must either be null or a function\"); } subClass.prototype = Object.create(superClass && superClass.prototype, { constructor: { value: subClass, writable: true, configurable: true } }); Object.defineProperty(subClass, \"prototype\", { writable: false }); if (superClass) _setPrototypeOf(subClass, superClass); }\nfunction _setPrototypeOf(o, p) { _setPrototypeOf = Object.setPrototypeOf || function _setPrototypeOf(o, p) { o.__proto__ = p; return o; }; return _setPrototypeOf(o, p); }\n\n\n/**\n * Takes errorData object with title, message, and more_info keys as props. The\n * component displays a bootstrap modal when mounted. errorData.title is used\n * to set modal title. errorData.message is inserted as HTML text in modal\n * body. And errorData.more_info is shown using a pre tag in modal body.\n *\n * The displayed modal dialog cannot be dismissed.\n * The user must close the tab or press back button to go back to search form.\n */\n\nvar ErrorModal = /*#__PURE__*/function (_React$Component) {\n function ErrorModal(props) {\n var _this2;\n _classCallCheck(this, ErrorModal);\n _this2 = _callSuper(this, ErrorModal, [props]);\n _this2.state = {\n errorData: {}\n };\n _this2.modal = /*#__PURE__*/(0,react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.createRef)();\n return _this2;\n }\n\n // HTML for Bootstrap modal.\n _inherits(ErrorModal, _React$Component);\n return _createClass(ErrorModal, [{\n key: \"render\",\n value: function render() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"div\", {\n id: \"error\",\n ref: this.modal,\n className: \"modal fade\",\n \"data-keyboard\": \"false\",\n \"data-backdrop\": \"static\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-dialog modal-lg\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"modal-content\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"div\", {\n className: \"modal-header\",\n children: /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"h3\", {\n children: this.state.errorData.title\n })\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"modal-body\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"p\", {\n dangerouslySetInnerHTML: {\n __html: this.state.errorData.message\n }\n }), this.state.errorData.more_info && /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.jsx)(\"pre\", {\n className: \"pre-scrollable\",\n children: this.state.errorData.more_info\n })]\n })]\n })\n })\n });\n }\n /**\n * Shows error viewer.\n */\n }, {\n key: \"show\",\n value: function show(errorData, beforeShow) {\n var _this3 = this;\n this.setState({\n errorData: errorData\n });\n // Caller can specify an amount of time to wait for before showing the\n // modal. This is helpful if the caller wants to finish some work\n // before showing error modal.\n setTimeout(function () {\n $(_this3.modal.current).modal('show');\n }, beforeShow || 0);\n }\n }]);\n}((react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default().Component));\n\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/error_modal.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/exporter.js": -/*!*******************************!*\ - !*** ./public/js/exporter.js ***! - \*******************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ download_blob: () => (/* binding */ download_blob),\n/* harmony export */ download_url: () => (/* binding */ download_url),\n/* harmony export */ generate_blob_url: () => (/* binding */ generate_blob_url),\n/* harmony export */ sanitize_filename: () => (/* binding */ sanitize_filename)\n/* harmony export */ });\nfunction download_url(url, filename) {\n var a = d3.select('body').append('a').attr('download', filename).style('display', 'none').attr('href', url);\n a.node().click();\n setTimeout(function () {\n a.remove();\n }, 100);\n}\nfunction generate_blob_url(blob) {\n var url = window.URL.createObjectURL(blob);\n return url;\n}\nfunction download_blob(blob, filename) {\n if (typeof window.navigator.msSaveOrOpenBlob !== 'undefined') {\n window.navigator.msSaveOrOpenBlob(blob, filename);\n } else {\n download_url(generate_blob_url(blob), filename);\n }\n}\nfunction sanitize_filename(str) {\n var san = str.replace(/[^a-zA-Z0-9=_\\-]/g, '_');\n // Replace runs of underscores with single one.