From 2f0523508ece29c6db23d6e87a3b50efc9bef40c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Danny Park Date: Wed, 20 May 2020 22:25:12 -0400 Subject: [PATCH 1/5] tweak preemptible setting in runtimes --- pipes/WDL/tasks/tasks_ncbi.wdl | 3 +-- 1 file changed, 1 insertion(+), 2 deletions(-) diff --git a/pipes/WDL/tasks/tasks_ncbi.wdl b/pipes/WDL/tasks/tasks_ncbi.wdl index 9aff75059..653ed476c 100644 --- a/pipes/WDL/tasks/tasks_ncbi.wdl +++ b/pipes/WDL/tasks/tasks_ncbi.wdl @@ -195,7 +195,7 @@ task align_and_annot_transfer_single { memory: "15 GB" cpu: 4 dx_instance_type: "mem2_ssd1_v2_x4" - preemptible: 2 + preemptible: 1 } } @@ -231,7 +231,6 @@ task biosample_to_genbank { memory: "1 GB" cpu: 1 dx_instance_type: "mem1_ssd1_v2_x2" - preemptible: 1 } } From a6f3e4232158ab8b6c613d2c3f4886d0c1ac6a1d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Danny Park Date: Thu, 21 May 2020 07:22:10 -0400 Subject: [PATCH 2/5] add sc2 test inputs --- test/input/MA_MGH_00003.fasta | 499 +++++++++++++++ test/input/MA_MGH_00004.fasta | 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file mode 120000 index cd347e15e..000000000 --- a/test/input/WDL/cromwell-local/test_inputs-genbank-local.json +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -../test_inputs-genbank-local.json \ No newline at end of file diff --git a/test/input/WDL/cromwell-local/test_inputs-genbank-local.json b/test/input/WDL/cromwell-local/test_inputs-genbank-local.json new file mode 100644 index 000000000..d3552ba69 --- /dev/null +++ b/test/input/WDL/cromwell-local/test_inputs-genbank-local.json @@ -0,0 +1,24 @@ +{ + "genbank.molType": "cRNA", + "genbank.coverage_table": "test/input/genbank/coverage-ma_mgh.txt", + "genbank.reference_feature_tables": [ + "test/input/genbank/MN908947.3.tbl" + ], + "genbank.organism": "Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2", + "genbank.sequencingTech": "Illumina NovaSeq", + "genbank.taxid": 2697049, + "genbank.biosample_attributes": "test/input/genbank/sars-cov-2_attributes_updated.txt", + "genbank.prep_genbank.assembly_method": "placeholder assembly software", + 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0.229841723 +MA_MGH_00525 583.5348767 +MA_MGH_00526 +MA_MGH_00527 0.007039063 +MA_MGH_00528 176.0366945 +MA_MGH_00529 1.143499273 +MA_MGH_00530 84.50432712 +MA_MGH_00531 13.97798171 +MA_MGH_00532 18.26299509 +MA_MGH_00533 397.1743952 +MA_MGH_00534 1 +MA_MGH_00535 +MA_MGH_00536 +MA_MGH_00537 56.993631 +MA_MGH_00538 148.3030262 +MA_MGH_00539 12.05367933 +MA_MGH_00540 0.281136495 +MA_MGH_00541 4551.511214 +MA_MGH_00542 27.25810888 +MA_MGH_00543 +MA_MGH_00544 34.65643123 +MA_MGH_00545 0.02323887 +MA_MGH_00546 12.15718749 +MA_MGH_00547 +MA_MGH_00548 9.69073757 +MA_MGH_00549 +MA_MGH_00550 +MA_MGH_00551 1510.718103 +MA_MGH_00552 58.68360711 +MA_MGH_00553 1128.5789 +MA_MGH_00554 5315.638848 +MA_MGH_00555 586.124104 +MA_MGH_00556 16.91921192 +MA_MGH_00557 5644.836878 +MA_MGH_00558 2932.957324 +MA_MGH_00559 0.017524581 +MA_MGH_00560 +MA_MGH_00561 4.639371353 +MA_MGH_00562 2566.104179 +MA_MGH_00563 638.2282863 +MA_MGH_00564 4609.250512 +MA_MGH_00565 78.4086974 +MA_MGH_00566 150.3965078 +MA_MGH_00567 75.9998323 +MA_MGH_00568 1862.486928 +MA_MGH_00569 960.307012 +MA_MGH_00570 2317.514582 +MA_MGH_00571 47.81446066 +MA_MGH_00572 +MA_MGH_00573 0.100320905 +MA_MGH_00574 0.033699118 +MA_MGH_00575 3847.246837 +MA_MGH_00576 128.5986994 +MA_MGH_00577 +MA_MGH_00578 0.203577727 +MA_MGH_00579 39.97599168 +MA_MGH_00580 52.31318516 +MA_MGH_00581 314.0379925 +MA_MGH_00582 23.94181952 +MA_MGH_00583 2039.331648 +MA_MGH_00584 0.114990512 +MA_MGH_00585 12.4851648 +MA_MGH_00586 +MA_MGH_00587 +MA_MGH_00588 25.79415911 +MA_MGH_00589 3.051184032 +MA_MGH_00590 +MA_MGH_00591 +MA_MGH_00592 104.3508713 +MA_MGH_00593 0 +MA_MGH_00594 2.007952286 +MA_MGH_00595 983.0360001 +MA_MGH_00596 0.010668263 +MA_MGH_00597 4207.137331 +MA_MGH_00598 52.53747862 +MA_MGH_00599 +MA_MGH_00600 818.527456 +MA_MGH_00601 0.072354753 +MA_MGH_00602 118.6028958 +MA_MGH_00603 2268.753749 +MA_MGH_00604 69.66101127 +MA_MGH_00605 0 +MA_MGH_00606 0.190836089 +MA_MGH_00607 0.391955607 +MA_MGH_00608 0.069872017 +MA_MGH_00609 3.739982431 +MA_MGH_00610 +MA_MGH_00611 2376.033965 +MA_MGH_00612 