README.md

Training/Validation Data

Running command below will launch training and validation based on config files

python -m adpkd_segmentation.train --config --config path_to_config_yaml --makelinks

Note: Data source path can be changed in adpkd_segmentation/data/data_config.py

Overview of dataprocessing

• Dicom files are annotated in ITK-Snap with masks saved as Untitled.nii.gz. Unprocessed files are stored in data/unprocessed.
• Unprocessed files are processed using adpkd_segmentation/process_nifti.py. Processed files are stored in data/processed.
• Path to processed data is defined in adpkd_segmentation/data/data_config.py

.
├── processed # Format used for model training
│   └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA 
│       ├── DICOM_anon
│       │   ├── 00001.dcm
│       │   ├── 00002.dcm
│       │   ├── 00003.dcm
│       │   ├── 00004.dcm
│       │   ├── 00005.dcm
│       │   ├── 00006.dcm
│       │   ├── 00007.dcm
│       │   ├── 00008.dcm
│       │   ├── 00009.dcm
│       │   ├── 00010.dcm
│       │   ├── 00011.dcm
│       │   ├── 00012.dcm
│       │   ├── 00013.dcm
│       │   ├── 00014.dcm
│       │   ├── 00015.dcm
│       │   └── 00016.dcm
│       ├── Ground
│       │   ├── 00001.png
│       │   ├── 00002.png
│       │   ├── 00003.png
│       │   ├── 00004.png
│       │   ├── 00005.png
│       │   ├── 00006.png
│       │   ├── 00007.png
│       │   ├── 00008.png
│       │   ├── 00009.png
│       │   ├── 00010.png
│       │   ├── 00011.png
│       │   ├── 00012.png
│       │   ├── 00013.png
│       │   ├── 00014.png
│       │   ├── 00015.png
│       │   └── 00016.png
│       └── Nifti
│           └── Untitled.nii.gz
│
└── unprocessed  # Format generated by ITK-Snap 
    └── ADPKD-EXAM__AXL-FIESTA  
        └── DICOM_anon
            ├── 00001.dcm
            ├── 00002.dcm
            ├── 00003.dcm
            ├── 00004.dcm
            ├── 00005.dcm
            ├── 00006.dcm
            ├── 00007.dcm
            ├── 00008.dcm
            ├── 00009.dcm
            ├── 00010.dcm
            ├── 00011.dcm
            ├── 00012.dcm
            ├── 00013.dcm
            ├── 00014.dcm
            ├── 00015.dcm
            ├── 00016.dcm
            └── Untitled.nii.gz