\n san = san.replace(/_{2,}/g, '_');\n // Remove any leading or trailing underscores.\n san = san.replace(/^_/, '').replace(/_$/, '');\n return san;\n}\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/exporter.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/fastq_to_fasta.js": -/*!*************************************!*\ - !*** ./public/js/fastq_to_fasta.js ***! - \*************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ fastqToFasta: () => (/* binding */ fastqToFasta)\n/* harmony export */ });\nfunction _toConsumableArray(arr) { return _arrayWithoutHoles(arr) || _iterableToArray(arr) || _unsupportedIterableToArray(arr) || _nonIterableSpread(); }\nfunction _nonIterableSpread() { throw new TypeError(\"Invalid attempt to spread non-iterable instance.\\nIn order to be iterable, non-array objects must have a [Symbol.iterator]() method.\"); }\nfunction _unsupportedIterableToArray(o, minLen) { if (!o) return; if (typeof o === \"string\") return _arrayLikeToArray(o, minLen); var n = Object.prototype.toString.call(o).slice(8, -1); if (n === \"Object\" && o.constructor) n = o.constructor.name; if (n === \"Map\" || n === \"Set\") return Array.from(o); if (n === \"Arguments\" || /^(?:Ui|I)nt(?:8|16|32)(?:Clamped)?Array$/.test(n)) return _arrayLikeToArray(o, minLen); }\nfunction _iterableToArray(iter) { if (typeof Symbol !== \"undefined\" && iter[Symbol.iterator] != null || iter[\"@@iterator\"] != null) return Array.from(iter); }\nfunction _arrayWithoutHoles(arr) { if (Array.isArray(arr)) return _arrayLikeToArray(arr); }\nfunction _arrayLikeToArray(arr, len) { if (len == null || len > arr.length) len = arr.length; for (var i = 0, arr2 = new Array(len); i < len; i++) arr2[i] = arr[i]; return arr2; }\nvar convertChunk = function convertChunk(fastqChunk) {\n fastqChunk[0] = '>' + fastqChunk[0].substring(1);\n return fastqChunk.slice(0, 2);\n};\nvar isValidFastq = function isValidFastq(fastqChunk) {\n if (fastqChunk.length !== 4) {\n return false;\n }\n return fastqChunk[0][0] === '@' && fastqChunk[2][0] === '+' && fastqChunk[1].length === fastqChunk[3].length;\n};\nvar fastqToFasta = function fastqToFasta(sequence) {\n var trimmedSequence = sequence.trim();\n // return unmodified if sequence does not look like fastq\n if (!trimmedSequence.startsWith('@')) {\n return sequence;\n }\n var sequenceLines = trimmedSequence.split('\\n');\n var fastaChunks = [];\n for (var i = 0; i < sequenceLines.length; i += 4) {\n var fastqChunk = sequenceLines.slice(i, i + 4);\n if (isValidFastq(fastqChunk)) {\n fastaChunks.push.apply(fastaChunks, _toConsumableArray(convertChunk(fastqChunk)));\n } else {\n // return unmodified sequence if it does not look like valid fastq\n return sequence;\n }\n }\n return fastaChunks.join('\\n');\n};\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/fastq_to_fasta.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/grapher.js": -/*!******************************!*\ - !*** ./public/js/grapher.js ***! - \******************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ Grapher)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! react */ \"./node_modules/react/index.js\");\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__);\n/* harmony import */ var _svgExporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__ = __webpack_require__(/*! ./svgExporter */ \"./public/js/svgExporter.js\");\n/* harmony import */ var _collapse_preferences__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__ = __webpack_require__(/*! ./collapse_preferences */ \"./public/js/collapse_preferences.js\");\n/* harmony import */ var react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__ = __webpack_require__(/*! react/jsx-runtime */ \"./node_modules/react/jsx-runtime.js\");\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\nfunction _typeof(obj) { \"@babel/helpers - typeof\"; return _typeof = \"function\" == typeof Symbol && \"symbol\" == typeof Symbol.iterator ? function (obj) { return typeof obj; } : function (obj) { return obj && \"function\" == typeof Symbol && obj.constructor === Symbol && obj !