Releases · PnX-SI/TaxHub

Passage à la version 15 de Taxref ainsi que de la BDC statuts, utilisée par défaut pour les nouvelles installations (#322)
Mise en place de scripts python pour la mise à jour de Taxref à partir de sa version 15, dans le dossier apptax/taxonomie/commands/migrate_to_v15, à la place des scripts shell (#322)
Ajout de l'option --keep-cdnom aux scripts de mise à jour de Taxref, pour empêcher la suppression des cd_noms manquants (#306)
Ajout du champs group3_inpn, ajouté dans la v15 de Taxref
Ajout des API pour les statuts de protection et de listes rouges (#291)
Ajout d'une table d'association entre les statuts et le référentiel géographique taxonomie.bdc_statut_cor_text_area. L'association entre les textes et les statuts est réalisée lorsque le texte est associé à une région ou un département (#323)
Possibilité de passer des paramètres de configuration par variable d’environnement préfixée par TAXHUB_
Fichiers de log :
- Les logs sont à présent écrits dans le fichier /var/log/taxhub/taxhub.log
- L’outil logrotate est configuré pour assurer la rotation du fichier
- L’ancien fichier de log /var/log/taxhub.log est intouché; vous pouvez le supprimer, ou l’archiver manuellement.
Mise à jour des dépendances :
- Utils-Flask-SQLAlchemy 0.3.0
- UsersHub-authentification-module 1.6.0
- RefGeo 1.1.1

🐛 Corrections

Correction d’un problème lié au double-chargement de Flask en mode développement.
Correction d’un problème au démarrage de Flask lorsque la base de données n’a pas encore été créée.

💻 Développement

Exécution automatique des tests backend avec Github actions
Le code est désormais formaté avec Black; une Github action y veille
Mise à jour de Flask version 1 à 2
Migrations Alembic : possibilité de rendre l'intégration de la BDC statuts optionnelle
Ajout de la dépendance au module RefGeo
Suppression des exemples de taxons (taxonomie_taxons_example.sql et taxonomie_attributes_example.sql)
Création de commandes pour l'insertion des données du référentiel, hors Alembic (#333)

⚠️ Notes de version

Les branches Alembic taxonomie_inpn_data, taxonomie_taxons_example et taxonomie_attributes_example ont été supprimées. Après avoir mis à jour TaxHub en version 1.10, vous devez supprimer toutes références à ces dernières, sans quoi Alembic vous indiquera qu’il ne connait pas certains numéros de révision :
```
cd /home/myuser/taxhub/
source venv/bin/activate
(venv)$ flask db exec "delete from public.alembic_version where version_num in ('f61f95136ec3', 'aa7533601e41', '8222017dc3f6')"
```
Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :
- Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
- Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
- Appliquer les révisions du schéma de la base de données : flask db autoupgrade
Sinon le faire depuis GeoNature (venv)$ geonature db autoupgrade, après la mise à jour de ce dernier en version 2.10
La mise à jour de la version 14 à 15 de Taxref est désormais réalisée par des scripts python, disponibles dans le dossier apptax/taxonomie/commands/migrate_to_v15
Les mises à jour précédentes de Taxref jusqu'à la version 14 restent disponibles dans le dossier data/scripts/update_taxref

Il est possible d'installer TaxHub avec Taxref v14. Pour cela il faut utiliser les commandes suivantes :

flask db upgrade taxonomie@head
flask taxref import-v14 --skip-bdc-statuts
flask db upgrade taxhub-admin@head

Assets 2

25 Jan 10:18

camillemonchicourt

1.9.4

16e84af

1.9.4

🐛 Corrections

Ordonnancement de la route /allnamebylist par identifiant quand aucun search_name ne lui est passé en paramètre (pour ordonner les résultats paginés utilisés par Occtax-mobile)

💻 Développement

Utilisation du paramètre page de Flask à la place du paramètre maison offset pour la pagination des routes
Possibilité d'utiliser le fichier config.py dans les variables d'environnement
Ajout du fichier de configuration apptax/test_config.py pour les tests automatisés
Changement du code http 500 en 400 quand l'id_liste de la route /allnamebylist n'est pas trouvé