5986.332211 +MA_MGH_00613 2523.089619 +MA_MGH_00614 89.26817253 +MA_MGH_00615 17.59378878 +MA_MGH_00616 0.012256786 +MA_MGH_00617 8.669659068 +MA_MGH_00618 2.97328668 +MA_MGH_00619 +MA_MGH_00620 11.4900827 +MA_MGH_00621 +MA_MGH_00622 4182.030299 +MA_MGH_00623 0.033382912 +MA_MGH_00624 0.233763991 +MA_MGH_00625 0.358668575 +MA_MGH_00626 +MA_MGH_00627 2450.087862 +MA_MGH_00628 1113.871124 +MA_MGH_00630 3.344528747 +MA_MGH_00631 0 +MA_MGH_00632 0 +MA_MGH_00633 1332.82262 +MA_MGH_00634 2.701624765 +MA_MGH_00635 810.8206811 +MA_MGH_00636 0.086753197 +MA_MGH_00637 2815.496719 +MA_MGH_00638 0.039647577 +MA_MGH_00639 2139.038129 +MA_MGH_00640 0.043078017 +MA_MGH_00641 0.824755193 +MA_MGH_00642 2143.677677 +MA_MGH_00643 4.459431264 +MA_MGH_00644 10.84447508 +MA_MGH_00645 377.2822127 +MA_MGH_00646 414.9023712 +MA_MGH_00647 3.147857696 +MA_MGH_00648 314.2064369 +MA_MGH_00649 47.68334786 +MA_MGH_00650 85.48237029 +MA_MGH_00651 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deletion(-) diff --git a/requirements-modules.txt b/requirements-modules.txt index 486f5eaa5..840cd933c 100644 --- a/requirements-modules.txt +++ b/requirements-modules.txt @@ -1,7 +1,7 @@ broadinstitute/viral-core=2.0.21 broadinstitute/viral-assemble=2.0.21.0 broadinstitute/viral-classify=2.0.21.3 -broadinstitute/viral-phylo=2.0.21.4 +broadinstitute/viral-phylo=2.0.21.4-rc6 broadinstitute/beast-beagle-cuda=1.10.5 nextstrain/base=build-20200506T095107Z andersenlabapps/ivar=1.2.1 From ece288f6795a618b375dc072ad10d5c5c672c994 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: cmloreth <63110916+cmloreth@users.noreply.github.com> Date: Thu, 21 May 2020 08:13:02 -0400 Subject: [PATCH 4/5] Update ncbi_submission.rst --- docs/ncbi_submission.rst | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/docs/ncbi_submission.rst b/docs/ncbi_submission.rst index 9ad724275..646816303 100644 --- a/docs/ncbi_submission.rst +++ b/docs/ncbi_submission.rst @@ -20,7 +20,7 @@ Register your BioSamples #. Follow template instructions to fill in the sheet. Pay particular attention to the Excel comments that are attached to each column header: they describe the intended content for these columns, the valid formatting, and controlled vocabulary. a. For example, "organism" should always match the long name that is given by the NCBI Taxonomy database for that species. - b. Date fields seem to have multiple acceptable formats, but we prefer ISO8601 (YYYY-MM-DD) just to reduce ambiguity. + b. Date fields seem to have multiple acceptable formats, but we prefer ISO8601 (YYYY-MM-DD) just to reduce ambiguity. Note that this format will trigger a warning when uploading, if you don't have HH:MM time values as well (it will suggest an edit for you). c. You will likely need to duplicate your sample_name to the host_subject_id column (or something like it)--if you do not, then any samples that happen to have the same attribute values will trigger an error when trying to register new BioSamples because they look like duplicates. Assuming that your sample_names are one-to-one corresponding to a human patient, host_subject_id is probably the most appropriate place to duplicate the value in order to make all entries unique. d. Populate the isolate column using the naming convention you want to apply to this organism (most viral species have a specific, structured naming convention you should follow). Our workflow will re-use this value for the Genbank record name. From f83d95768947d54fb49e37bb1004813bc250d081 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Danny Park Date: Thu, 21 May 2020 09:10:02 -0400 Subject: [PATCH 5/5] upstream viral-phylo tagged release --- requirements-modules.txt | 2 +- 1 file changed, 1 insertion(+), 1 deletion(-) diff --git a/requirements-modules.txt b/requirements-modules.txt index 840cd933c..26bead7b1 100644 --- a/requirements-modules.txt +++ b/requirements-modules.txt @@ -1,7 +1,7 @@ broadinstitute/viral-core=2.0.21 broadinstitute/viral-assemble=2.0.21.0 broadinstitute/viral-classify=2.0.21.3 -broadinstitute/viral-phylo=2.0.21.4-rc6 +broadinstitute/viral-phylo=2.0.21.5 broadinstitute/beast-beagle-cuda=1.10.5 nextstrain/base=build-20200506T095107Z andersenlabapps/ivar=1.2.1