运行pipeline java报错，是需要fastq文件内容或者gtf内容有要求

[DooYal]

报错log如下
Exception in thread "main" java.lang.StringIndexOutOfBoundsException: Range [2, 150) out of bounds for length 141
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions$1.apply(Preconditions.java:55)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions$1.apply(Preconditions.java:52)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions$4.apply(Preconditions.java:213)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions$4.apply(Preconditions.java:210)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBounds(Preconditions.java:98)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.outOfBoundsCheckFromToIndex(Preconditions.java:112)
at java.base/jdk.internal.util.Preconditions.checkFromToIndex(Preconditions.java:349)
at java.base/java.lang.String.checkBoundsBeginEnd(String.java:4865)
at java.base/java.lang.String.substring(String.java:2834)
at index_head_finder_more.(index_head_finder_more.java:45)
at RO1_single.getro1(RO1_single.java:81)
at CIRI_Full2.main(CIRI_Full2.java:228)

#输入命令
java -jar ~/program/CIRI-full/bin/CIRI-Full_v2.1.2.jar Pipeline -1 $out_prefix.rmrrna.fastq.1.gz -2 $out_prefix.rmrrna.fastq.2.gz
-d $out_prefix.cirifull/ -o $sample
-r $ref_fas -a $ref_gtf -t 4
#参考序列为GRCh38.p14.fasta，gtf为GENECODE.v44.annotation.gtf

[Kevinzjy]

CIRI-full不支持trim之后的fastq，需要改成原始的pe150 reads

[DooYal]

CIRI-full不支持trim之后的fastq，需要改成原始的pe150 reads
好的，谢谢，再想请教一下，如果是ribo-profiling常用的单端测序也不能用CIRI-full了吧

[Kevinzjy]

好的，谢谢，再想请教一下，如果是ribo-profiling常用的单端测序也不能用CIRI-full了吧

是的，CIRI-full不支持单端数据。可以直接用我们的CIRI2工具预测环形RNA，但是没法预测环形RNA的内部结构

[DooYal]

好的，谢谢，再想请教一下，如果是ribo-profiling常用的单端测序也不能用CIRI-full了吧

是的，CIRI-full不支持单端数据。可以直接用我们的CIRI2工具预测环形RNA，但是没法预测环形RNA的内部结构

好的，多谢指教

[DooYal]

老师，您好，我之前还发邮件问赵老师关于注释正负链矛盾的问题，但是至今

好的，谢谢，再想请教一下，如果是ribo-profiling常用的单端测序也不能用CIRI-full了吧

是的，CIRI-full不支持单端数据。可以直接用我们的CIRI2工具预测环形RNA，但是没法预测环形RNA的内部结构

老师，您好，我之前还发邮件问赵老师关于注释正负链矛盾的问题，但是至今没回复，所以想在这里请教您一下这个问题，

[Kevinzjy]

网页上提供的序列可能有误，一般按照软件给出的链信息为准

[DooYal]

网页上提供的序列可能有误，一般按照软件给出的链信息为准

好的，谢谢