article4report.Rmd

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title: "空间广义线性模型"
subtitle: "代码实现"
author: "黄湘云"
date: "2018年3月"
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

# 模型形式

## 贝叶斯框架

分层多水平模型

### 泊松

### 二项

# 程序实现

## PrevMap 包

[@PrevMap2017JSS] 将 MCML 和 MCMC 方法应用于空间广义线性混合效应模型的参数估计和预测，

## geoR 与 geoRglm 包

## Stan 框架

[Stan](http://mc-stan.org/) 是一种概率编程语言[@Stan2017JSS]，可以替代 BUGS ( **B**ayesian inference **U**sing **G**ibbs **S**ampling ) [@BUGS] 作为 MCMC 的高效实现，可用于贝叶斯框架下，标准地统计模型的参数估计，Stan 提供多种语言的接口实现，方便起见，本文采用它提供的 R 语言接口 -- rstan 包 [@RStan]。  　 

```r
suppressPackageStartupMessages(library(rstan))
```


## PyMC 框架

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## CUDA 框架

基于 GPU 加速是一个不错的选择， Stan 开发者也把 GPU 加速列入开发日程。scikit-cuda [@scikitcuda2015] ArrayFire [@ArrayFire2015] 等基于 CUDA 开发的通用加速框架获得越来越多的关注。

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

## R 进程信息

```{r}
sessionInfo()
```

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# (APPENDIX) Appendix {-}

# 算法细节

主要基于 Stan 框架实现

```r
library(rstan)
```

## 两个证明

渐进正态性和相合性

## 符号约定 

斜体用于扩展包和框架，如 *knitr*、*PrevMap*、*CUDA*、*Stan* 等，粗体用于软件，如 **R**、**Python** 等，等宽体用于代码和代码块。

> 可能由于**Pandoc**转化不当， *knitr* 出来的 PDF 文档，其目录中参考文献是英文 Bibliography，因此需要手动修改 tex 文件的倒数第二行，将 bibname 改为 refname，然后在 **R** 控制台执行 `tinytex::xelatex(file = 'draft4report.tex')` 。

\cleardoublepage