== Symbol.prototype ? \"symbol\" : typeof obj; }, _typeof(obj); }\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\nfunction _callSuper(_this, derived, args) {\n function isNativeReflectConstruct() {\n if (typeof Reflect === \"undefined\" || !Reflect.construct) return false;\n if (Reflect.construct.sham) return false;\n if (typeof Proxy === \"function\") return true;\n try {\n return !Boolean.prototype.valueOf.call(Reflect.construct(Boolean, [], function () {}));\n } catch (e) {\n return false;\n }\n }\n derived = _getPrototypeOf(derived);\n return _possibleConstructorReturn(_this, isNativeReflectConstruct() ? Reflect.construct(derived, args || [], _getPrototypeOf(_this).constructor) : derived.apply(_this, args));\n}\nfunction _possibleConstructorReturn(self, call) { if (call && (_typeof(call) === \"object\" || typeof call === \"function\")) { return call; } else if (call !== void 0) { throw new TypeError(\"Derived constructors may only return object or undefined\"); } return _assertThisInitialized(self); }\nfunction _assertThisInitialized(self) { if (self === void 0) { throw new ReferenceError(\"this hasn't been initialised - super() hasn't been called\"); } return self; }\nfunction _getPrototypeOf(o) { _getPrototypeOf = Object.setPrototypeOf ? Object.getPrototypeOf : function _getPrototypeOf(o) { return o.__proto__ || Object.getPrototypeOf(o); }; return _getPrototypeOf(o); }\nfunction _inherits(subClass, superClass) { if (typeof superClass !== \"function\" && superClass !== null) { throw new TypeError(\"Super expression must either be null or a function\"); } subClass.prototype = Object.create(superClass && superClass.prototype, { constructor: { value: subClass, writable: true, configurable: true } }); Object.defineProperty(subClass, \"prototype\", { writable: false }); if (superClass) _setPrototypeOf(subClass, superClass); }\nfunction _setPrototypeOf(o, p) { _setPrototypeOf = Object.setPrototypeOf || function _setPrototypeOf(o, p) { o.__proto__ = p; return o; }; return _setPrototypeOf(o, p); }\n\n\n // create handlers for SVG and PNG download buttons\n\n\n// Each instance of Grapher is added to this object once the component has been\n// mounted. This is so that grapher can be iterated over and redrawn on window\n// resize event.\n\nvar Graphers = {};\n\n// Grapher is a function that takes a Graph class and returns a React component.\n// This React component provides HTML boilerplate to add heading, to make the\n// graphs collapsible, to redraw graphs when window is resized, and SVG and PNG\n// export buttons and functionality.\nfunction Grapher(Graph) {\n return /*#__PURE__*/function (_React$Component) {\n function _class(props) {\n var _this2;\n _classCallCheck(this, _class);\n _this2 = _callSuper(this, _class, [props]);\n _this2.name = Graph.name();\n _this2.collapsePreferences = new _collapse_preferences__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__[\"default\"](_this2);\n var isCollapsed = _this2.collapsePreferences.preferenceStoredAsCollapsed();\n _this2.state = {\n collapsed: Graph.canCollapse() && (_this2.props.collapsed || isCollapsed)\n };\n _this2.svgContainerRef = /*#__PURE__*/(0,react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__.createRef)();\n return _this2;\n }\n _inherits(_class, _React$Component);\n return _createClass(_class, [{\n key: \"graphId\",\n value: function graphId() {\n return Graph.graphId(this.props);\n }\n }, {\n key: \"render\",\n value: function render() {\n // Do not render when Graph.name() is null\n if (Graph.name() === null) {\n return null;\n } else {\n var cssClasses = Graph.className() + ' grapher';\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"div\", {\n ref: \"grapher\",\n className: cssClasses,\n children: [this.header(), this.svgContainerJSX()]\n });\n }\n }\n }, {\n key: \"header\",\n value: function header() {\n var _this3 = this;\n if (Graph.canCollapse()) {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"grapher-header\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"h4\", {\n className: \"caption\",\n onClick: function onClick() {\n