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/*
* Copyright 2011, Ben Langmead <langmea@cs.jhu.edu>
*
* This file is part of Bowtie 2.
*
* Bowtie 2 is free software: you can redistribute it and/or modify
* it under the terms of the GNU General Public License as published by
* the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
* (at your option) any later version.
*
* Bowtie 2 is distributed in the hope that it will be useful,
* but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
* MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the
* GNU General Public License for more details.
*
* You should have received a copy of the GNU General Public License
* along with Bowtie 2. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
*/
#ifndef OPTS_H_
#define OPTS_H_
enum {
ARG_ORIG = 256, // --orig
ARG_SEED, // --seed
ARG_SOLEXA_QUALS, // --solexa-quals
ARG_VERBOSE, // --verbose
ARG_STARTVERBOSE, // --startverbose
ARG_QUIET, // --quiet
ARG_METRIC_IVAL, // --met
ARG_METRIC_FILE, // --met-file
ARG_METRIC_STDERR, // --met-stderr
ARG_METRIC_PER_READ, // --met-per-read
ARG_REFIDX, // --refidx
ARG_SANITY, // --sanity
ARG_PARTITION, // --partition
ARG_INTEGER_QUALS, // --int-quals
ARG_FILEPAR, // --filepar
ARG_SHMEM, // --shmem
ARG_MM, // --mm
ARG_MMSWEEP, // --mmsweep
ARG_FF, // --ff
ARG_FR, // --fr
ARG_RF, // --rf
ARG_NO_MIXED, // --no-mixed
ARG_NO_DISCORDANT, // --no-discordant
ARG_CACHE_LIM, // --
ARG_CACHE_SZ, // --
ARG_NO_FW, // --nofw
ARG_NO_RC, // --norc
ARG_SKIP, // --skip
ARG_ONETWO, // --12
ARG_PHRED64, // --phred64
ARG_PHRED33, // --phred33
ARG_HADOOPOUT, // --hadoopout
ARG_FUZZY, // --fuzzy
ARG_FULLREF, // --fullref
ARG_USAGE, // --usage
ARG_SNPPHRED, // --snpphred
ARG_SNPFRAC, // --snpfrac
ARG_SAM_NO_QNAME_TRUNC, // --sam-no-qname-trunc
ARG_SAM_OMIT_SEC_SEQ, // --sam-omit-sec-seq
ARG_SAM_NOHEAD, // --sam-noHD/--sam-nohead
ARG_SAM_NOSQ, // --sam-nosq/--sam-noSQ
ARG_SAM_RG, // --sam-rg
ARG_SAM_RGID, // --sam-rg-id
ARG_GAP_BAR, // --gbar
ARG_QUALS1, // --Q1
ARG_QUALS2, // --Q2
ARG_QSEQ, // --qseq
ARG_SEED_SUMM, // --seed-summary
ARG_OVERHANG, // --overhang
ARG_NO_CACHE, // --no-cache
ARG_USE_CACHE, // --cache
ARG_NOISY_HPOLY, // --454/--ion-torrent
ARG_LOCAL, // --local
ARG_END_TO_END, // --end-to-end
ARG_SCAN_NARROWED, // --scan-narrowed
ARG_QC_FILTER, // --qc-filter
ARG_BWA_SW_LIKE, // --bwa-sw-like
ARG_MULTISEED_IVAL, // --multiseed
ARG_SCORE_MIN, // --score-min
ARG_SCORE_MA, // --ma
ARG_SCORE_MMP, // --mm
ARG_SCORE_NP, // --nm
ARG_SCORE_RDG, // --rdg
ARG_SCORE_RFG, // --rfg
ARG_N_CEIL, // --n-ceil
ARG_DPAD, // --dpad
ARG_SAM_PRINT_YI, // --mapq-print-inputs
ARG_ALIGN_POLICY, // --policy
