diff --git a/.github/workflows/R-CMD-check.yaml b/.github/workflows/R-CMD-check.yaml index d13d683..1a158cf 100644 --- a/.github/workflows/R-CMD-check.yaml +++ b/.github/workflows/R-CMD-check.yaml @@ -64,6 +64,10 @@ jobs: Rscript -e "remotes::install_github('r-hub/sysreqs')" sysreqs=$(Rscript -e "cat(sysreqs::sysreq_commands('DESCRIPTION'))") sudo -s eval "$sysreqs" + - name: Install binary version of sf package on Windows + if: runner.os == 'Windows' + run: install.packages("sf", type = "win.binary") + shell: Rscript {0} - name: Install dependencies run: | remotes::install_deps(dependencies = TRUE) diff --git a/R/get_package_data.R b/R/get_package_data.R index 0645d8a..5ffc09d 100644 --- a/R/get_package_data.R +++ b/R/get_package_data.R @@ -129,11 +129,8 @@ get_stormwaterRunoff <- function( #' @export #' @importFrom utils read.table get_spec_runoff <- function(){ - read.table( - file = system.file("extdata/Runoff_conc/spec_conc.csv", package = "r2q"), - sep = ";", - dec = ".", - header = T + read_csv_utf8( + file = system.file("extdata/Runoff_conc/spec_conc.csv", package = "r2q") ) } @@ -149,11 +146,8 @@ get_spec_runoff <- function(){ #' @importFrom utils read.table #' get_landuse_runoff <- function(){ - read.table( - file = system.file("extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv", package = "r2q"), - sep = ";", - dec = ".", - header = T + read_csv_utf8( + file = system.file("extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv", package = "r2q") ) } diff --git a/R/helping_functions.R b/R/helping_functions.R index c4c2465..895c5dd 100644 --- a/R/helping_functions.R +++ b/R/helping_functions.R @@ -215,11 +215,9 @@ sub_OgRe_to_name <- function( #' @export #' get_subID <- function(){ - read.table( + read_csv_utf8( file = system.file("extdata/IDs/substance_id.csv", package = "r2q"), - sep = ";", - as.is = TRUE, - header = TRUE + as.is = TRUE ) } @@ -228,12 +226,11 @@ get_subID <- function(){ #' @return data.frame with function IDs and additional 1 to 3 characterizations #' @export #' -get_functionsID <- function(){ - read.table( +get_functionsID <- function() +{ + read_csv_utf8( file = system.file("extdata/IDs/functions_id.csv", package = "r2q"), - sep = ";", - as.is = TRUE, - header = TRUE + as.is = TRUE ) } @@ -297,3 +294,15 @@ massUnit_tranformation <- function(original_unit, change){ df[init_row, 3 + change] } +# read_csv_utf8 ---------------------------------------------------------------- +read_csv_utf8 <- function(file, sep = ";", dec = ".", ...) +{ + read.table( + file = file, + sep = sep, + dec = dec, + header = TRUE, + fileEncoding = "UTF-8", + ... + ) +} diff --git a/inst/extdata/IDs/functions_id.csv b/inst/extdata/IDs/functions_id.csv index 7ae80d2..80ccb85 100644 --- a/inst/extdata/IDs/functions_id.csv +++ b/inst/extdata/IDs/functions_id.csv @@ -1,33 +1,33 @@ f_id;primary_function;char1;char2;char3 -1;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Zinkdach; -2;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung / unbekannt -3;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung -4;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung / unbekannt -5;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung -6;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; -7;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Zinkdach; -8;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung / unbekannt -9;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung -10;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung / unbekannt -11;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung -12;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; -13;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Zinkdach; -14;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung -15;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung -16;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung -17;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung -18;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; -19;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Zinkdach; -20;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung -21;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung -22;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung -23;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung -24;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; -25;Hoffläche ;In Verkehrsreichem Gebiet;Fugenlos; -26;Hoffläche ;In Verkehrsreichem Gebiet;offene Fugen; -27;Hoffläche ;In Verkehrsarmen Gebiet;Fugenlos; -28;Hoffläche ;In Verkehrsarmen Gebiet;offene Fugen; -29;Straße / Parkplatz(?);Viel befahren;; -30;Straße / Parkplatz(?);Mittel befahren;; -31;Straße / Parkplatz(?);gering befahren;; -32;Straße / Parkplatz(?);kaum befahren;; +1;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Zinkdach; +2;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung / unbekannt +3;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung +4;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung / unbekannt +5;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung +6;Wohngebäude;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; +7;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Zinkdach; +8;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung / unbekannt +9;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung +10;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung / unbekannt +11;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung +12;Wohngebäude;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; +13;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Zinkdach; +14;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung +15;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung +16;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung +17;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung +18;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsreichem Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; +19;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Zinkdach; +20;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Mit Biozidverwendung +21;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Gründach;Ohne Biozidverwendung +22;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Mit Biozidverwendung +23;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Bitumendach;Ohne Biozidverwendung +24;Gewerbe/ Industriegebäude ;In Verkehrsarmen Gebiet;Mit Ziegel-, Glas- und sonstiges Metalldach, etc.; +25;Hoffläche ;In Verkehrsreichem Gebiet;Fugenlos; +26;Hoffläche ;In Verkehrsreichem Gebiet;offene Fugen; +27;Hoffläche ;In Verkehrsarmen Gebiet;Fugenlos; +28;Hoffläche ;In Verkehrsarmen Gebiet;offene Fugen; +29;Straße / Parkplatz(?);Viel befahren;; +30;Straße / Parkplatz(?);Mittel befahren;; +31;Straße / Parkplatz(?);gering befahren;; +32;Straße / Parkplatz(?);kaum befahren;; diff --git a/inst/extdata/IDs/substance_id.csv b/inst/extdata/IDs/substance_id.csv index 331a507..fc27a06 100644 --- a/inst/extdata/IDs/substance_id.csv +++ b/inst/extdata/IDs/substance_id.csv @@ -1,22 +1,22 @@ s_id;substance;name_OgRe;name_de;name_en;group_de;group_en -1;AFS_63;AFS 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a/inst/extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv b/inst/extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv index 800c8f5..4b97b19 100644 --- a/inst/extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv +++ b/inst/extdata/Runoff_conc/catch_conc.csv @@ -1,22 +1,22 @@ Substance;Unit;residential_suburban_med;residential_suburban_q95;residential_city_med;residential_city_q95;commercial_med;commercial_q95;main_road_med;main_road_q95 -AFS fein (<63µm);mg/L;26;100;26;100;26;100;26;100 +AFS fein (<63µm);mg/L;26;100;26;100;26;100;26;100 Anthracen;ug/L;0.01;0.024;0.016;0.11;0.02;0.054;0.056;0.18 Benzo[a]pyren;ug/L;0.012;0.083;0.034;0.34;0.05;0.18;0.16;0.59 Benzo[b]fluoranthen;ug/L;0.057;0.16;0.098;0.43;0.16;0.34;0.34;0.61 Benzo[g,h,i]perylen;ug/L;0.013;0.07;0.025;0.22;0.044;0.15;0.11;0.31 Benzo[k]fluoranthen;ug/L;0.01;0.057;0.022;0.21;0.032;0.2;0.11;0.46 -Blei gelöst;ug/L;2.1;4.2;1;3.2;3.8;15;0.59;1.2 -Cadmium gelöst;ug/L;0.05;0.1;0.05;0.054;0.32;0.71;0.05;0.1 +Blei gelöst;ug/L;2.1;4.2;1;3.2;3.8;15;0.59;1.2 +Cadmium 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b/inst/extdata/Runoff_conc/spec_conc.csv index c2ab9da..de87384 100644 --- a/inst/extdata/Runoff_conc/spec_conc.csv +++ b/inst/extdata/Runoff_conc/spec_conc.csv @@ -1,12 +1,12 @@ -s_id;unit;1;2;3;4;5;6;7;8;9;10;11;12;13;14;15;16;17;18;19;20;21;22;23;24;25;26;27;28;29;30;31;32 -4;µg/L;0.17;0.017;0.017;0.17;0.17;0.17;0.025;0.017;0.017;0.025;0.025;0.025;0.17;0.017;0.017;0.17;0.17;0.17;0.025;0.017;0.017;0.025;0.025;0.025;0.17;0.17;0.025;0.025;0.34;0.29;0.15;0 -5;µg/L;0.075;0.0082;0.0082;0.075;0.075;0.075;0;0;0;0;0;0;0.075;0.0082;0.0082;0.075;0.075;0.075;0;0;0;0;0;0;0.075;0.075;0;0;0.13;0.11;0.054;0 -6;µg/L;0.06;0.017;0.017;0.06;0.06;0.06;0;0;0;0;0;0;0.06;0.017;0.017;0.06;0.06;0.06;0;0;0;0;0;0;0.06;0.06;0;0;0.157;0.127;0.051;0 -12;µg/L;0.395;0.12;0.12;0.395;0.395;0.395;0;0;0;0;0;0;0.395;0.12;0.12;0.395;0.395;0.395;0;0;0;0;0;0;0.395;0.395;0;0;1.02;0.83;0.35;0 +s_id;unit;X1;X2;X3;X4;X5;X6;X7;X8;X9;X10;X11;X12;X13;X14;X15;X16;X17;X18;X19;X20;X21;X22;X23;X24;X25;X26;X27;X28;X29;X30;X31;X32 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