return _this3.collapsePreferences.toggleCollapse();\n },\n children: [this.collapsePreferences.renderCollapseIcon(), \"\\xA0\", Graph.name()]\n }), !this.state.collapsed && this.graphLinksJSX()]\n });\n } else {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsx)(\"div\", {\n className: \"grapher-header\",\n children: !this.state.collapsed && this.graphLinksJSX()\n });\n }\n }\n }, {\n key: \"graphLinksJSX\",\n value: function graphLinksJSX() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"hit-links graph-links\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"a\", {\n href: \"#\",\n className: \"btn-link export-to-svg\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-download\"\n }), \" SVG\"]\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsx)(\"span\", {\n className: \"line\",\n children: \"|\"\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsxs)(\"a\", {\n href: \"#\",\n className: \"btn-link export-to-png\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-download\"\n }), \" PNG\"]\n })]\n });\n }\n }, {\n key: \"svgContainerJSX\",\n value: function svgContainerJSX() {\n var cssClasses = Graph.className() + ' svg-container collapse';\n if (!this.state.collapsed) cssClasses += ' in';\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__.jsx)(\"div\", {\n ref: this.svgContainerRef,\n id: this.graphId(),\n className: cssClasses\n });\n }\n }, {\n key: \"componentDidMount\",\n value: function componentDidMount() {\n Graphers[this.graphId()] = this;\n\n // Draw visualisation for the first time. Visualisations are\n // redrawn when browser window is resized.\n this.draw();\n }\n }, {\n key: \"componentDidUpdate\",\n value: function componentDidUpdate() {\n // Re-draw visualisation when the component change state.\n this.draw();\n }\n }, {\n key: \"svgContainer\",\n value: function svgContainer() {\n return $(this.svgContainerRef.current);\n }\n }, {\n key: \"draw\",\n value: function draw() {\n // Clean slate.\n this.svgContainer().empty();\n this.graph = null;\n\n // Draw if uncollapsed.\n if (this.state.collapsed) {\n return;\n }\n this.graph = new Graph(this.svgContainer(), this.props);\n this.svgContainer().find('svg').attr('data-name', Graph.dataName(this.props));\n }\n }]);\n }((react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1___default().Component));\n}\n\n// Redraw if window resized.\n$(window).resize(underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__[\"default\"].debounce(function () {\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__[\"default\"].each(Graphers, function (grapher) {\n grapher.draw();\n });\n}, 125));\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/grapher.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/hit.js": -/*!**************************!*\ - !*** ./public/js/hit.js ***! - \**************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (/* binding */ _default)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! react */ \"./node_modules/react/index.js\");\n/* harmony import */ var react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__);\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\n/* harmony import */ var _kablammo__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__ = __webpack_require__(/*! ./kablammo */ \"./public/js/kablammo.js\");\n/* harmony import */ var _download_fasta__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__ = __webpack_require__(/*! ./download_fasta */ \"./public/js/download_fasta.js\");\n/* harmony import */ var _alignment_exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__ = __webpack_require__(/*! ./alignment_exporter */ \"./public/js/alignment_exporter.js\");\n/* harmony import */ var hit_buttons__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__ = __webpack_require__(/*! hit_buttons */ \"./public/js/null_plugins/hit_buttons.js\");\n/* harmony import */ var react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__ = __webpack_require__(/*! react/jsx-runtime */ \"./node_modules/react/jsx-runtime.js\");\nfunction _typeof(obj) { \"@babel/helpers - typeof\"; return _typeof = \"function\" == typeof Symbol && \"symbol\" == typeof Symbol.iterator ? function (obj) { return typeof obj; } : function (obj) { return obj && \"function\" == typeof Symbol && obj.constructor === Symbol && obj !