R语言28-R语法: 程序优化

[SiYangming]

https://siyangming.github.io/blogs/R_28-R_program_design/

编写R代码

使用文本文件或编辑器 Always use text files / text editor
适当的缩进
限制代码的宽度
限制自定义函数的长度

缩进

缩进提高代码的可读性
限制代码的长度，避免过多的嵌套和太长的函数
最少缩进4个空格，8个更完美

程序设计

检查程序代码不同部分的执行时间对于代码优化很有用。
通常代码运行一次会表现良好，但如果你将其放如1000次循环中，运行效率是否受到影响，这时分析运行时间很有用。

优化代码

影响代码执行速度的最大因素是代码花费最多时间的部分
不通过程序执行时间分析很难完成

We should forget about small efficiencies, say about 97% of the time: premature optimization is the root of all evil（过早最优化是万恶的根源）

–Donald Knuth

优化的一般目标

先设计后优化
过早优化是万恶的根源
操作（收集数据），不要猜测
科学家的基本素养

使用 system.time()

接收任意R表达是作为输入，返回运行该表达式所需要的时间
计算执行表达所需要的时间（秒）

  如果有错误，返回报错前的时间

返回 proc_time 类的对象

  user time: CPU时间
  elapsed time: 总流逝时间

对于直接的计算任务，user time和elapsed time很接近
如果CPU花费大量的等待时间，elapsed time会比user time大很多
如果机器拥有多线程elapsted time会比user time小很多

  多线程BLAS库 (vecLib/Accelerate, ATLAS, ACML, MKL)
  多线程包parallel 

system.time(readLines(