Biobanks SIO

Semantic model figure

---

Example rdf (turtle)

@prefix : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/example-rdf/> .
@prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> . 
@prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> .

:person_ a sio:SIO_000498 ;
    sio:SIO_000228 :role_1.
    
 :role_1 a obo:OBI_0000093 ;
    sio:SIO_000356 :sample_collection_process_ .

:sample_collection_process_ a obo:OBI_0000659;
  sio:SIO_000229 :specimen_ .    

:specimen_ a sio:SIO_010412 .

:biobank_ a obo:OMIABIS_0000010 ;
  dc:title "UK BioBank"^^xsd:string ;
  sio:SIO_000228 :role_2 .
  
:role_2 a obo:OBI_0000947 ;
  sio:SIO_000356 :sample_storing_process_ .
  
:sample_storing_process_ a obo:ICO_0000060;
  sio:SIO_000230 :specimen_.

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Validation artifacts

ShEx figure

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ShEx

PREFIX : <http://purl.org/ejp-rd/cde/v020/shex/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> 
PREFIX sio: <http://semanticscience.org/resource/>
PREFIX xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>

:personShape IRI { 
  a [sio:SIO_000498];
  sio:SIO_000228 @:roleShape
}

:roleShape IRI {
  a [obo:OBI_0000093];
  sio:SIO_000356 @:samplingCollectionShape
}

:samplingCollectionShape IRI {
  a [obo:OBI_0000659];
  sio:SIO_000229 @:specimenShape
}

:specimenShape IRI {
  a [sio:SIO_010412] 
}

:biobankShape IRI {
  a [obo:OMIABIS_0000010] ;
  dc:title xsd:string;
  sio:SIO_000228 @:biobankRoleShape
}

:biobankRoleShape IRI {
  a [obo:OBI_0000947];
  sio:SIO_000356 @:samplingStorageShape
}

:samplingStorageShape IRI {
  a [obo:ICO_0000060];
  sio:SIO_000230 @:specimenShape
}