A função drop irá apagar completamente a coleção eliminando ela do nosso database, como visto abaixo:
suissacorp(mongod-2.4.8) be-mean> show collections
system.indexes
teste
suissacorp(mongod-2.4.8) be-mean> db.teste.drop()
true
suissacorp(mongod-2.4.8) be-mean> show collections
system.indexes