-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 0
/
heatmap_script.R
144 lines (143 loc) · 13.5 KB
/
heatmap_script.R
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
library(ape)
library(phytools)
library(RColorBrewer)
setwd("C:/Users/barabi/Desktop")
tree_319 <- read.tree("320_nodulating_bacteria.nwk")
tree_98 <- read.tree("98_nodulating_species_tree.nwk")
plot(tree_97, cex = 0.3)
data_319 <- read.csv2("Nodulation_Matrix.csv", row.names = species_319)
data_98 <- read.csv2("98_species_nodulation_matrix.csv", row.names = species_98)
species_319 <- c("Ensifer_adhaerens", "Ensifer_sojae", "Ensifer_alkalisoli", "Ensifer_aridi", "Ensifer_glycinis",
"Phyllobacterium_sophorae", "Phyllobacterium_brassicacearum", "Phyllobacterium_salinisoli",
"Phyllobacterium_zundukense", "Methylobacterium_currus", "Methylobacterium_gossipiicola",
"Methylobacterium_indicum", "Methylobacterium_nodulans", "Methylobacterium_oryzae",
"Methylobacterium_phyllostachyos", "Methylobacterium_platani", "Methylobacterium_pseudosasicola",
"Methylobacterium_radiotolerans", "Bosea_vaviloviae", "Microvirga_lotononidis",
"Microvirga_massiliensis", "Microvirga_vignae", "Burkholderia_dabaoshanensis",
"Burkholderia_gladioli", "Burkholderia_glumae", "Burkholderia_insecticola",
"Burkholderia_novacaledonica", "Burkholderia_plantarii", "Burkholderia_cepacia",
"Burkholderia_cenocepacia", "Burkholderia_multivorans", "Burkholderia_ambifaria",
"Burkholderia_dolosa", "Burkholderia_lata", "Burkholderia_vietnamiensis", "Burkholderia_pyrrocinia",
"Burkholderia_catarinensis", "Burkholderia_puraquae", "Burkholderia_paludis",
"Burkholderia_metallica", "Burkholderia_stabilis", "Burkholderia_stagnalis",
"Burkholderia_seminalis", "Burkholderia_territorii", "Burkholderia_pseudomultivorans",
"Herbaspirillum_autotrophicum", "Herbaspirillum_hiltneri", "Herbaspirillum_rhizosphaerae",
"Herbaspirillum_seropedicae", "Cupriavidus_alkaliphilus", "Cupriavidus_basilensis",
"Cupriavidus_gilardii", "Cupriavidus_metallidurans", "Cupriavidus_necator",
"Cupriavidus_oxalaticus", "Cupriavidus_pauculus", "Cupriavidus_pinatubonensis",
"Cupriavidus_plantarum", "Cupriavidus_taiwanensis", "Klebsiella_aerogenes",
"Dichotomicrobium_thermohalophilum", "Hyphomicrobium_facile", "Methylorubrum_populi",
"Methylorubrum_salsuginis", "Methylorubrum_zatmanii", "Mycoplana_dimorpha",
"Caballeronia_arationis", "Caballeronia_arvi", "Caballeronia_calidae", "Caballeronia_choica",
"Caballeronia_concitans", "Caballeronia_cordobensis", "Caballeronia_fortuita",
"Caballeronia_glathei", "Caballeronia_glebae", "Caballeronia_grimmiae", "Caballeronia_hypogeia",
"Caballeronia_jiangsuensis", "Caballeronia_megalochromosomata", "Caballeronia_mineralivorans",
"Caballeronia_pedi", "Caballeronia_peredens", "Caballeronia_ptereochthonis",
"Caballeronia_sordidicola", "Caballeronia_temeraria", "Caballeronia_terrestris",
"Caballeronia_udeis", "Caballeronia_zhejiangensis", "Pandoraea_apista", "Pandoraea_norimbergensis",
"Pandoraea_oxalativorans", "Pandoraea_pnomenusa", "Pandoraea_pulmonicola", "Pandoraea_thiooxydans",
