From b29ebb195bd86ee1299cf8db45d908a00b7e93f0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Alexander Taepper Date: Mon, 29 Jan 2024 11:49:36 +0100 Subject: [PATCH] Amend test to contain a longer-than-reference sequence --- endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json | 2 +- .../exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta | 4 ++-- testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson | 4 ++-- 3 files changed, 5 insertions(+), 5 deletions(-) diff --git a/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json b/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json index cd3da4748..789cd733e 100644 --- a/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json +++ b/endToEndTests/test/queries/fasta_manySequences.json @@ -14,7 +14,7 @@ "expectedQueryResult": [ { "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_3259931", - "testSecondSequence": "ACGT" + "testSecondSequence": "JRZFHVKQIQGIVPUNJZCDKLOPDFTWZWXEXKZIHLGFWZNIGUAAPJBXPQCJBFUYHHIOPNDMTMHAFPHMZRCNUGIBRZCNKAJZMWXMBMPQRTZQUHTIFSOBXAQWMESDRWVJQWRE" }, { "gisaid_epi_isl": "EPI_ISL_3465732", diff --git a/testBaseData/exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta b/testBaseData/exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta index 156ca7776..b93cf69e9 100644 --- a/testBaseData/exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta +++ b/testBaseData/exampleDataset/unaligned_testSecondSequence.fasta @@ -175,11 +175,11 @@ ACGT >EPI_ISL_3128737 ACGT >EPI_ISL_3128811 -ACGT +ACGTACGT >EPI_ISL_3086369 ACGT >EPI_ISL_3259931 -ACGT +JRZFHVKQIQGIVPUNJZCDKLOPDFTWZWXEXKZIHLGFWZNIGUAAPJBXPQCJBFUYHHIOPNDMTMHAFPHMZRCNUGIBRZCNKAJZMWXMBMPQRTZQUHTIFSOBXAQWMESDRWVJQWRE >EPI_ISL_3267832 ACGT >EPI_ISL_3128796 diff --git a/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson b/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson index e1adfd469..650ecd980 100644 --- a/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson +++ b/testBaseData/exampleDatasetAsNdjson/input_file.ndjson @@ -86,9 +86,9 @@ 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