Assets 2

12 Jan 14:51

bouttier

1.9.3

6daa376

1.9.3

🐛 Corrections

Correction de la variable SCRIPT_NAME (#295)

Assets 2

21 Dec 15:22

camillemonchicourt

1.9.2

11fbe53

1.9.2

🚀 Nouveautés

Ajout des champs licence et source dans le formulaire d'édition (#151)
Amélioration de quelques routes

🐛 Corrections

Correction du chemin des médias qui empêchait la récupération des vignettes
Correction de la génération de la documentation sur Readthedocs
Correction de la variable SCRIPT_NAME (#295)
Suppression de la documentation de l'API qui était cassée

⚠️ Notes de version

Si vous mettez à jour TaxHub :

Vous devez modifier le fichier de configuration apptax/config.py :
- Supprimer les lignes suivantes :
```
   # File
   import os # A SUPPRIMER
   BASE_DIR = os.path.abspath(os.path.dirname(__file__)) # A SUPPRIMER
```
- Si vous l'aviez renseigné dans votre configuration, modifier le paramètre UPLOAD_FOLDER = 'static/medias' en UPLOAD_FOLDER = 'medias'

Assets 2

20 Oct 20:53

bouttier

1.9.1

df63ea8

1.9.1

🐛 Corrections

Correction d’un bug qui empêchait l’ajout d’une liste

Assets 2

01 Oct 08:50

bouttier

1.9.0

41b1aa2

1.9.0

🚀 Nouveautés

Packaging de l’application TaxHub
Passage de supervisor à systemd
- Les logs de l’application se trouvent désormais dans le répertoire système /var/log/taxhub.log
Ajout d’un template de configuration Apache et révision de la documentation sur le sujet
Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic
Possibilité d’installer le schéma taxonomie avec Alembic sans passer par une application Flask telle que TaxHub
Ajout de fonctions permettant la recherche du cd_nom ou cd_ref à partir d'un nom latin (match_binomial_taxref), et permettant de vérifier si une valeur est bien un cd_ref existant (check_is_cd_ref) (par @DonovanMaillard)
Ajout d'une fonction find_all_taxons_parents(cd_nom) retournant les cd_nom de tous les taxons parents d'un cd_nom (par @DonovanMaillard)
Ajout de la vue v_bdc_status (par @jpm-cbna)
Suppression de ID_APP du fichier de configuration (auto-détection depuis la base de données)
Mise à jour de UsersHub-authentification-module en version 1.5.3
Mise à jour de Utils-Flask-SQLAlchemy en version 0.2.4

🐛 Corrections

Corrections pour servir TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub)
Correction des scripts pour mettre à jour TAXREF (#274 et #283)
Correction de la valeur par défaut du champs taxonomie.bib_listes.id_liste (#275)

⚠️ Notes de version

Avec le passage à Alembic pour la gestion de la BDD, les fichiers SQL de création du schéma taxonomie ont été déplacés dans apptax/migrations/data/ et ils ne sont plus mis à jour à chaque nouvelle version, car ils sont désormais gérés par des migrations Alembic.

Pour mettre à jour TaxHub :

