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README.Rmd
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README.Rmd
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output: github_document
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<!-- README.md is generated from README.Rmd. Please edit that file -->
```{r, include = FALSE}
knitr::opts_chunk$set(
collapse = TRUE,
comment = "#>",
fig.path = "man/figures/README-",
out.width = "100%"
)
```
# SeuratExplorer
<!-- badges: start -->
[![Lifecycle: experimental](https://img.shields.io/badge/lifecycle-experimental-orange.svg)](https://lifecycle.r-lib.org/articles/stages.html#experimental)
<!-- badges: end -->
## 为什么做这个R包
> 目前还没有很好的用于可视化Seurat分析结果的工具,当生物信息分析员将结果交给用户后,用户如果没有任何R语言基础,还是比较难去自行进行结果检索和再分析,这个R包可以帮助此类用户进行交互,实现分析结果的可视化,方便用户自行出图。用户仅需要在自己电脑上配置好R和Rstudio,然后安装运行此软件即可,无需其他操作。
> **本质上就是把R包``Seurat``里的部分绘图工具和差异分析工具进行可视化!**
> 此R包参考了开源程序[Hla-Lab/SeuratExplorer](https://github.com/rwcrocker/SeuratExplorer/).
> An interactive R shiny application for exploring scRNAseq data processed in Seurat
## A Live Demo
Support Rds file size no more than 5GB. [Open](http://www.nibs.ac.cn:666/SeuratExplorer/)
## Installation
You can install the development version of ``SeuratExplorer`` like so:
```{r eval=FALSE}
if(!require(devtools)){install.packages("devtools")}
install_github("fentouxungui/SeuratExplorer")
```
**建议将各个软件包升级到最新版本!否则可能出现兼容问题**
Run App:
```{r eval=FALSE}
library(SeuratExplorer)
launchSeuratExplorer()
```
## Functions
### Load data
- support data processed by Seurat V5 and older versions. it may takes a while for loading data.
```{r echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/loading-before.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/loading-after.png")
```
### Cell Meta
- 支持下载cell meta信息,可用于统计特定分辨率下的细胞比例。
```{r echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/cell-metadata.png")
```
### Dimplot
- 支持选择Dimension Reductions
- 支持选择不同的细胞分群方案
- 支持split
- 支持调整图像长宽比
- 支持是否显示cluster label
- 支持调整label大小
- 支持调整点的大小
- 支持pdf下载,所见即所得
Example plots:
```{r echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/dimplot.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Dimplot-splited.png")
```
### FeaturePlot
- 支持输入多个基因名,以空格分割,基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因!
- 支持选择Dimension Reductions
- 支持split
- 支持自定义最大和最小表达值对应的颜色
- 支持调整图像长宽比
- 支持调整点的大小
- 支持pdf下载,所见即所得
```{r echo = FALSE, message=FALSE, warning=FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/featureplot-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/featureplot-1-with-label.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Featureplot-split.png")
```
### VlnPlot
- 支持输入多个基因名,以空格分割,基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因!
- 支持选择不同的细胞分群方案
- 支持split
- 支持stack和flip图像, 和指定颜色的映射
- 支持自定义最大和最小表达值对应的颜色
- 支持调整点的大小
- 支持调整x轴和y轴label的字体大小
- 支持调整图像长宽比
- 支持pdf下载,所见即所得
```{r echo = FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Vlnplot-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Vlnplot-2.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/vlnplot-splited-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/vlnplot-splited-2.png")
```
### DotPlot
- 支持输入多个基因名,以空格分割,基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因!
- 支持选择不同的细胞分群方案和指定所使用的clusters
- 支持split
- 支持对cluster/idents进行聚类
- 支持旋转坐标轴lable和旋转整个图像
- 支持调整点的大小和透明度
- 支持调整x轴和y轴label的字体大小
- 支持调整图像长宽比
- 支持pdf下载,所见即所得
```{r echo = FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Dotplot-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/dotplot-splited-1.png")
```
### DoHeatmap
- 支持输入多个基因名,以空格分割,基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因!
- 支持选择不同的细胞分群方案
- 支持调整cluster label的大小、xy轴的位置和旋转角度
- 支持调整Group bar的高度
- 支持调整Group间的间隙大小
- 支持调整基因名的字体大小
- 支持调整图像长宽比
- 支持pdf下载,所见即所得
```{r echo = FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Heatmap-1.png")
```
### RidgePlot
- 支持输入多个基因名,以空格分割,基因名可不区分大小写。支持从excel拷贝多个基因!
- 支持选择不同的细胞分群方案
- 支持调整列的数目
- 支持Stack和指定颜色的映射
- 支持调整x轴和y轴label的字体大小
- 支持调整图像长宽比
- 支持pdf下载,所见即所得
```{r echo = FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/ridgeplot-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Ridgeplot-2.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/Ridgeplot-3.png")
```
### DEGs Analysis
- 支持同时计算所有群的marker基因
- 支持计算指定群之间的差异基因
- 支持先做subset,再计算指定群之间的差异基因
- 支持自定义部分计算参数
- 支持结果下载
```{r echo = FALSE}
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/DEGs-1.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/DEGs-2.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/DEGs-3.png")
knitr::include_graphics("inst/extdata/www/DEGs-4.png")
```
## Session Info
```{r echo = FALSE}
sessionInfo()
```