"Pandoraea_vervacti", "Paraburkholderia_acidipaludis", "Paraburkholderia_aromaticivorans",
"Paraburkholderia_aspalathi", "Paraburkholderia_bannensis", "Paraburkholderia_bryophila",
"Paraburkholderia_caballeronis", "Paraburkholderia_caffeinilytica", "Paraburkholderia_caledonica",
"Paraburkholderia_caribensis", "Paraburkholderia_caryophylli", "Paraburkholderia_diazotrophica",
"Paraburkholderia_dilworthii", "Paraburkholderia_endofungorum", "Paraburkholderia_ferrariae",
"Paraburkholderia_fungorum", "Paraburkholderia_ginsengisoli", "Paraburkholderia_ginsengiterrae",
"Paraburkholderia_graminis", "Paraburkholderia_heleia", "Paraburkholderia_hospita",
"Paraburkholderia_kururiensis", "Paraburkholderia_mimosarum", "Paraburkholderia_monticola",
"Paraburkholderia_nodosa", "Paraburkholderia_oxyphila", "Paraburkholderia_phenazinium",
"Paraburkholderia_phenoliruptrix", "Paraburkholderia_phosphatilytica", "Paraburkholderia_phymatum",
"Paraburkholderia_phytofirmans", "Paraburkholderia_rhizoxinica", "Paraburkholderia_rhynchosiae",
"Paraburkholderia_ribeironis", "Paraburkholderia_sacchari", "Paraburkholderia_sartisoli",
"Paraburkholderia_sprentiae", "Paraburkholderia_susongensis", "Paraburkholderia_symbiotica",
"Paraburkholderia_terrae", "Paraburkholderia_terricola", "Paraburkholderia_tropica",
"Paraburkholderia_tuberum", "Paraburkholderia_unamae", "Paucimonas_lemoignei", "Ralstonia_insidiosa",
"Ralstonia_mannitolilytica", "Ralstonia_pickettii", "Ralstonia_solanacearum", "Robbsia_andropogonis",
"Duganella_sacchari", "Duganella_zoogloeoides", "Glaciimonas_sp.", "Herminiimonas_arsenitoxidans",
"Janthinobacterium_agaricidamnosum", "Janthinobacterium_lividum", "Janthinobacterium_svalbardensis",
"Massilia_alkalitolerans", "Massilia_armeniaca", "Massilia_aurea", "Massilia_eurypsychrophila",
"Massilia_namucuonensis", "Massilia_niastensis", "Massilia_oculi", "Massilia_phosphatilytica",
"Massilia_psychrophila", "Massilia_putida", "Massilia_timonae", "Massilia_violaceinigra",
"Massilia_yuzhufengensis", "Noviherbaspirillum_autotrophicum", "Noviherbaspirillum_denitrificans",
"Noviherbaspirillum_humi", "Noviherbaspirillum_massiliense", "Pseudoduganella_violaceinigra",
"Solimicrobium_silvestre", "Novimethylophilus_kurashikiensis", "Azotobacter_beijerinckii",
"Azotobacter_chroococcum", "Azotobacter_vinelandii", "Rugamonas_rubra", "Pseudomonas_acidophila",
"Pseudomonas_jinjuensis", "Pseudomonas_mendocina", "Pseudomonas_furukawaii",
"Pseudomonas_resinovorans", "Pseudomonas_alcaliphila", "Pseudomonas_alkylphenolica",
"Pseudomonas_benzenivorans", "Pseudomonas_borbori", "Pseudomonas_capeferrum",
"Pseudomonas_chengduensis", "Pseudomonas_chlororaphis", "Pseudomonas_delhiensis",
"Pseudomonas_donghuensis", "Pseudomonas_entomophila", "Pseudomonas_flexibilis", "Pseudomonas_gingeri",
"Pseudomonas_guariconensis", "Pseudomonas_guguanensis", "Pseudomonas_indica", "Pseudomonas_jessenii",
"Pseudomonas_knackmussii", "Pseudomonas_kunmingensis", "Pseudomonas_linyingensis",