== Symbol.prototype ? \"symbol\" : typeof obj; }, _typeof(obj); }\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\nfunction _callSuper(_this, derived, args) {\n function isNativeReflectConstruct() {\n if (typeof Reflect === \"undefined\" || !Reflect.construct) return false;\n if (Reflect.construct.sham) return false;\n if (typeof Proxy === \"function\") return true;\n try {\n return !Boolean.prototype.valueOf.call(Reflect.construct(Boolean, [], function () {}));\n } catch (e) {\n return false;\n }\n }\n derived = _getPrototypeOf(derived);\n return _possibleConstructorReturn(_this, isNativeReflectConstruct() ? Reflect.construct(derived, args || [], _getPrototypeOf(_this).constructor) : derived.apply(_this, args));\n}\nfunction _possibleConstructorReturn(self, call) { if (call && (_typeof(call) === \"object\" || typeof call === \"function\")) { return call; } else if (call !== void 0) { throw new TypeError(\"Derived constructors may only return object or undefined\"); } return _assertThisInitialized(self); }\nfunction _assertThisInitialized(self) { if (self === void 0) { throw new ReferenceError(\"this hasn't been initialised - super() hasn't been called\"); } return self; }\nfunction _getPrototypeOf(o) { _getPrototypeOf = Object.setPrototypeOf ? Object.getPrototypeOf : function _getPrototypeOf(o) { return o.__proto__ || Object.getPrototypeOf(o); }; return _getPrototypeOf(o); }\nfunction _inherits(subClass, superClass) { if (typeof superClass !== \"function\" && superClass !== null) { throw new TypeError(\"Super expression must either be null or a function\"); } subClass.prototype = Object.create(superClass && superClass.prototype, { constructor: { value: subClass, writable: true, configurable: true } }); Object.defineProperty(subClass, \"prototype\", { writable: false }); if (superClass) _setPrototypeOf(subClass, superClass); }\nfunction _setPrototypeOf(o, p) { _setPrototypeOf = Object.setPrototypeOf || function _setPrototypeOf(o, p) { o.__proto__ = p; return o; }; return _setPrototypeOf(o, p); }\n\n\n\n\n // to download textual alignment\n\n\n/**\n * Component for each hit. Receives props from Report. Has no state.\n */\n\nvar _default = /*#__PURE__*/function (_Component) {\n function _default(props) {\n var _this2;\n _classCallCheck(this, _default);\n _this2 = _callSuper(this, _default, [props]);\n _this2.accession = _this2.accession.bind(_this2);\n _this2.sequenceID = _this2.sequenceID.bind(_this2);\n _this2.hitLength = _this2.hitLength.bind(_this2);\n _this2.numHSPs = _this2.numHSPs.bind(_this2);\n _this2.domID = _this2.domID.bind(_this2);\n _this2.databaseIDs = _this2.databaseIDs.bind(_this2);\n _this2.showSequenceViewer = _this2.showSequenceViewer.bind(_this2);\n _this2.viewSequenceLink = _this2.viewSequenceLink.bind(_this2);\n _this2.downloadFASTA = _this2.downloadFASTA.bind(_this2);\n _this2.downloadAlignment = _this2.downloadAlignment.bind(_this2);\n _this2.headerJSX = _this2.headerJSX.bind(_this2);\n _this2.contentJSX = _this2.contentJSX.bind(_this2);\n _this2.hitLinks = _this2.hitLinks.bind(_this2);\n _this2.viewSequenceButton = _this2.viewSequenceButton.bind(_this2);\n _this2.downloadFASTAButton = _this2.downloadFASTAButton.bind(_this2);\n _this2.hit_buttons = new hit_buttons__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_5__[\"default\"](_this2);\n return _this2;\n }\n _inherits(_default, _Component);\n return _createClass(_default, [{\n key: \"shouldComponentUpdate\",\n value: function shouldComponentUpdate() {\n return !this.props.hit;\n }\n /**\n * Returns accession number of the hit sequence.\n */\n }, {\n key: \"accession\",\n value: function accession() {\n return this.props.hit.accession;\n }\n\n /**\n * Returns id of the hit sequence.\n */\n }, {\n key: \"sequenceID\",\n value: function sequenceID() {\n return this.props.hit.id;\n }\n\n /**\n * Returns length of the hit sequence.