ARG_PRESET_VERY_FAST, // --very-fast
ARG_PRESET_FAST, // --fast
ARG_PRESET_SENSITIVE, // --sensitive
ARG_PRESET_VERY_SENSITIVE, // --very-sensitive
ARG_PRESET_VERY_FAST_LOCAL, // --very-fast-local
ARG_PRESET_FAST_LOCAL, // --fast-local
ARG_PRESET_SENSITIVE_LOCAL, // --sensitive-local
ARG_PRESET_VERY_SENSITIVE_LOCAL, // --very-sensitive-local
ARG_NO_SCORE_PRIORITY, // --no-score-priority
ARG_IGNORE_QUALS, // --ignore-quals
ARG_DESC, // --arg-desc
ARG_TAB5, // --tab5
ARG_TAB6, // --tab6
ARG_WRAPPER, // --wrapper
ARG_DOVETAIL, // --dovetail
ARG_NO_DOVETAIL, // --no-dovetail
ARG_CONTAIN, // --contain
ARG_NO_CONTAIN, // --no-contain
ARG_OVERLAP, // --overlap
ARG_NO_OVERLAP, // --no-overlap
ARG_MAPQ_V, // --mapq-v
ARG_SSE8, // --sse8
ARG_SSE8_NO, // --no-sse8
ARG_UNGAPPED, // --ungapped
ARG_UNGAPPED_NO, // --no-ungapped
ARG_TIGHTEN, // --tighten
ARG_UNGAP_THRESH, // --ungap-thresh
ARG_EXACT_UPFRONT, // --exact-upfront
ARG_1MM_UPFRONT, // --1mm-upfront
ARG_EXACT_UPFRONT_NO, // --no-exact-upfront
ARG_1MM_UPFRONT_NO, // --no-1mm-upfront
ARG_1MM_MINLEN, // --1mm-minlen
ARG_VERSION, // --version
ARG_SEED_OFF, // --seed-off
ARG_SEED_BOOST_THRESH, // --seed-boost
ARG_READ_TIMES, // --read-times
ARG_EXTEND_ITERS, // --extends
ARG_DP_MATE_STREAK_THRESH, // --db-mate-streak
ARG_DP_FAIL_STREAK_THRESH, // --dp-fail-streak
ARG_UG_FAIL_STREAK_THRESH, // --ug-fail-streak
ARG_EE_FAIL_STREAK_THRESH, // --ee-fail-streak
ARG_DP_FAIL_THRESH, // --dp-fails
ARG_UG_FAIL_THRESH, // --ug-fails
ARG_MAPQ_EX, // --mapq-extra
ARG_NO_EXTEND, // --no-extend
ARG_REORDER, // --reorder
ARG_SHOW_RAND_SEED, // --show-rand-seed
ARG_READ_PASSTHRU, // --passthrough
ARG_SAMPLE, // --sample
ARG_CP_MIN, // --cp-min
ARG_CP_IVAL, // --cp-ival
ARG_TRI, // --tri
ARG_LOCAL_SEED_CACHE_SZ, // --local-seed-cache-sz
ARG_CURRENT_SEED_CACHE_SZ, // --seed-cache-sz
ARG_SAM_NO_UNAL, // --no-unal
ARG_NON_DETERMINISTIC, // --non-deterministic
ARG_TEST_25, // --test-25
ARG_DESC_KB, // --desc-kb
ARG_DESC_LANDING, // --desc-landing
ARG_DESC_EXP, // --desc-exp
ARG_DESC_FMOPS, // --desc-fmops
ARG_NO_TEMPSPLICESITE,
ARG_PEN_CANSPLICE,
ARG_PEN_NONCANSPLICE,
ARG_PEN_CONFLICTSPLICE,
ARG_PEN_INTRONLEN,
ARG_KNOWN_SPLICESITE_INFILE,
ARG_NOVEL_SPLICESITE_INFILE,
ARG_NOVEL_SPLICESITE_OUTFILE,
ARG_SECONDARY,
ARG_NO_SPLICED_ALIGNMENT,
ARG_RNA_STRANDNESS,
ARG_SPLICESITE_DB_ONLY,
ARG_MIN_HITLEN, // --min-hitlen
ARG_MIN_TOTALLEN, // --min-totallen
ARG_HOST_TAXIDS, // --host-taxids
ARG_REPORT_FILE, // --report
ARG_NO_ABUNDANCE, // --no-abundance
ARG_NO_TRAVERSE, // --no-traverse
ARG_CLASSIFICATION_RANK,
ARG_EXCLUDE_TAXIDS,
ARG_OUT_FMT,
ARG_TAB_FMT_COLS,
#ifdef USE_SRA
ARG_SRA_ACC,
#endif
ARG_SEPARATOR,
};
#endif