"Pseudomonas_oryzae", "Pseudomonas_panipatensis", "Pseudomonas_pelagia", "Pseudomonas_denitrificans",
"Pseudomonas_pohangensis", "Pseudomonas_mosselii", "Pseudomonas_plecoglossicida", "Pseudomonas_putida",
"Pseudomonas_reidholzensis", "Pseudomonas_sagittaria", "Pseudomonas_salegens",
"Pseudomonas_sihuiensis", "Pseudomonas_soli", "Pseudomonas_songnenensis", "Pseudomonas_stutzeri",
"Pseudomonas_xanthomarina", "Pseudomonas_taeanensis", "Pseudomonas_taiwanensis",
"Pseudomonas_toyotomiensis", "Pseudomonas_vranovensis", "Pseudomonas_zhaodongensis",
"Azorhizobium_caulinodans", "Bradyrhizobium_arachidis",
"Bradyrhizobium_canariense", "Bradyrhizobium_diazoefficiens", "Bradyrhizobium_elkanii",
"Bradyrhizobium_embrapense", "Bradyrhizobium_icense", "Bradyrhizobium_japonicum",
"Bradyrhizobium_jicamae", "Bradyrhizobium_lablabi", "Bradyrhizobium_liaoningense",
"Bradyrhizobium_manausense", "Bradyrhizobium_mercantei", "Bradyrhizobium_neotropicale",
"Bradyrhizobium_ottawaense", "Bradyrhizobium_paxllaeri", "Bradyrhizobium_retamae",
"Bradyrhizobium_shewense", "Bradyrhizobium_tropiciagri", "Bradyrhizobium_valentinum",
"Bradyrhizobium_viridifuturi", "Bradyrhizobium_yuanmingense", "Mesorhizobium_alhagi",
"Mesorhizobium_amorphae", "Mesorhizobium_australicum", "Mesorhizobium_ciceri_biovar_biserrulae",
"Mesorhizobium_erdmanii", "Mesorhizobium_hawassense", "Mesorhizobium_helmanticense",
"Mesorhizobium_huakuii", "Mesorhizobium_japonicum", "Mesorhizobium_kowhaii", "Mesorhizobium_loti",
"Mesorhizobium_mediterraneum", "Mesorhizobium_metallidurans", "Mesorhizobium_muleiense",
"Mesorhizobium_opportunistum", "Mesorhizobium_prunaredense", "Mesorhizobium_qingshengii",
"Mesorhizobium_sanjuanii", "Mesorhizobium_soli", "Mesorhizobium_sophorae",
"Mesorhizobium_tamadayense", "Mesorhizobium_temperatum", "Mesorhizobium_waimense",
"Mesorhizobium_wenxiniae", "Rhizobium_acidisoli", "Rhizobium_aegyptiacum",
"Rhizobium_alamii", "Rhizobium_altiplani", "Rhizobium_anhuiense", "Rhizobium_bangladeshense",
"Rhizobium_esperanzae", "Rhizobium_etli", "Rhizobium_freirei", "Rhizobium_gallicum",
"Rhizobium_giardinii_bv._giardinii", "Rhizobium_grahamii", "Rhizobium_hidalgonense",
"Rhizobium_jaguaris", "Rhizobium_laguerreae", "Rhizobium_leguminosarum_bv._phaseoli",
"Rhizobium_leguminosarum_bv._trifolii", "Rhizobium_leguminosarum_bv._viciae",
"Rhizobium_loessense", "Rhizobium_lusitanum", "Rhizobium_mesoamericanum", "Rhizobium_miluonense",
"Rhizobium_phaseoli", "Rhizobium_pisi", "Rhizobium_sophorae", "Rhizobium_sullae",
"Rhizobium_tibeticum", "Rhizobium_tropici", "Rhizobium_tubonense", "Rhizobium_undicola",
"Neorhizobium_galegae", "Neorhizobium_huautlense", "Kaistia_adipata", "Kaistia_granuli",
"Sinorhizobium_americanum", "Sinorhizobium_arboris", "Sinorhizobium_fredii", "Sinorhizobium_medicae",
"Sinorhizobium_meliloti", "Sinorhizobium_saheli", "Chelativorans_sp.", "Hoeflea_marina",
"Hoeflea_olei", "Pseudaminobacter_salicylatoxidans", "Afipia_felis", "Afipia_massiliensis",
"Nitrobacter_hamburgensis", "Nitrobacter_vulgaris", "Tardiphaga_robiniae", "Variibacter_gotjawalensis",