\n */\n }, {\n key: \"hitLength\",\n value: function hitLength() {\n return this.props.hit.length;\n }\n }, {\n key: \"numHSPs\",\n value: function numHSPs() {\n return this.props.hit.hsps.length;\n }\n\n // Internal helpers. //\n\n /**\n * Returns id that will be used for the DOM node corresponding to the hit.\n */\n }, {\n key: \"domID\",\n value: function domID() {\n return 'Query_' + this.props.query.number + '_hit_' + this.props.hit.number;\n }\n }, {\n key: \"databaseIDs\",\n value: function databaseIDs() {\n return underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].map(this.props.querydb, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].iteratee('id'));\n }\n }, {\n key: \"showSequenceViewer\",\n value: function showSequenceViewer() {\n this.props.showSequenceModal(this.viewSequenceLink());\n }\n }, {\n key: \"viewSequenceLink\",\n value: function viewSequenceLink() {\n var sequenceIDs = encodeURIComponent(this.sequenceID());\n var databaseIDs = encodeURIComponent(this.databaseIDs());\n return \"get_sequence/?sequence_ids=\".concat(sequenceIDs, \"&database_ids=\").concat(databaseIDs);\n }\n }, {\n key: \"downloadFASTA\",\n value: function downloadFASTA(event) {\n var sequenceIDs = [this.sequenceID()];\n (0,_download_fasta__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__[\"default\"])(sequenceIDs, this.databaseIDs());\n }\n\n // Event-handler for exporting alignments.\n // Calls relevant method on AlignmentExporter defined in alignment_exporter.js.\n }, {\n key: \"downloadAlignment\",\n value: function downloadAlignment(event) {\n var hsps = underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].map(this.props.hit.hsps, underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].bind(function (hsp) {\n hsp.query_id = this.props.query.id;\n hsp.hit_id = this.props.hit.id;\n return hsp;\n }, this));\n var aln_exporter = new _alignment_exporter__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__[\"default\"]();\n aln_exporter.export_alignments(hsps, this.props.query.id + '_' + this.props.hit.id);\n }\n }, {\n key: \"headerJSX\",\n value: function headerJSX() {\n var meta = \"length: \".concat(this.hitLength().toLocaleString());\n if (this.props.showQueryCrumbs && this.props.showHitCrumbs) {\n // Multiper queries, multiple hits\n meta = \"hit \".concat(this.props.hit.number, \" of query \").concat(this.props.query.number, \", \") + meta;\n } else if (this.props.showQueryCrumbs && !this.props.showHitCrumbs) {\n // Multiple queries, single hit\n meta = \"the only hit of query \".concat(this.props.query.number, \", \") + meta;\n } else if (!this.props.showQueryCrumbs && this.props.showHitCrumbs) {\n // Single query, multiple hits\n meta = \"hit \".concat(this.props.hit.number, \", \") + meta;\n }\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"section-header\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"h4\", {\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa fa-minus-square-o\"\n }), \"\\xA0\", /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"strong\", {\n children: this.props.hit.id\n }), \"\\xA0\", this.props.hit.title]\n }), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"span\", {\n className: \"label label-reset pos-label\",\n children: meta\n })]\n });\n }\n }, {\n key: \"contentJSX\",\n value: function contentJSX() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"section-content\",\n \"data-parent-hit\": this.domID(),\n children: [this.hitLinks(), /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(_kablammo__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__[\"default\"], {\n query: this.props.query,\n hit: this.props.hit,\n algorithm: this.props.algorithm,\n showHSPCrumbs: this.numHSPs() > 1 && this.numHSPs() < 27,\n collapsed: this.props.veryBig\n }, 'kablammo' + this.props.query.id)]\n });\n }\n }, {\n key: \"hitLinks\",\n value: function hitLinks() {\n var _this3 = this;\n var btns = [];\n if (!