Suppression de supervisor :
- Vérifier que TaxHub n’est pas lancé par supervisor : sudo supervisorctl stop taxhub
- Supprimer le fichier de configuration de supervisor sudo rm /etc/supervisor/conf.d/taxhub-service.conf
- Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé : sudo apt remove supervisor
Installer le paquet python3-venv nouvellement nécessaire : sudo apt install python3-venv
Déplacer le fichier de configuration config.py situé à la racine de TaxHub dans le sous-dossier apptax
Suivre la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
Si vous servez TaxHub sur un préfixe (e.g. /taxhub), rajouter dans config.py le paramètre suivant : APPLICATION_ROOT = '/taxhub'
Passage à systemd :
- Le fichier /etc/systemd/system/taxhub.service doit avoir été installé par le script install_app.sh
- Pour démarrer TaxHub : sudo systemctl start taxhub
- Pour activer le lancement automatiquement de TaxHub au démarrage : sudo systemctl enable taxhub
Révision de la configuration Apache :
- Le script d’installation install_app.sh aura installé le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf permettant de servir TaxHub sur le préfixe /taxhub.
- Vous pouvez utiliser ce fichier de configuration soit en l’activant (sudo a2enconf taxhub), soit en l’incluant dans la configuration de votre vhost (Include /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf).
- Si vous gardez votre propre fichier de configuration et que vous servez TaxHub sur un préfixe (typiquement /taxhub), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme c’est le cas dans le fichier /etc/apache2/conf-available/taxhub.conf.
- Si vous décidez d’utiliser le fichier fourni, pensez à supprimer votre ancienne configuration apache (sudo a2dissite taxhub && sudo rm /etc/apache2/sites-available/taxhub.conf).
Si vous n’utilisez pas GeoNature, vous devez appliquer les évolutions du schéma taxonomie depuis TaxHub :
- Se placer dans le dossier de TaxHub : cd ~/taxhub
- Sourcer le virtualenv de TaxHub : source venv/bin/activate
- Indiquer à Alembic que vous possédez déjà la version 1.8.1 du schéma taxonomie et les données d’exemples : flask db stamp 3fe8c07741be
- Indiquer à Alembic que vous possédez les données INPN en base : flask db stamp f61f95136ec3
- Appliquer les révisions du schéma taxonomie : flask db upgrade taxonomie@head

Contributors

DonovanMaillard and jpm-cbna

Assets 2

01 Jul 14:44

amandine-sahl

1.8.1

c1aa35f

1.8.1

🐛 Corrections

Correction de la migration Taxref v11 vers v13 pour les versions de PostgreSQL < 12

⚠️ Notes de version

Vous pouvez passer directement à cette version, mais en suivant les notes des versions intermédiaires

Assets 2

22 Jun 14:02

amandine-sahl

1.8.0

59a83f4

1.8.0

🚀 Nouveautés

Passage à la version 14 de Taxref, utilisée par défaut pour les nouvelles installations
Intégration du référentiel BDC statuts (https://inpn.mnhn.fr/telechargement/referentielEspece/bdc-statuts-especes), peuplé lors du passage à Taxref v14. Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature les anciens statuts de protection et les listes rouges sont toujours présents (#157)
Support du stockage des medias sur les services de stockages S3 (#248 par @jbdesbas)
Ajout d'un champs code_liste dans la table taxonomie.bib_listes pour utiliser des codes plutôt que des identifiants et faciliter l'interopérabilité des données entre outils
Ajout d'un paramètre fields à la route /taxref/search/ afin de pouvoir récupérer dans la réponse des champs supplémentaires selon les besoins (#243)
Recherche non sensible aux accents pour la route allnamebylist
Mise à jour de AngularJS en version 1.8.0
Mise à jour de différentes dépendances Python

🐛 Corrections

Correction de la génération des vignettes des images

⚠️ Notes de version

Exécuter la commande suivante pour ajouter l'extension PostgreSQL unaccent, en remplaçant la variable $db_name par le nom de votre BDD : sudo -n -u postgres -s psql -d $db_name -c 'CREATE EXTENSION IF NOT EXISTS "unaccent";'
Exécutez le script SQL de mise à jour de la BDD (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/blob/master/data/update1.7.3to1.8.0.sql)
Suivez la procédure standard de mise à jour de TaxHub : https://taxhub.readthedocs.io/fr/latest/installation.html#mise-a-jour-de-l-application
Vous pouvez exécuter la mise à jour vers Taxref v14, en suivant la procédure et les scripts dédiés (https://github.com/PnX-SI/TaxHub/tree/master/data/scripts/update_taxref). Cela peuplera aussi la BDC statuts.
Pour des raisons de compatibilité avec GeoNature, laissez les code_liste au format numérique pour le moment

Assets 2

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Releases: PnX-SI/TaxHub

1.10.2

1.10.1

1.10.0

1.9.4

1.9.3

1.9.2

1.9.1

1.9.0

Contributors

1.8.1

1.8.0