"Pseudoxanthobacter_soli", "Xanthobacter_autotrophicus")
species_98 <- c("Ensifer_sojae", "Ensifer_alkalisoli", "Ensifer_aridi", "Ensifer_glycinis",
"Microvirga_lotononidis", "Microvirga_vignae", "Cupriavidus_taiwanensis",
"Paraburkholderia_diazotrophica", "Paraburkholderia_mimosarum", "Paraburkholderia_nodosa",
"Paraburkholderia_phenoliruptrix", "Paraburkholderia_phymatum", "Paraburkholderia_rhynchosiae",
"Paraburkholderia_ribeironis", "Paraburkholderia_sprentiae", "Paraburkholderia_symbiotica",
"Paraburkholderia_terricola", "Paraburkholderia_tuberum", "Azorhizobium_caulinodans",
"Azorhizobium_doebereinerae", "Bradyrhizobium_arachidis", "Bradyrhizobium_canariense",
"Bradyrhizobium_diazoefficiens", "Bradyrhizobium_elkanii", "Bradyrhizobium_embrapense",
"Bradyrhizobium_icense", "Bradyrhizobium_japonicum", "Bradyrhizobium_jicamae",
"Bradyrhizobium_lablabi", "Bradyrhizobium_liaoningense", "Bradyrhizobium_manausense",
"Bradyrhizobium_neotropicale", "Bradyrhizobium_ottawaense", "Bradyrhizobium_paxllaeri",
"Bradyrhizobium_retamae", "Bradyrhizobium_shewense", "Bradyrhizobium_tropiciagri",
"Bradyrhizobium_valentinum", "Bradyrhizobium_viridifuturi", "Bradyrhizobium_yuanmingense",
"Mesorhizobium_alhagi", "Mesorhizobium_amorphae", "Mesorhizobium_australicum",
"Mesorhizobium_ciceri_biovar_biserrulae", "Mesorhizobium_erdmanii", "Mesorhizobium_hawassense",
"Mesorhizobium_helmanticense", "Mesorhizobium_huakuii", "Mesorhizobium_japonicum",
"Mesorhizobium_kowhaii", "Mesorhizobium_loti", "Mesorhizobium_mediterraneum",
"Mesorhizobium_metallidurans", "Mesorhizobium_muleiense", "Mesorhizobium_opportunistum",
"Mesorhizobium_prunaredense", "Mesorhizobium_qingshengii", "Mesorhizobium_sanjuanii",
"Mesorhizobium_sophorae", "Mesorhizobium_tamadayense", "Mesorhizobium_temperatum",
"Mesorhizobium_waimense", "Mesorhizobium_wenxiniae", "Rhizobium_acidisoli",
"Rhizobium_aegyptiacum", "Rhizobium_altiplani", "Rhizobium_anhuiense", "Rhizobium_bangladeshense",
"Rhizobium_esperanzae", "Rhizobium_etli", "Rhizobium_freirei", "Rhizobium_gallicum",
"Rhizobium_giardinii_bv._giardinii", "Rhizobium_grahamii", "Rhizobium_hidalgonense",
"Rhizobium_jaguaris", "Rhizobium_laguerreae", "Rhizobium_leguminosarum_bv._phaseoli",
"Rhizobium_leguminosarum_bv._trifolii", "Rhizobium_leguminosarum_bv._viciae",
"Rhizobium_lusitanum", "Rhizobium_mesoamericanum", "Rhizobium_phaseoli", "Rhizobium_pisi",
"Rhizobium_sophorae", "Rhizobium_sullae", "Rhizobium_tibeticum", "Rhizobium_tropici",
"Rhizobium_undicola", "Neorhizobium_galegae", "Neorhizobium_huautlense", "Sinorhizobium_americanum",
"Sinorhizobium_arboris", "Sinorhizobium_fredii", "Sinorhizobium_medicae", "Sinorhizobium_meliloti",
"Sinorhizobium_saheli", "Methylobacterium_nodulans")
data1 <- as.matrix(data)
data_98 <- as.matrix(data_98)
colfunc <- colorRampPalette(c("lemonchiffon", "red"))
phylo.heatmap(tree, data_98, col = colfunc(5), fsize = 0.1)
tree_98 <- drop.tip(tree_98, "Azorhizobium_doebereinerae")
phylo.heatmap(tree_98, col = colfunc(5), data_98, fsize = 0.5)