(this.props.imported_xml || this.props.non_parse_seqids)) {\n btns = btns.concat([this.viewSequenceButton(), this.downloadFASTAButton()]);\n }\n btns.push(this.downloadAlignmentButton());\n this.hit_buttons.buttons().forEach(function (button) {\n btns.push(button);\n });\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"hit-links\",\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"label\", {\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"input\", {\n type: \"checkbox\",\n id: this.domID() + '_checkbox',\n value: this.sequenceID(),\n onChange: function () {\n this.props.selectHit(this.domID() + '_checkbox');\n this.props.onChange();\n }.bind(this),\n \"data-target\": '#' + this.domID()\n }), \" Select\"]\n }), btns.map(function (btn, index) {\n return [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"span\", {\n className: \"line\",\n children: \"|\"\n }, \"btn-\".concat(index)), _this3.button(Object.assign(btn, {\n key: index\n }))];\n }), this.props.hit.links.map(function (link, index) {\n return [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"span\", {\n className: \"line\",\n children: \"|\"\n }, \"link-\".concat(index)), _this3.a(link, index)];\n })]\n });\n }\n\n // Return JSX for view sequence button.\n }, {\n key: \"viewSequenceButton\",\n value: function viewSequenceButton() {\n var _this4 = this;\n if (this.hitLength() > 10000) {\n return {\n text: 'Sequence',\n icon: 'fa-eye',\n className: 'view-sequence',\n title: 'Sequence too long'\n };\n } else {\n return {\n text: 'Sequence',\n icon: 'fa-eye',\n className: 'view-sequence',\n onClick: function onClick() {\n return _this4.showSequenceViewer();\n }\n };\n }\n }\n }, {\n key: \"downloadFASTAButton\",\n value: function downloadFASTAButton() {\n var _this5 = this;\n return {\n text: 'FASTA',\n icon: 'fa-download',\n className: 'download-fa',\n onClick: function onClick() {\n return _this5.downloadFASTA();\n }\n };\n }\n }, {\n key: \"downloadAlignmentButton\",\n value: function downloadAlignmentButton() {\n var _this6 = this;\n return {\n text: 'Alignment',\n icon: 'fa-download',\n className: 'download-aln',\n onClick: function onClick() {\n return _this6.downloadAlignment();\n }\n };\n }\n }, {\n key: \"button\",\n value: function button(_ref) {\n var text = _ref.text,\n icon = _ref.icon,\n title = _ref.title,\n className = _ref.className,\n onClick = _ref.onClick,\n key = _ref.key;\n if (onClick) {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"button\", {\n className: \"btn-link \".concat(className),\n title: title,\n onClick: onClick,\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa \".concat(icon)\n }), \" \", text]\n }, key);\n } else {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"button\", {\n className: \"btn-link view-sequence disabled\",\n title: title,\n disabled: true,\n children: [/*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"i\", {\n className: \"fa \".concat(icon)\n }), \" \", text]\n }, key);\n }\n }\n\n /**\n * Render URL for sequence-viewer.\n */\n }, {\n key: \"a\",\n value: function a(link, key) {\n if (!link.title || !link.url) return;\n var className = 'btn btn-link';\n if (link[\"class\"]) className = \"\".concat(className, \" \").concat(link[\"class\"]);\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"a\", {\n href: link.url,\n className: className,\n target: \"_blank\",\n children: [link.icon && /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsx)(\"i\", {\n className: 'fa ' + link.icon\n }), ' ' + link.title + ' ']\n }, \"\".concat(link.url, \"-\").concat(key));\n }\n }, {\n key: \"render\",\n value: function render() {\n return /*#__PURE__*/(0,react_jsx_runtime__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_6__.jsxs)(\"div\", {\n className: \"hit\",\n id: this.domID(),\n \"data-hit-def\": this.props.hit.id,\n \"data-hit-len\": this.props.hit.length,\n \"data-hit-evalue\": this.props.hit.evalue,\n children: [this.headerJSX(), \" \", this.contentJSX()]\n });\n }\n }]);\n}(react__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__.Component);\n\n\n//# sourceURL=webpack://SequenceServer/./public/js/hit.js?"); - -/***/ }), - -/***/ "./public/js/hits_overview.js": -/*!************************************!*\ - !*** ./public/js/hits_overview.js ***! - \************************************/ -/***/ ((__unused_webpack_module, __webpack_exports__, __webpack_require__) => { - -"use strict"; -eval("__webpack_require__.r(__webpack_exports__);\n/* harmony export */ __webpack_require__.d(__webpack_exports__, {\n/* harmony export */ \"default\": () => (__WEBPACK_DEFAULT_EXPORT__)\n/* harmony export */ });\n/* harmony import */ var d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__ = __webpack_require__(/*! d3 */ \"./node_modules/d3/d3.js\");\n/* harmony import */ var d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0___default = /*#__PURE__*/__webpack_require__.n(d3__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_0__);\n/* harmony import */ var underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__ = __webpack_require__(/*! underscore */ \"./node_modules/underscore/modules/index-all.js\");\n/* harmony import */ var grapher__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_2__ = __webpack_require__(/*! grapher */ \"./public/js/grapher.js\");\n/* harmony import */ var _visualisation_helpers__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_3__ = __webpack_require__(/*! ./visualisation_helpers */ \"./public/js/visualisation_helpers.js\");\n/* harmony import */ var _utils__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_4__ = __webpack_require__(/*! ./utils */ \"./public/js/utils.js\");\n/* provided dependency */ var $ = __webpack_require__(/*! jquery */ \"./node_modules/jquery/dist/jquery.js\");\nfunction _classCallCheck(instance, Constructor) { if (!(instance instanceof Constructor)) { throw new TypeError(\"Cannot call a class as a function\"); } }\nfunction _defineProperties(target, props) { for (var i = 0; i < props.length; i++) { var descriptor = props[i]; descriptor.enumerable = descriptor.enumerable || false; descriptor.configurable = true; if (\"value\" in descriptor) descriptor.writable = true; Object.defineProperty(target, descriptor.key, descriptor); } }\nfunction _createClass(Constructor, protoProps, staticProps) { if (protoProps) _defineProperties(Constructor.prototype, protoProps); if (staticProps) _defineProperties(Constructor, staticProps); Object.defineProperty(Constructor, \"prototype\", { writable: false }); return Constructor; }\n\n\n\n\n\nvar Graph = /*#__PURE__*/function () {\n function Graph($svgContainer, props) {\n _classCallCheck(this, Graph);\n this.svg_container = $svgContainer;\n var $queryDiv = $svgContainer.parents('.resultn');\n var hits = this.extractData(props.query.hits, props.query.number);\n this.graphIt($queryDiv, $svgContainer, 0, 20, null, hits);\n }\n return _createClass(Graph, [{\n key: \"extractData\",\n value: function extractData(query_hits, number) {\n var hits = [];\n query_hits.map(function (hit) {\n var _hsps = [];\n var hsps = hit.hsps;\n underscore__WEBPACK_IMPORTED_MODULE_1__[\"default\"].each(hsps, function (hsp) {\n var _hsp = {};\n _hsp.hspEvalue = hsp.evalue;\n _hsp.hspStart = hsp.qstart;\n _hsp.hspEnd = hsp.qend;\n _hsp.hspFrame = hsp.sframe;\n _hsp.hspId = 'Query_' + number + '_hit_' + hit.number + '_hsp_' + hsp.number;\n _hsp.hspIdentity = hsp.identity;\n _hsp.hspGaps = hsp.gaps;\n _hsp.hspPositives = hsp.positives;\n _hsp.hspLength = hsp.length;\n _hsps.push(_hsp);\n });\n _hsps.hitId = hit.id;\n _hsps.hitDef = 'Query_' + number + '_hit_' + hit.number;\n _hsps.hitEvalue = hit.hsps[0].evalue;\n hits.push(_hsps);\n });\n return hits;\n }\n }, {\n key: \"setupTooltip\",\n value: function setupTooltip() {\n this.svg_container.find('[data-toggle=\"tooltip\"]').tooltip({\n 'placement': 'top',\n 'container': 'body',\n 'html': 'true',\n 'delay': 0,\n 'white-space': 'nowrap'\n });\n }\n }, {\n key: \"setupClick\",\n value: function setupClick($graphDiv) {\n $('a', $graphDiv).click(function (evt) {\n evt.preventDefault();\n evt.stopPropagation();\n window.location.hash = $(this).attr('href');\n });\n }\n }, {\n key: \"graphControls\",\n value: function graphControls($queryDiv, $graphDiv, isInit, opts, hits) {\n var MIN_HITS_TO_SHOW = 20;\n var totalHits, shownHits, lessButton, moreButton;\n var countHits = function countHits() {\n totalHits = hits.length;\n shownHits = $queryDiv.find('.ghit > g').length;\n };\n var setupButtons = function setupButtons($queryDiv, $graphDiv) {\n $graphDiv.append($('